Одним из таких чиновников, включенным в структуру соответствующего министерства, устав 1804 г. делал попечителя университета. Ни одно сколько-нибудь значимое решение по университету (назначение профессоров, выборы ректора, определение лекционных курсов и учебных программ и т. д.) не могло получить законную силу без его подтверждения попечителем, а иногда и министром народного просвещения, должность же ректора требовала ее утверждения императором. Правда, попечитель формально имел довольно ограниченные возможности влиять на ход университетской жизни. Об этом позаботился один из авторов устава — М. Н. Муравьев, чувствовавший двойственное положение университетской республики и желавший укрепления ее самостоятельности. По его рекомендациям попечитель не должен был непосредственно вмешиваться в университетские дела, избегать влияния какой-либо партии из среды профессоров, а для этого жить, по большей части, в Петербурге. Для Московского университета, привыкшего к бдительной опеке И. И. Шувалова, И. И. Мелиссино, М. М. Хераскова, такое положение куратора было в новинку. Сразу после преобразования университета среди студентов складывается «Жалобная песнь», обращенная к покойному И. И. Шувалову. В ней студенты, вспоминая «отеческую заботу» прежних кураторов, довольно едко упрекают Муравьева за отступление от традиций:
После смерти Муравьева традиция берет свое. Новые попечители университета, сперва граф А. К. Разумовский, затем П. И. Голенищев-Кутузов, постоянно живут в Москве. В своей роскошной усадьбе Горенки граф Разумовский принимал избранный круг профессоров, которому и покровительствовал как попечитель. Вмешательство Голенищева-Кутузова окажется еще сильнее: он прославился тем, что собственными стараниями удалил из университета четырех неугодных ему профессоров. Все это доказывало, что либеральные намерения, заключенные в уставе 1804 г., не могли в полной мере воплотиться в жизнь и нисколько не препятствовали наступлению реакции. Сама по себе университетская республика еще была слишком слаба: если за короткий срок попечительства Муравьева она только формируется, причем на этом пути не обходится без злоупотреблений, неудач, то в дальнейшем ее самостоятельность развивается с большим трудом, а яркие личности, способные вести за собой других профессоров, открытые к восприятию нового, желающие продвижения вперед науки и преподавания, в конце рассматриваемого нами периода уходят со сцены. Таким образом, хронологические рамки от 1803 до 1812 г. заключают в себе события от становления и короткого расцвета университетской республики (1805–1807 гг.) до ее угнетенного состояния при попечителе Голенищеве-Кутузове и драматических происшествий, связанных с отъездом университета из Москвы за сутки до вступления туда войск Наполеона, после чего начинается новый период университетской истории.