Но указание на «грекофильство» Дионисия можно делать лишь с той оговоркой, что оно касалось специальной сферы книжного исправления и богословского знания. Во всем остальном Дионисий был чисто московским человеком: в его душе жили старые заветы, жила мысль о богоизбранности русского народа и господствовала забота о том, чтобы через исправление временных «нестроений» церковных и мирских возвести московскую жизнь к ее прежнему внутреннему совершенству и чистоте. Греческое ученое руководство мыслилось лишь как средство; целью же было обновление древнего русского благочестия в его местных, народных формах, тех именно, которыми предшествовавшие поколения русских людей «богу угодиша». Именно это национально-охранительное настроение почерпнул известных расколоучитель Иван Неронов, когда судьба свела его с Дионисием. По рассказу самого Неронова, внесенному в его биографию, он в своей молодости должен был покинуть родное село, так как перессорился там с пьяным и бесчинным причтом. Неронов за пьянство обличал «иереев» столь круто, что даже его тесть стал против него, и Неронову пришлось ночью спасаться «из веси тоя» в Троицкий монастырь. Там его представили Дионисию, рассказав о его добродетельных порывах против слабостей односельчан. Дионисий заинтересовался юношей и «повеле пребывати ему у себя в келий», иначе говоря, включил его в круг своих воспитанников, которых у него всегда бывало довольно. «И живяше Иоанн (Неронов) в келий немало время с преподобным архимандритом», пока Дионисий не убедился, что пригретый им юноша «истинен и верен есть во всем». Тогда он послал его к патриарху Филарету с письмом, и с этого началась деятельность Неронова в духе начал, внушенных ему Дионисием. Неронов, посвященный в попы, жил сначала в своем селе, потом в с. Лыскове близ Нижнего, потом в самом Нижнем и везде являлся сторонником и деятелем церковного обновления, врагом житейской пошлости и пьяного разврата. Необыкновенная страстность натуры Неронова не поддалась воспитательному воздействию ни благодушного Дионисия, ни блиставшего придворной выдержкой попа Стефана Вонифатьевича, в кружок которого попал в Москве Неронов. Неронов не раз подвергался взысканиям, даже ссылке, вечно ссорился и шумел и в конце концов, озлобленный постоянной борьбой за свои идеалы, обратился в раскол и стал явным врагом официальной церкви. В этой фазе он, конечно, далеко отошел от пути, намеченного Дионисием, и от приемов, им внушенных; но в основе своих взглядов он, без сомнения, был духовным сыном знаменитого архимандрита. Последний, как мы видели, сознавал культурное превосходство греков, оставаясь ревнителем древнего русского благочестия. Неронов в пылу борьбы с грекофилом Никоном отстаивал то же древнее русское благочестие, но не мог вместить в своем уме справедливого отношения к грекам. Ученик оказался уже и ограниченнее учителя, но от того не переставал быть именно его учеником.
Из других достигших известности учеников Дионисия, кроме помянутых Ивана Наседки, Арсения Глухого, Ивана Неронова, необходимо назвать еще Симона Азарьина, пришедшего в Троицкий монастырь из знатного боярского двора князей Мстиславских и всю свою жизнь проработавшего на монастырь. Он был «строителем» (управителем) в подчиненных Троицкому провинциальных монастырях, бывал посылаем для отдельных поручений административно-хозяйственного характера, служил в должности казначея у Троицы и, наконец, окончил жизнь в звании келаря. Свои досуги он посвящал чтению и литературному творчеству. После него монастырь получил его большую библиотеку, в составе которой были и собственные произведения Азарьина. Он был пламенным почитателем Дионисия; жил при нем под одной кровлей в тесном духовном с ним общении около шести лет, а после его кончины, в сотрудничестве с Иваном Наседкой, составил его биографию.