Нынче принято смотреть на старообрядцев чуть ли не как на невинных страдальцев. Но это только потому, что они оказались побежденной стороной. Если же на минуту представить себе, что они сделались победителями, а «никониане» - побежденными, то у знающих историю раскола, фанатическую агрессивность нрава Аввакума, Логгина, Никиты и тех старообрядцев, что, удалившись за окраины России, оттуда совершали военные нападения
на русские города, не может быть сомнений в том, что они расправлялись бы с «никонианами» с несравненно большей жестокостью, чем та, что была допущена по отношению к ним.Движение раскольников необходимо было подавить силой, иначе оно грозило России новой смутой. После июльских событий 1682 года патриарх Иоаким созвал еще один в этом году Собор, на котором было решено просить царя принять нужные меры к старообрядцам. Была разработана целая система их розыска и наказания вплоть до казни через сожжение
особо упорствующих. По этому поводу были изданы как патриаршие, так и царские указы. Таким образом, 1682 год - вот та историческая черта, после которой можно говорить о расколе как о движении широких масс, приобретшем очень опасный религиозно-политический характер. В этом году был сожжен протопоп Аввакум. Резко увеличилось и число изуверских самосожжений старообрядцев. Практиковались у них и иные виды самоубийства. К 1690 году покончило с собой около 20 тысяч старообрядцев60. До 1682 года они еще питали надежды привлечь царскую власть на свою сторону. Теперь эта надежда рухнула. Старообрядцы наконец увидели то, что патриарх Никон видел давно, а именно - отступление царской власти вообще от евангельских заповедей и святоотеческой веры Святой Руси. И расценили это точно так же, как расценивал Никон, - как апокалиптическое явление и «антихристово узаконение». Петра I старообрядцы прямо объявили антихристом.Большой проблемой для Церкви была также борьба со всевозможными западными влияниями, все более активно проникавшими в русскую среду. Фаворит Софьи князь В. В. Голицын являлся откровенным приверженцем западной культуры. При его поддержке в Немецкой слободе Москвы обосновались даже два иезуита, занимавшиеся пропагандой «латынства». Голицын покровительствовал Симеону Полоцкому, появившемуся в Москве в том самом роковом 1666 году и ставшему законоучителем в царской семье, и его ученику Сильвестру Медведеву, настоятелю Заиконоспасского монастыря - наиболее ярким представителям западнического, латинствующего крыла в московской учености. Эллинистическую партию составили Епифаний Славинецкий († 676 год), его ученик Евфимий, затем с 1685 года братья Иоанникий и Софроний Лихуды и многие их ученики. «Эллинистическая» партия создала хорошую богословскую школу, объединявшую многих учеников Епифания. Ими под руководством учителя была подготовлена и издана полностью в 1663 году Библия, сверенная с греческим текстом. В их руках оказалось и все дело книгоиздательства и сверки текстов книг в 60-70-х годах семнадцатого века. Они восстановили греко-латинскую школу в Чудовом монастыре, основанную патриархом Никоном, но потом, после его опалы, закрытую.
«Латинствующая» партия тоже не ленилась. Симеон Полоцкий и Сильвестр Медведев, пользуясь покровительством Феодора Алексеевича, основали школу с латинским уклоном. Оба были плодовитыми писателями. Они составили даже проект академии с очень широкими полномочиями высшего контроля над всей системой образования и книгопечатания. По приговору академии еретики должны были сжигаться на кострах... Смерть царя Феодора, уже подписавшего указ об открытии этой академии, не дала возможности ей практически возникнуть. Симеон Полоцкий скончался в 1680 году. Но «латинствующие» ученые продолжали пользоваться поддержкой князя В. Голицына и через него правительницы Софьи.
Патриарх Иоаким не спешил осуществлять проект высшей школы, чтобы не отдать ее в руки «латинствующей» партии. Он, подобно патриарху Никону, думал о создании строго православного ученого центра,
поддерживая «эллинистическую» группу. Антилатинскими настроениями патриарха Иоакима в определенной мере объясняется и его политическая ориентация - против царевны Софьи и Голицына, в пользу Нарышкиных и Петра.