Однако вскоре командование пришло к мысли, что необходимы специальные меры, пока для отдельных ненадежных дивизий. Директивой Ставки ВГК № 001650 командующему Брянским фронтом А. И. Еременко разрешалось создать заградительные отряды. Инициатива исходила от самого Еременко, войска фронта которого не смогли выполнить поставленную перед ними задачу, в том числе из-за того, что отдельные командиры и рядовые бойцы проявляли паникерство, трусость и оставляли поле боя. Целью заградительных отрядов являлось «не допускать самовольного отхода частей, а в случае бегства остановить, применяя при необходимости оружие»
. На этом основании была издана директива Ставки ВГК №№ 001919 от 12 сентября, в которой, в частности, говорилось: «Опыт борьбы с немецким фашизмом показал, что в наших стрелковых дивизиях имеется немало панических и прямо враждебных элементов, которые при первом же нажиме со стороны противника бросают оружие, начинают кричать: “Нас окружили!” и увлекают за собой остальных бойцов. В результате подобных действий этих элементов дивизия обращается в бегство, бросает материальную часть и потом одиночками начинает выходить из леса». Согласно директиве, каждой дивизии предписывалось «иметь заградительный отряд из надежных бойцов, численностью не более батальона (в расчете по 1 роте на стрелковый полк), подчиненный командиру дивизии». А их задачами «считать прямую помощь комсоставу в поддержании и установлении твердой дисциплины в дивизии, приостановку бегства одержимых паникой военнослужащих, не останавливаясь перед применением оружия, ликвидацию инициаторов паники и бегства, поддержку честных и боевых элементов дивизии, не подверженных панике, но увлекаемых общим бегством».Хотя директивой предписывалось создать заградотряд за пять дней, они были созданы не везде. В 32-й армии, входящей в Резервный фронт, таковые не обнаружены. Заградотряд, как правило, формировался на базе особого отдела НКВД, который имелся в каждой дивизии, а рядовой состав набирался из обычных строевых рот, правда, не все подходили и выдерживали, некоторые отправлялись обратно в окопы. Дело было не только в том, что заградотрядовцы должны были быть готовы стрелять по своим, но и в общем серьезном отношении к службе, которое было далеко не у всех.
Заградотряды проявили себя уже в октябрьских боях на Можайской линии обороны. Например, в наградном листе старшего лейтенанта госбезопасности Г. П. Махотина говорится: «В период тяжелых оборонительных боев частей 43 армии в районе Малоярославец – Каменка … тов. Махотин находился на переднем крае вместе с бойцами заград. отряда, где под интенсивным огнем противника, задерживал трусов и паникеров, бежавших с поля боя, лично расстреливая на месте наиболее злостных из них, в соответствии приказом ставки главного командования за № 270»
. Махотин был награжден медалью «За отвагу». Такой же награды был удостоен лейтенант ГБ М. В. Наумов, который в «средних числах октября» «возглавлял группу бойцов роты особого отдела» и не только «задерживал трусов и других предателей родины, расправляясь на месте с наиболее злостными из них», но и «принимал непосредственное участие в отражении прорвавшейся группы автоматчиков противника».