Иконы для Покровской церкви и придела Святого пророка Даниила написал игумен Зинон, который в своей работе следовал традициям древнерусского искусства, используя в качестве образцов лучшие иконы московской, новгородской и других школ XV — начала XVI века. Под его руководством в бригаде трудились одаренные живописцы. Иконы писали природными красками, растирая разноцветные камни, собранные около Покровского Хотьковского монастыря. Когда писали новые иконы, мастера, как в древности, соблюдали пост. За работой читались жития святых. В результате во всех монастырских храмах иконы прошлых столетий гармонично соседствуют с иконописными образами наших дней. Традиции древнерусского искусства, которым следовал отец Зинон в оформлении Покровской церкви, определили художественное решение интерьеров всех церквей многопредельного храма Святых Отцов Семи Вселенских Соборов.
Иконостас придела во имя пророка Даниила интересен редким иконографическим изводом (вариантом) икон местного ряда: справа от Царских врат помещена икона Нерукотворенного образа Господа Иисуса Христа, слева — образ Божией Матери с Богомладенцем Христом «Гора Нерукосечная». Название этой иконы связано с толкованием текста святого пророка Даниила: «камень отторгнут был от горы не руками» (Дан. 2, 45), где под камнем разумеют Христа, а под горою — Пресвятую Деву Марию. Богородица изображена с символической горкой в руках, что свидетельствует о Новозаветном исполнении Ветхозаветных прообразований и пророчеств.
Особо почитаются в обители иконы с частицами святых мощей. В Покровском храме находятся две иконы с частицами мощей святого благоверного князя Даниила. Большая была написана в 1984 игуменом Зиноном и помещена на столпе между иконостасами. По глубине духовного содержания — это, пожалуй, один из лучших образов основателя Даниловой обители в церковном искусстве. Частицы мощей, помещенные в икону, были переданы в монастырь вскоре после его открытия из Оренбургской епархии. Представленная икона — одна из самых почитаемых в обители, около нее совершаются монашеские постриги.
Еще одна святыня храма — мощи преподобноисповедника Георгия (Лаврова). Воспитанник знаменитой Оптиной пустыни, он являлся настоятелем Мещовского Георгиевского монастыря в Калужской епархии. В годы гонений батюшка много страдал за веру: дважды был арестован, приговорен к расстрелу, но чудесным образом избавлен от верной смерти. В 1920-е нес послушание духовника в Даниловом монастыре. Он был настоящий «пастырь добрый», всего себя отдавал людям, снискал любовь и почитание верующего народа как духовник, молитвенник и прозорливец. Многие духовные чада последовали за своим дорогим батюшкой даже в ссылку в далекий Казахстан. Умер он в?932 в Нижнем Новгороде на обратном пути из ссылки. Кончина его была праведной и необычной: причастившись Святых Христовых Тайн, он отошел ко Господу, сжимая в руках Чашу со Святыми Дарами.
Вольные страдания за Христа, праведность жизни, чудотворения явились основанием для причисления архимандрита Георгия к лику святых, а Данилов монастырь обрел нового небесного молитвенника и заступника.
Говоря о святынях Данилова монастыря, нельзя не сказать об иконе епископа Спиридона Тримифунтского и шитом золотом башмачке, который в течение года находился на его ногах. Святитель Спиридон дважды — в 2007 и 2010 — посетил монастырь своей цельбоносной десницей. Святой укрепляет людей в мужестве стояния за веру, с его помощью больные исцеляются от недугов и пагубных пристрастий. Особую помощь чудотворец оказывает в благополучном устроении семейных, имущественных и земельных дел.
Икона святого великомученика Пантелеймона, жившего в III–IV веках, находится на южной стене храма. Целитель Пантелеймон традиционно изображен с небольшим ларцом в левой руке и тоненькой лжицей (ложечкой) в правой. В ларце — лекарственные снадобья.
Больные люди молятся перед иконой об исцелении, и оно дается тем, кто верует.