В середине XVI в. улица получила название Никольской (по монастырю Николы Старого). Вдоль нее постепенно возникали боярские усадьбы и дворы служилого люда. Жить на Никольской стало престижно; к моменту построения Китайгородской стены Никольская улица уже славилась своими монастырями, торговыми рядами и домами знатных бояр. Подобно другим улицам Китай-города, Никольская была извилистой, с узкими и кривыми переулками. Ее ширина никогда не была постоянной и нередко сильно уменьшалась за счет захвата уличной территории под дворы и торговые лавки. Большая скученность деревянных строений и недостаточная ширина улицы не раз приводили к беде: например, в большой майский пожар 1626 г. она полностью выгорела. Пожары были, без сомнения, главным бедствием Москвы. Городские власти пытались бороться с пожарами путем устройства широких улиц, переулков и тупиков, расчисткой их от незаконных торговых мест, понижения высоты деревянных построек и, наконец, запрещения их строительства в Кремле и Китай-городе. Если пожар все же вспыхивал, то специальные стрелецкие караулы для предотвращения его распространения быстро ломали все дома вокруг того места, где загорелось, не считаясь с протестами их хозяев. За некую символическую плату стрельцы могли попытаться спасти дом, оградив его от огня мокрыми щитами, обтянутыми бычьей кожей. За свою историю Никольская улица горела не раз, но всегда быстро отстраивалась горожанами заново.
В Китай-городе центром торговли и деловой активности были Торговые ряды, протянувшиеся по восточному краю Пожара (так в конце XVI – первой половине XVII вв. называлась Красная площадь) между Никольской, Ильинской и Варварской улицами. В 1596 г. вместо сгоревших деревянных торговых рядов горожанами были построены каменные. Новые ряды сразу стали достопримечательностью Китай-города и даже привлекали внимание иностранных гостей. Один из них оставил такие записи: «Какой везде порядок, для каждого рода товаров, для каждого ремесленника, самого ничтожного, есть особый ряд лавок». На Никольскую улицу выходили Седельный, Котельный, Железный верхний, Коробейный и Серебряный ряды. Между ними располагались проходы. Остатки этих рядов с их глубокими двухъярусными подвалами были обнаружены и обследованы во время строительства нового здания Верхних торговых рядов (ныне ГУМа). С утра до вечера вокруг рядов шла торговля. На Никольском крестце и Красной площади стояли скамьи и шалаши, деревянные прилавки, кадки и бочки квасников. Московские купцы и приезжие торговые люди деловито прохаживались между прилавками, приценяясь к товарам, иногда останавливаясь у бочек попить кваску, а заодно и обсудить между собой последние слухи и новости. Вокруг покупателей суетились продавцы, купеческие приказчики зазывали посмотреть заморские товары, попробовать дорогие вина и прикупить нечто на каждый день. Жители слобод предлагали овощи. Продавались и многочисленные поделки, дешевые, но необходимые на каждом дворе. Были здесь даже и «разбойные люди», сбывавшие краденый товар, а еще бродили многочисленные московские нищие, жалостливо выпрашивая подаяние у публики побогаче. Особенно славилась Никольская улица своими иконными лавками, за что даже заслужила в народе название «священной улицы». Иконные ряды были одними из самых больших в Китай-городе. Во второй половине XVII в. они, начинаясь у Богоявленского переулка, доходили до Печатного двора. Та м можно было приобрести или заказать любую икону. Торговля иконами, шедшая почти по всей Никольской улице, показалась властям неприличной, и ее было решено упорядочить. В связи с этим в 1681 г. был издан указ, запрещавший подобную торговлю: «В Китай-городе на Никольском крестце в иконном ряду торговым людям святых икон на промене не держать и иконному ряду впредь в том месте не быть». Продавцы икон с Никольской улицы были переведены на Печатный двор, где специально для этого было построено десять лавок.