Пулковские сотрудники, арестованные с ноября по февраль, были судимы в Ленинграде 25 мая 1937 г. выездной сессией Военной коллегии Верховного суда СССР. Семеро (И. А. Балановский, Н. И. Днепровский, Н. В. Комендантов, П. И. Яшнов, М. М. Мусселиус, Н. А. Козырев, Д. И. Еропкин) были «признаны виновными в преступлениях» по ст. 58 УК РСФСР и стандартно приговорены каждый «к 10 годам тюремного заключения с поражением в политических правах на 5 лет, с конфискацией всего, лично ему принадлежащего имущества». Суд над каждым, поодиночке, длился по нескольку минут без предъявления обоснованного обвинения, без защиты, только с учетом собственных «признаний виновных»… под пытками. Не суд, а расправа. А. П. Константинов, судимый там же в тот же день, был приговорен к высшей мере наказания и казнен 26 мая 1937 г.
Б. П. Герасимович разделил участь Н. П. Горбунова. Судимый в Ленинграде 30 ноября 1937 г. на закрытом судебном заседании выездной сессией Военной коллегии Верховного суда СССР, он был расстрелян в день суда. Д. И. Еропкина, М. М. Мусселиуса, Е. Я. Перепелкина расстреляли в тюрьмах после дополнительного осуждения особыми тройками «за контрреволюционную троцкистскую агитацию среди заключенных» (формулировка удивительно однообразна независимо от места осуждения, как будто она отражала установку свыше). Б. В. Нумеров расстрелян в Орловской тюрьме 13 сентября 1941 г. без суда, очевидно, в связи с нависшей угрозой оккупации г. Орла немецко-фашистскими войсками.
Как общая деталь привлекает внимание то, что на вопрос о социальном происхождении почти все арестованные сотрудники ГАО приписывали себя к дворянству, хотя подлинными выходцами из дворян были далеко не все. Имелись и другие «компрометирующие данные», например Б. П. Герасимович состоял ранее в партии эсеров, М. М. Мусселиус происходил из семьи кадрового офицера царской армии и т. п. В «шпионских связях» с заграницей можно было обвинить любого из сотрудников обсерватории, потому что каждый вел переписку с зарубежными учеными. Таким подбором создавалась «террористическая шпионская организация». Ее «разоблачение» производилось путем выколачивания на следствии «признаний виновных» и «свидетельских показаний». Никто не знал о составлении списков обреченных согласно разработанному сценарию, но каждый узнавал о «предательстве» бывшего товарища по службе. Н. А. Козырева уверили, что на него «показал» Б. В. Нумеров, который будто бы перечислил еще многих «участников шпионской организации».
Н. А. Козырев мало и неохотно рассказывал о том, как пережил годы тюремного заключения и ссылки в исправительно-трудовом лагере, но некоторые его воспоминания вошли в художественное исследование А. И. Солженицына «Архипелаг ГУЛАГ», рассказ И. С. Шкловского, а также статью А. И. Кульпина «„Докторантура“ профессора Козырева» (статья составлена на основе бесед с родными и знакомыми Козырева после его смерти) и неопубликованный биографический очерк, написанный его сыном Ф. Н. Козыревым. Сведения эти противоречивы, порой загадочны или просто непонятны: должно быть, от самого Николая Александровича они исходили по-разному, поскольку настроение рассказчика могло быть неодинаковым. Поэтому целесообразно обратиться сначала к официальной справке.
В ней сказано: «Козырев Николай Александрович… до ареста 7 ноября 1936 года старший научный сотрудник Пулковской обсерватории и ЛГУ. Выездной сессией Военной коллегии Верховного суда СССР в закрытом судебном заседании в Ленинграде 25 мая 1937 года признан виновным в преступлении, предусмотренном ст. 58 пп. 8 и 11 УК РСФСР и приговорен к 10 годам тюремного заключения с поражением в политических правах на 5 лет с конфискацией всего, лично ему принадлежащего имущества. До мая 1939 года отбывал наказание в тюрьме г. Дмитровск Орловский Курской области, а затем был этапирован через г. Красноярск в Норильские лагеря НКВД (с. Дудинка и г. Норильск). До января 1940 года работал на общих работах, а с января 1940 года по состоянию здоровья был направлен на Дудинскую мерзлотную станцию в качестве геодезиста. Весной 1940 года был расконвоирован и производил топографические съемки с. Дудинки и его окрестностей. Осенью 1940 года работал инженером-геодезистом Дудинского отделения капитального строительства, а с декабря 1940 года назначен начальником Мерзлотной станции. 25 октября 1941 года „за проведение враждебной контрреволюционной агитации среди заключенных“ арестован вторично, и 10 января 1942 года Таймырским окружным судом Красноярского края в с. Дудинка приговорен к 10 годам лишения свободы с поражением в политических правах на 5 лет. После суда Козырев Н. А. был переведен в г. Норильск и назначен на работу на металлургический комбинат инженером теплоконтроля. Весной 1943 года по состоянию здоровья был переведен на работу в Геологическое управление Норильского комбината инженером-геофизиком. До марта 1945 года работал прорабом экспедиции на Хантайском озере…».