В возрасте 35 лет, овдовев, ушел в киевский Межигорский монастырь. В 1657 году по его прошению патриарх Никон перевел его в свой Иверский монастырь, населяемый нарочито разноплеменным братством во образ монашества Святой Афонской горы. После ухода патриарха Никона от правления Церковью старец Иоаким стал на сторону противников патриарха. В 1663 году его заметили и перевели в Москву в Чудов монастырь в сане архимандрита. В 1672 году Иоаким - митрополит Новгородский, вынужденный в Москве заниматься общецерковными делами в связи с болезнью патриарха Питирима. В 1674 году избран патриархом.
И в отношении к царской власти, и в отношении к Западу, к православному Востоку, к исправленным книгам и обрядам патриарх Иоаким твердо и последовательно проводил программу патриарха Никона. Так что только какими-то личными мотивами можно объяснить его отрицательное отношение к последнему.
В 1675 году Иоаким собрал церковный Собор, постановивший, чтобы Монастырский приказ был не на словах, а на деле упразднен. Было решено также, чтобы все мирские чиновники в епархиальных управлениях подчинялись только духовным лицам, исполняя лишь сугубо технические, канцелярские функции. Сбором пошлин с духовенства и судом его по всем гражданским и духовным искам стали ведать теперь только священнослужители. В 1677 году Монастырский приказ был окончательно распущен. Перед этим в 1676 году скончался царь Алексей Михайлович. При его сыне Феодоре Алексеевиче в 1680 году патриарх Иоаким добился отмены решения боярской Думы о том, чтобы не наделять землями церкви и монастыри. Вопреки желанию правительства было установлено, чтобы земли отмежевывались для всех церквей и обителей. Как верно отмечают исследователи (А. В. Карташов), борьба за сохранение и увеличение церковных земель и иного недвижимого имущества Церкви была характерна для всех русских патриархов
вплоть до последнего - Адриана58. Но важно заметить, что дело здесь не в корыстолюбии иерархии и духовенства, а в том, что в условиях хозяйственнополитической системы того времени вопрос о земельных владениях был вопросом о должной независимости Церкви от государства (не абсолютной, конечно, а относительной, в той мере, в какой это было возможно).В 1682 году правительство возбудило дело об исполнении пожелания греческих иерархов на Соборе 1667 года о введении в России церковного управления по древнему византийскому образцу, когда Поместная церковь делилась на крупные митрополии, в подчинении которым находились мелкие епископии. Проект для России весьма искусственный. У нас искони все кафедры были равны, подчиняясь каждая только главе Церкви. Пришлось созывать Собор59
. Бояре предложили проект создания при 12 митрополиях 72 епископий. Русские архиереи поначалу согласились на увеличение числа епархий только до 34. В следующем году они соборне решили ограничиться числом 22 епархий, потом - числом 14. А в итоге были вновь образованы только 4 епархии: Устюжская, Холмогорская, Тамбовская и Воронежская. Древневизантийский принцип соподчинения епархий был отклонен.