Над северо-западным углом галереи возвышается шатровая колокольня, под которой расположен придел во имя святого апостола и евангелиста Иоанна Богослова. Иоанн Богослов занимает особое место в ряду избранных учеников Христа Спасителя. Нередко в иконографии апостол Иоанн изображается кротким, величественным и духоносным старцем, с чертами девственной нежности, с печатью полного спокойствия на челе и глубоким взором созерцателя неизреченных откровений. Другая главная особенность духовного облика апостола открывается через его учение о любви, за которое ему по преимуществу усвоено наименование Апостола любви. Действительно, любовью пронизаны все его писания, основная мысль которых сводится к понятию, что Бог в Своем существе есть Любовь (1 Ин. 4, 8). В них он останавливается преимущественно на проявлениях неизреченной любви Бога к миру и человеку, на любви своего Божественного Учителя. Он постоянно увещевает учеников к взаимной любви. Служение Любви – весь жизненный путь апостола Иоанна Богослова. Ему были свойственны спокойствие и глубина созерцания в сочетании с горячей верностью, нежная и безграничная любовь с пылкостью и даже некоторой резкостью. Из кратких указаний Евангелистов видно, что он обладал в высшей степени пылкой натурой, сердечные порывы его иногда доходили до такой бурной ревности, что сам Иисус Христос вынужден был умерять их, как несогласные с духом нового учения. Более того, Спаситель назвал апостола Иоанна и его родного брата Иакова «сынами грома» (Воанергес). В то же время он обнаруживает редкую скромность и, несмотря на свое особенное положение среди апостолов как ученика, которого любил Иисус, он не выделялся из ряда других учеников Спасителя. Всегда чуткий к другим, он болезновал сердцем о погибающих. Апостол Иоанн с благоговейным трепетом внимал Богодухновенному учению своего Учителя, исполненному благодати и истины, в чистой и возвышенной любви созерцая Славу Сына Божия. Ни одна черта из земной жизни Христа Спасителя не ускользнула от проницательного взора апостола Иоанна, ни одно событие не прошло, не оставив глубокого следа в его памяти, поэтому в нем сосредоточились вся полнота и целостность человеческой личности. Такой же целостностью обладали и мысли апостола Иоанна Богослова. Для него не существовало раздвоенности. По его убеждению, где нет полной преданности, там нет ничего. Избрав путь служения Христу, он до конца жизни совершал его с полнотой и безраздельной последовательностью. Празднование 8 мая святому апостолу Иоанну Богослову установлено Церковью в воспоминание ежегодного исхождения в этот день на месте его погребения тончайшего розового праха, который собирали верующие для исцелений от различных болезней.
Что же касается архитектурного облика церкви Живоначальной Троицы, то многие исследователи отмечают влияние школы деревянного зодчества, а в ряде деталей нарядного декоративного убранства ими усматривается влияние стиля ярославской школы каменного зодчества. Вполне возможно, что храм строили земляки Григория Никитникова – искусные мастера каменных дел. Внешний облик храма производит впечатление удивительной цельности, хотя известно, что окончательно он сложился лишь в 50–60-х гг. XVII в., когда наследники Никитникова достраивали церковь. Именно в тот период возникают Никольский придел и северное крыльцо, не сохранившееся до нашего времени. Тогда же в церкви устанавливают позолоченный деревянный иконостас, расписывают своды и стены храма фресками. В работе над интерьером храма Живоначальной Троицы в Никитниках принимали участие «царские изографы»: мастера Оружейной палаты Симон Ушаков, Яков Казанец, Иосиф Владимиров и Гавриил Кондратьев. В 1904 г. в подклетке храма был освящен придел в честь Грузинской иконы Божией Матери, тем самым было утверждено существование в Троицком храме с XVII в. почитание одного из списков чудотворного образа. Православные москвичи, глубоко чтившие этот образ, нередко называли храм Живоначальной Троицы церковью Грузинской Божией Матери. В храме также особо почитались Владимирская икона Божией Матери «Насаждение древа Государства Российского» и икона «Благовещение с акафистом».