Церковное имущество бывшей в доме графа Разумовского церкви иконы Божией Матери «Взыскание погибших» (основана в 1831 г.), кроме престола и иконостаса, было перенесено в новое помещение сиротского института. Здесь в 1851 г. освятили церковь во имя мученицы царицы Александры, содержавшуюся на деньги Московского опекунского совета. В ней находились памятные доски, серебряные венки и другие мемориальные предметы, связанные с историей училища и его выпускниками. В апреле 1900 г. училище и его храм посетил император Николай II, и ему показали достопамятные святыни: складень из образов великомученика Георгия, святителя Николая и мученицы царицы Александры, присланных в дар выпускниками училища – офицерами Варшавского военного округа; икону благоверного князя Александра Невского, пожалованную императором Александром II и написанную по указанию императора Николая I в память рождения наследника престола.
В начале 1919 г. представители Музейного отдела Наркомпроса изъяли из храма часть икон и мемориальных предметов для размещения их в Военно-историческом музее. В мае 1919 г. помещение училища было передано Реввоенсовету, и домовую церковь окончательно упразднили. В 1944–1946 гг. по проекту видных советских архитекторов А.А. Мндоянца и М.В. Посохина двухэтажное здание бывшего училища надстроили до пяти этажей. Ныне в нем располагаются подразделения Министерства обороны РФ.
Алексия, митрополита Московского, святителя на Глинищах церковь
(уничтожена).Храм находился между улицами Тверская и Большая Дмитровка, в Глинищевском переулке. Впервые он упоминается в документах в 1620-е гг. К 1690 г. на старом месте возводится новая Алексиевская церковь с приделом святителя Николая. В середине XVIII века был устроен второй придел – в честь иконы Божией Матери «Всех скорбящих Радость». Новую колокольню выстроили в 1780-е гг. Несмотря на переделки, к началу XX века пятиглавый храм, в основном, сохранил свой первоначальный облик. Он был украшен многими старинными иконами и художественной утварью. В пятиярусном главном иконостасе выделялись несколько икон, написанные в 1689–1690 гг. известным иконописцем Тихоном Филатьевым: храмовый образ святителя Алексия, Иоанн Предтеча и другие. В Николаевском приделе находился замечательный резной образ святителя Николая конца XVII века, украшенный вызолоченной ризой и митрой. К особо почитаемым святыням относился большой, старинный, унизанный жемчугом серебряный крест с частицами святых мощей, в том числе московских святителей Алексия и Филиппа.
В ноябре 1929 г. памятник XVII века с замечательным внутренним убранством – церковь святителя Алексия на Глинищах – передали под зернохранилище. А спустя пять лет снесли, выстроив на его месте жилой дом.
Алексия, митрополита Московского, святителя в Зачатьевском монастыре часовня
(2-й Зачатьевский переулок, дом № 2).Находится при входе в монастырь, под надвратным храмом Спаса Нерукотворного Образа, справа от ворот. Место ее на фасаде храма отмечено иконой святителя Алексия, митрополита Московского. Зачатьевский монастырь был основан святителем Алексием, митрополитом Московским в 1360 г. Его первыми насельницами были родные сестры святителя игуменья Иулиания и монахиня Евпраксия. До закрытия монастыря в 1927 г. и разрушения монастырского собора Рождества Пресвятой Богородицы в нем существовал придел во имя святителя Алексия. Богослужения в монастыре были возобновлены в 1993 г. Часовня во имя святителя Алексия была устроена в 1999 г. Святые врата и своды часовни расписаны художником Александром Царенковым.
Алексия, митрополита Московского, святителя, в Ольгинском приюте церковь
(уничтожена).Детский приют был основан в 1844 г. и с согласия великой княжны Ольги Николаевны, дочери Николая I (впоследствии – королева Вюртембергская), назван Ольгинским. Он находился сначала в Хамовниках, а позже переехал в собственный дом на Преображенской улице. В начале XX века в нем содержалось 70 мальчиков, которые обучались в 1–3 общих классах и в 4-м, где преподавались черчение и рисование. Окончившие курс воспитанники могли поступать в техническое училище, принадлежавшее Совету детских приютов.
В 1910–1911 гг. в ознаменование рождения наследника престола цесаревича Алексея к приютскому зданию с западной стороны пристроили в виде обширной залы церковь святителя Алексия митрополита Московского. Ее освятили 28 сентября 1911 г. В ней находился двухъярусный, художественной работы иконостас. Храм закрыли в 1918 г., а уничтожили вместе со зданием приюта в начале 1930-х гг. На этом месте позднее выстроили семиэтажный дом.
Алексия, митрополита Московского, святителя, при психоневрологическом интернате № 26 церковь
(Косинская улица, дом № 8).