Тогда же Б. П. Герасимович направил в народный суд дело о «незаконном получении» повторной выплаты по ранее оплаченной экспедиции. Рассмотрение дела состоялось на судебном заседании 25 мая 1936 г. Свидетельские показания против обвиняемых давал астроном В. П. Цесевич, в то время директор Сталинабадской обсерватории, однако суд отклонил свидетельства, поскольку счел Цесевича заинтересованным лицом, указав на его вину в приеме на работу пулковских сотрудников без согласия дирекции ГАО (нарушение правил о совместительстве). В защиту выступили профессор В. А. Амбарцумян и научный сотрудник Ленинградского университета А. И. Лебединский, академик В. Г. Фесенков сделал письменное заявление, что проведение второй работы нисколько не повредило выполнению первой и что «изучение только одного вопроса в условиях экспедиции явно нецелесообразно, а ценность и значение обеих работ достаточно отражены прессой». В результате суд постановил «дело производством прекратить», при этом вынес частное определение руководству обсерватории ввиду «ненормальных отношений» в коллективе ГАО. Незаконных действий со стороны Козырева и Еропкина суд не установил.
Будучи уволенным из обсерватории, Козырев не мог принять участие в экспедиции специалистов ГАО в район полосы полного солнечного затмения 19 июня 1936 г. Он участвовал в наблюдении затмения как научный сотрудник Астрономической обсерватории Ленинградского университета в составе университетской экспедиции, направлявшейся в район Красноярска.
С возвращением в Ленинград возобновились хлопоты по восстановлению Д. И. Еропкина и Н. А. Козырева на работе в Пулковской обсерватории, успешно закончившиеся в августе 1936 г. решением суда. Но странное противостояние молодых ученых и руководства ГАО продолжалось, в делах обсерватории пыталась разобраться специальная комиссия Президиума АН СССР в составе профессора Е. Б. Пашуканиса, академика С. И. Вавилова и члена-корреспондента П. М Никифорова.
Тем временем в Ленинграде начались аресты ученых, преподавателей вузов, научных работников. В числе арестованных оказались многие физики, математики, геофизики, астрономы. Одним из первых был взят под стражу член-корреспондент АН СССР директор Астрономического института Б. В. Нумеров. Ему приписали роль организатора террористической антисоветской группы среди интеллигентов. Многих других заключали в тюрьму, а затем судили «по делу Нумерова». Из справки Управления КГБ по Ленинградской области от 10 марта 1989 г., присланной по запросу ГАО, стала известна полная формулировка обвинения, предъявленного большой группе (свыше 100 человек) ленинградских ученых, арестованных во второй половине 1936 г. – первой половине 1937 г. Людей судили по подозрению в «участии в фашистской троцкистско-зиновьевской террористической организации, возникшей в 1932 г. по инициативе германских разведывательных органов и ставившей своей целью свержение Советской власти и установление на территории СССР фашистской диктатуры».
Волна арестов докатилась и до Пулкова. 31 октября 1936 г. был арестован научный консультант Пулковской обсерватории по вопросам радиофизики А. П. Константинов как участник «контрреволюционной организации». В ночь на 7 ноября совершились аресты еще четырех пулковцев: И. А. Балановского, Н. В. Комендантова, П. И. Яшнова и Н. А. Козырева. Дата операции подобрана кощунственно: к каждой годовщине Великого Октября обычно реабилитировали уголовных преступников, а на этот раз пополняли армию заключенных числом политических нереабилитируемых. Козырева арестовали на торжественном вечере 6 ноября. Очередное кощунство совершено в ночь на 5 декабря (День Сталинской Конституции): тогда арестовали Н. И. Днепровского и Д. И. Еропкина. Для чего избирались такие даты? С целью выполнить операцию менее заметно или, наоборот, громогласно провернуть «мероприятия против контрреволюции», нагнать страху на обывателей? Во всяком случае, в Пулкове аресты наделали много шума: даты их и жертвы не забыты до сих пор.
Н. В. Комендантова, занимавшего должность ученого секретаря обсерватории, сменил М. М. Мусселиус, но последнего также арестовали 10 февраля 1937 г. Должность становилась опасной. Впрочем, репрессировали не по должностному признаку. Сменивший И. А. Балановского на посту заведующего отделом астрофизики и звездной астрономии молодой профессор Е. Я. Перепелкин был арестован 11 мая 1937 г. Затем добрались и до директора. Б. П. Герасимовича арестовали 29 июня 1937 г. в поезде при возвращении из Москвы, куда он выезжал по вызову Президиума Академии наук. Одновременно с ним арестовали непременного секретаря Академии Н. П. Горбунова (которого 7 сентября 1937 г. не стало в живых).