Однако Данилов монастырь, несмотря на неблагоприятную политику государства, жил и даже развивался. На протяжении первой половины XVIII века в нем активно велось каменное строительство, созидались храмы, освящались новые престолы. Интересно, что именно в этот период складывался тот облик обители — скромный, лаконичный и выразительный — который сегодня так любят православные москвичи и паломники из России и зарубежья. В XVIII-XIX столетиях монастырь получил и от властей, и от жертвователей достаточно большие земельные угодья — как в самой Москве, так и в разных местах уезда, но самый крупный вклад в течение XIX века был сделан купцами-дворянами братьями Куманиными и почетными гражданами братьями Шестовыми — на их средства в 1838 был построен Троицкий собор.
В начале XIX века в Даниловом монастыре была организована богадельня для немощных престарелых женщин, в 60-е годы открыт приют для заштатного духовенства, «которое по бедности терпело крайнюю нужду». В 1902 начала работу общемонастырская больница-приют для всех больных и престарелых монашествующих Московской епархии. Содержалась она на общие взносы московских монастырей. В 1892 при обители была открыта бесплатная церковно-приходская школа для бедных, в которой обучалось несколько десятков детей из семей крестьян и мещан.
Ни одно из прошедших столетий не являлось для страны (а значит, и для столичного Данилова монастыря) легким и безоблачным. Волнения первой русской революции, Октябрьская революция, сломавшая прежний уклад, гражданская война, две мировые войны и, наконец, беспощадные гонения на Церковь, каких не было с первых веков христианства…
Долгие годы после революции именно Данилов монастырь оставался, в силу многих причин, последним оплотом православия на распинаемой российской земле.
В XX веке древнему Данилову монастырю оказалось суждено пережить небывалый духовный расцвет и сыграть важную роль в истории Русской православной церкви. В страшные послереволюционные годы, время террора и воинствующего безбожия, обитель святого князя Даниила просияла как оплот неподвластной богоборческим силам православной России.
Настоятелем Данилова монастыря Москвы 1 мая 1917 был назначен епископ Феодор (Поздеевский). С его приходом в обители начался особый духовный подъем. В 1919 в Данилове им была создана и некоторое время существовала Высшая богословская школа. Преподавать пригласили выдающегося ученого, философа и богослова священника Павла Флоренского, ученика и сподвижника владыки Феодора, священников Илию Гумилевского, Сергия Соловьева и других.
С 20 февраля 1919 монастырь официально существовал как Даниловская община верующих. За ней были закреплены два монастырских храма — Троицкий и Святых Отцов Семи Вселенских Соборов, колокольня с надвратным храмом Преподобного Симеона Столпника и прилегающим помещением и часовня на Большой Тульской улице.
Вокруг епископа Феодора возникла так называемая Даниловская группа близких по духу архиереев, изгнанных властями со своих кафедр и нашедших пристанище в Москве. Они активно выступали против обновленчества и вмешательства государства в дела Церкви.
По воспоминаниям даниловских прихожан, даже во время обычной воскресной службы молящиеся могли вместиться только в просторном Троицком соборе, где люди стояли плечом к плечу. Богослужения были по-монастырски продолжительными и необыкновенно благодатными, исповедь часто заканчивалась далеко за полночь. Прихожане монастыря полностью поддерживали владыку Феодора и братию. Даниловская религиозная община, руководимая монахами обители, стойко держалась православных канонов и традиций.
В 1920-х, когда были разорены духовные центры России — Оптина пустынь, Троице-Сергиева лавра и другие знаменитые обители, — в Даниловом монастыре с особой силой возгорелся благодатный огонь пасторского служения. Народ видел в даниловской братии настоящих подвижников, избравших твердую церковную позицию, и в обитель святого князя Даниила во множестве стекался православный люд за духовным руководством, поддержкой и утешением. Даниловские духовники собрали вокруг себя огромное количество чад, различных по возрасту и образованию, получивших здесь прочные основы веры, можно сказать, пропитавшихся особым «даниловским духом» на всю жизнь.