Мария была вдовой датского герцога Магнуса, вассала паря Ивана IV в качестве короля Ливонии. Царь выдал Марию замуж за Магнуса в 1573 г. Пять лет спустя Магнус предал царя и перешел на сторону Батория. В 1583 г. он умер в бедности. Мария, все еще сохраняющая титул королевы Ливонии, оставалась в Польше.432
Советники царя Федора решили пригласить Марию с ее девятилетней дочерью в Москву. Приглашение необходимо было хранить в секрете от польско-литовского правительства, поскольку никому из московитов не позволили бы с ней встретиться. Поэтому в августе 1585 г. Борис Годунов поручил представителю британско-русской компании Джерому Горсею, который собирался отбыть в Англию, посетить Марию, передать ей приглашение царя Федора и убедить ее согласиться приехать в Москву, для чего будут сделаны все необходимые приготовления. Из Данцига Горсей послал к царю Федору и Борису Годунову гонца с необходимой информацией, и некоторое время спустя побег Марии из Риги был организован. Вскоре после ее приезда в Москву Марию поместили в монастырь недалеко от Троицкой Лавры и вынудили постричься в монахини, приняв имя Марфа. Ее дочь умерла в 1588 г.433
Таким образом Борис не позволил ей играть какую-либо политическую роль при дворе царя Федора или среди бояр.Еще одной тревожащей проблемой для правительства Федора являлся вопрос о политическом статусе великого князя тверского, Симеона Бекбулатовича. Великое княжество Тверское, восстановленное царем Иваном в 1577 г., было не только исторической аномалией, но и потенциальной угрозой единству Московского царства.
При жизни царя Ивана IV Симеон, хотя официально и был суверенным правителем, фактически являлся зависимым князем (служилым князем) Ивана IV. Эта зависимость, однако, держалась на личной верности Симеона Ивану. В будущем ситуация могла измениться. Симеон имел сыновей, следовательно, существовала возможность учреждения новой тверской княжеской династии, которую нельзя было сбрасывать со счетов.
Для устранения подобной возможности правительство Федора потребовало, чтобы Симеон официально объявил себя подданным царя Федора – в политических терминах Московии его холопом. Не имея никаких политических амбиций, Симеон согласился и начал называть себя так в своих посланиях Федору.434
Во внутренней политике лидеры правительства Федора должны были решать те же неотложные вопросы, что стояли перед ними, как советниками Ивана IV, и в предыдущие годы. Государственную казну необходимо было пополнять. Военнослужащих дворянской армии нужно было снабжать поместьями и работниками. Напомним, что еще с начала царствования Ивана IV московское правительство пыталось, получить дополнительные деньги и земли от церквей и монастырей. Церковный Собор 1580 г. согласился сделать некоторые уступки государству.
В июле 1584 г. (был созван другой церковный Собор с целью ограничить расширение церковных и монастырских землевладений и передать некоторые из них в распоряжение царя. Собор подтвердил решения, принятые в 1580 г., и вдобавок аннулировал так называемые тарханы, налоговые льготы духовенства.435
Идя навстречу требованиям военнослужащих дворян, правительство Федора вынуждено было продолжать принимать меры к обеспечению дворянских поместий работниками, и поэтому продолжало политику временного ограничения свободы крестьян. Известно, что 1581-1586, 1590-1592, 1594 и 1596 гг. были заповедными, то есть в течение этих лет крестьяне-арендаторы не имели права покидать поместья, в которых они работали. Возможно, что все годы до 1600-го являлись заповедными, хотя документальных свидетельств этого до сих пор не обнаружено.
Крестьяне-арендаторы, покинувшие хозяйские поместья в заповедные годы, считались беглыми и в случае поимки силой возвращались на прежнее место жительства. Таким образом начал обретать форму административный механизм поддержания нарождающегося крепостного права. К 1592 г. работа над новыми земельными кадастровыми книгами, которая началась в 1581 г., была закончена, и эти списки помогали устанавливать личности крестьян, живущих в поместьях землевладельцев.