Со смертію царевича Димитрія, когда пресѣкся царскій родъ и наступило время владычества надъ Россіей Поляковъ и Самозванцевъ, Москва понесла тогда невознаградимыя утраты. Вѣковыя ея сокровища были расхищены, многіе памятники древняго искусства разрушены огнемъ или руками враговъ, которые, разграбивъ царскую казну, несчетныя богатства въ церквахъ, монастыряхъ, домахъ, лавкахъ и погребахъ, дѣлили между собою золото и серебро, драгоцѣнныя каменья и ткани, такъ что по словамъ нѣкоторыхъ лѣтописцевъ, инымъ Ляхамъ доставалось отъ 10 до 20 фунт. серебра, и они стрѣляли въ Русскихъ изъ самопаловъ жемчужинами, ибо одного жемчугу найдено ими въ Царскихъ кладовыхъ болѣе 40 четвериковъ. Поляки, захвативъ утвари Русскихъ Государей, ихъ короны и одежды, все это отправили въ Польшу къ Королю Сигизмунду III. Но ближайшій стольникъ Никифоръ Траханіотовъ, въ 1710 г. сентября 21, узнавъ, что боярская дума рѣшилась впустить Поляковъ въ Московскій Кремль и избрала Польскаго королевича Владислава Царемъ всея Руси, скрылъ первый царскій нарядъ и нѣсколько драгоцѣнныхъ по древности и по веществу сосудовъ и вещей въ подземную кладовую, никому неизвѣстную. Священные остатки сихъ древнихъ памятниковъ украшаютъ теперь, мастерскую Оружейную палату.
Къ счастію Россіи и Москвы, Троицко — Сергіевская обитель мужественно выдержала 16-ти мѣсячную осаду и тѣмъ уготовила спасеніе Россіи, которая крамолами и разновластіемъ едва не доведена была до гибели.
Съ избраніемъ на царство Михаила Ѳедоровича Романова началось возрожденіе царственнаго града Москвы, а вмѣстѣ съ тѣмъ и возрожденіе всей Россіи, Царь Михаилъ Ѳедоровичъ обратилъ особенное вниманіе на укрѣпленія города, частію разрушенныя, частію поврежденыя во время осаднаго сидѣнья Поляко-Литовцевъ. Городскія стѣны, башни и вороты были исправлены и частью перестроены. Въ 1635 и 36 годахъ построены въ Кремлѣ новые каменные хоромы Государевы подъ мастерскою палатою, а въ 1636 году для Царевицей Ивана и Алексѣя Михаиловичей построенъ верхній теремъ, названный въ надписи хоромами и покрытый вызолоченною мѣдью. Онъ возвышается надъ такъ называемымъ Теремнымъ дворцомъ.
Благочестивое попеченіе Царя Михаила Ѳедоровича обращено было на возобновленіе и устроеніе храмовъ Господнихъ.
Царь Алексѣй Михайловичъ, подобно родителю своему, заботился объ украшеніи столицы и распространеніи въ ней храмовъ Божіихъ. Вступленіе свое на престолъ, 29 сентября 1645 г, Царь Алексѣй Михайловичъ ознаменовалъ сооруженіемъ въ загородной слободѣ церкви св. Харитонія, а бракосочетаніе свое съ Марьею Ильиничною Милославскою храмомъ св. Петра веригъ на Покровкѣ. Война и миръ, завоеваніе и присоединеніе къ Московскому государству новыхъ городовъ и областей, голодъ, моръ и пожары, рожденіе и бракосочетаніе особъ царствующаго дома, принесеніе св. иконъ и мощей въ столицу, служили благочестивыми побужденіями къ созиданію обѣтныхъ церквей. Сколько ни упразднено и ни перестроено, по новой архитектурѣ, церквей того вѣка, но еще уцѣлѣли до нашего столѣтія многіе изъ древнихъ храмовъ временъ Алексѣя Михаиловича, каковы: Спаса за золотою рѣшеткою, въ Китаѣ Грузинскія Божія Матери;, въ Бѣломъ городѣ св. Николая въ Столпахъ, или на Столпѣ и друг.
При царѣ Алексѣѣ Михайловичѣ въ Кремлѣ возведены были: Крестовая палата патріаршаго дома 1655 г., къ коему пристроены были деревянные покои царевны Марфы Алексѣевны; набережныя хоромы иконнаго терема, потѣшный дворецъ, гдѣ были впервые опыты театральнаго искусства и гдѣ находился домъ тестя царя боярина Ильи Милославскаго съ церковью Похвалы Богородицы; также построена царская Оружейная Палата, Аргамачьи конюшни, Сытный и Хлѣбенный дворцы. Грановитая Палата была возобновлена и перестроена княземъ В. В. Голицынымъ. Надъ Краснымъ крыльцомъ онъ сдѣлалъ мѣдную кровлю на связяхъ и построилъ въ Кремлѣ палаты для Посольскаго приказа, который стоялъ на площади близъ другихъ приказовъ, тогда какъ приказы Тайныхъ дѣлъ, Большаго дворца, мастерскія палаты, аптекарскій, оружейный, монастырскій помѣщались на Царскомъ дворѣ.