С самого начала восстановление обители стало общецерковным, а может быть, и общенациональным делом. Ответственная комиссия по реставрации и строительству монастыря, возглавляемая митрополитом Эстонским и Таллинским Алексием (будущим Патриархом Московским и всея Руси), работала в тесной связи с государственными структурами, надзорными архитектурными органами, Обществом охраны памятников истории и культуры. Были заняты лучшие светские реставраторы и строители. Десятки, а то и сотни добровольцев каждый день трудились над восстановлением Данилова. «Работа кипела на каждом метре монастыря, — вспоминает владыка Евлогий. — В нее с необычайным энтузиазмом и энергией включились люди самых разных профессий и возрастов. Государственные ведомства считали большой честью для себя трудиться в старинных стенах московского монастыря. О верующих, прихожанах московских храмов не приходится даже и говорить: это было что-то удивительное. Словно бурный поток весенней воды обрушился на монастырь, смывая многолетнюю черноту и высветляя его первозданный лик…»
В Даниловом работали такие замечательные иконописцы, как архимандрит Зинон (Теодор), священник Вячеслав Савиных, заслуженный реставратор РСФСР И. В. Ватагина. Здесь получали профессиональные навыки мастера самого разного профиля из мирян и иноков. Эти знания помогли восстановлению других монастырей и храмов: Данилов стал своеобразной «кузницей кадров» для будущего церковного возрождения, до начала которого оставалось всего лишь десять лет.
Главным событием первого десятилетия жизни возрожденной обители стало тысячелетие Крещения Руси. Подготовка к нему велась сразу по многим направлениям: строилась Патриаршая резиденция, возводились Надкладезная и Поминальная часовни. Надкладезная часовня стала еще и первым памятником тысячелетию Крещения Руси.
Торжественное богослужение в память Крещения Руси и Всех Святых, в земле российской просиявших, состоялось 12 июня 1988 на монастырской площади. Собралось более 10 000 человек. Святой престол был установлен перед храмом Святых Отцов, божественную литургию совершали патриархи шести главных православных церквей мира в сослужении митрополитов, архиепископов, епископов и многочисленного духовенства. Присутствовало много официальных делегаций от инославных церквей и христианских объединений, общественных организаций СССР и зарубежья. Молитвы, кроме русского, произносились на греческом, арабском, церковнославянском, грузинском, румынском и болгарском языках.
О внешнем виде и расположении первой монастырской звонницы, построенной при Данииле Московском, не сохранилось документальных сведений, но согласно существовавшей тогда традиции можно предположить, что она была деревянной, как и первый храм Святого Даниила Столпника.
Царь Иоанн Грозный, возрождая обитель, в 1561 вместе с церковью Святых Отцов построил здесь и звонницу. Сам большой знаток колокольных звонов и умелый звонарь, как говорит о нем монастырское предание, заказал для нее и именной колокол. Еще два колокола весом 40 и 65 пудов (около 600 кг и 1 т соответственно) были отлиты в 1682 на Пушечном дворе в Москве Федором Моториным, родоначальником знаменитой династии Моториных, и пожалованы монастырю царем Федором Алексеевичем. Меньший из них сохранился до наших дней и является пятым по весу в историческом ансамбле Данилова.
В 1688–1689 на вклады князя Ивана Борятинского была построена новая каменная шатровая колокольня. Князь подарил обители и довольно большой колокол, литье которого производили прямо на монастырском дворе. На новую колокольню, по-видимому, переместили и первые монастырские колокола, снятые с упраздненной в эти же годы приходской церкви Даниила Столпника. Общий вес колоколов к началу XVIII века составил 292 пуда (4800 кг). Однако в 1701 и 1710 указом императора Петра I с Даниловской колокольни, как и со многих других, были сняты колокола для литья пушек, и обитель лишилась почти половины своих колоколов.
В 1763 по монастырской описи значилось 7 колоколов на ярусе звона и 5 колокольчиков, составлявших куранты. В 1795, при настоятеле Никифоре (Феотокисе), звонница пополнилась новым колоколом весом 115 пудов (около 2 т) работы московских мастеров завода Струговщиковых. В середине XIX века этот колокол получил название «Полиелейный». Позднее, в 1803, на этом же заводе отлили колокол «Большой» весом 314 пудов (5 т). В монастыре недоставало средств на такой крупный колокол, был организован сбор пожертвований, который продолжался восемь месяцев.
В конце XIX века набор включал уже 14 колоколов. Однако 314-пудовый колокол оказался безнадежно поврежден. В 1890 на заводе П. Финляндского Ксенофонтом Веревкиным был перелит самый крупный праздничный благовестник Даниловой обители «Большой» весом 722 пуда (12 т). Теперь монастырь имел великолепный колокол-тяжеловес.