Очень скоро московские власти начали получать жалобы от землевладельцев, чьи арендаторы сбежали в заповедные годы. Помещики требовали, чтобы администрация приняла шаги к возвращению беглых. 24 ноября 1597 г. царь Федор по совету Бориса Годунова издал указ, в котором правительство предписывало судьям не рассматривать жалобы помещиков по поводу побегов, случившихся до 1592 г., но принимать меры по сыску бежавших после 1592 г.436
Однако за семь месяцев до подписания этого законодательного акта вышел указ о кабале, по которому работник терял право освободиться от зависимости, выплатив взятое в долг, и обязывался служить своему хозяину (за проценты займа) до его смерти. После смерти господина кабальный человек автоматически получал свободу. Людей, служивших на тот момент добровольно без кабалы и отказывавшихся связать себя кабальным обязательством, следовало сместить, если они поступили на службу менее чем за полгода до нового указа. Ели же они уже служили более полугода, то считались кабальными холопами.437Правительство царя Федора недолго сохраняло единство. В августе 1584 г. «ключевой человек» регентского совета, Н.Р. Юрьев, тяжело заболел (очевидно, был парализован). Он скончался весной 1585 г. Старший боярин, князь И. Ф. Мстиславский, попытался захватить власть и вывести друга Юрьева, Бориса Годунова, из совета. Интрига Мстиславского не удалась, он был сослан в Кириллов монастырь и вынужден принять постриг. Его сын, князь Федор Иванович Мстиславский, заменил его на посту старшего члена (первосоветника) Боярской Думы.438
Борис Годунов, со своей стороны, использовал падение И.Ф. Мстиславского как повод, чтобы лишить его зятя, Симеона Бекбулатовича, титула великого князя тверского и вместе с тем упразднить это великое княжество. Симеону было оставлено только его основное земельное владение, Кушалино, куда его и выслали. Упразднение Великого княжества Тверского диктовалось интересами государства, но сам Симеон, его друзья и родственники считали это результатом происков Бориса Годунова.
И действительно, после этих событий влияние Бориса Годунова на ход государственных дел значительно возросло. Его друзья и сторонники сравнивали положение Бориса в правительстве Федора с положением Алексея Адашева в первое десятилетие правления царя Ивана IV. Даже польским и литовским владыкам, пристально следившим за развитием политики Московии, скоро стало известно об этом.
В разговоре с московским послом к императору Рудольфу, во время его путешествия в Прагу через Польшу, архиепископ Станислав Карнковский, примас Гнезно, с большим уважением отозвался о Борисе Годунове, «втором Алексее Адашеве». Посол, Лука Новосильцев, ответил: «Алексей был мудрым человеком, а Борис еще мудрее».439
Однако возвышению Бориса Годунова бросил вызов род князей Шуйских, самым популярным в котором был тогда князь Иван Петрович, защитник Пскова. В борьбе с Борисом Шуйские нашли значительную поддержку у московских купцов, которые возражали против привилегий, пожалованных Борисом иностранным купцам. Митрополит Дионисий тоже оказался готов поддержать оппозицию Борису: Дионисий не любил Бориса за его политику ограничения роста церковных и монастырских землевладений и дружбу с иностранцами.
Шуйские и их последователи направили свои действия не непосредственно против Бориса, а против его сестры, царицы Ирины. Они полагали, что сила Бориса при дворе Федора строится на том, что он брат царицы. К тому моменту Ирина не имела от Федора детей. Шуйские потребовали, чтобы для продолжения династии Федор разделся с Ириной и взял другую супругу. Слабым пунктом этого плана являлось то, что Ирина не была бесплодной. Она перенесла несколько выкидышей (позже, в 1592 г., родила дочь).
Несмотря на это, митрополит Дионисий и Шуйские подали челобитную, в которой просили царя развестись с Ириной, и организовали уличную демонстрацию в поддержку своего прошения. Они жестоко просчитались. Хотя Федор и был слабовольным, он очень любил Ирину, а его нравственная интуиция угадывала за заботой Шуйских о государстве личный интерес. Действия митрополита Дионисия и Шуйских глубоко оскорбили его, и он поручил Борису и другим своим помощникам расправиться с оппозицией.
Митрополит Дионисий вынужден был оставить свой пост. Князя Андрея Ивановича Шуйского сослали в Каргополь, а Ивана Петровича– в Белоозеро. Нескольких зачинщиков уличной демонстрации казнили. Однако в опалу попал не весь род Шуйских. Просто теперь наиболее влиятельным среди них стал изворотливый князь Василий Иванович (брат Андрея Ивановича).440
Крушение замысла Шуйских укрепило власть Бориса Годунова. Теперь он фактически стал правителем Руси. Это выражалось в сложном титуле, присвоенном ему царем Федором в 1591 г. Он звучал:
«Зять великого государя, управитель, слуга и конюший, боярин и дворцовый воевода, содержатель царств Казанского и Астраханского».