Интерьер собора отличался изысканностью. Особенно славился его высокохудожественный бронзовый иконостас 1839 г. с литыми одиннадцатипудовыми серебряными Царскими вратами. В алтаре на горнем месте был устроен архиерейский амвон, на котором стояло обложенное серебром кресло. Стенная живопись напоминала об истории обители. Над ракой святителя Алексия можно было увидеть изображение великого князя Дмитрия Ивановича Донского с непокрытой головой, в кафтане и шубе. Рядом помещалась картина исцеления митрополитом Алексием жены татарского хана Джанибека – Тайдуллы. Самой знаменитой соборной иконой считался чудотворный образ святителя Алексия, написанный на верхней доске его гроба. Он находился возле раки с мощами святителя. Подле него в особом шкафу хранились саккос, епитрахиль, подризник и посох святого митрополита Московского. Славился и образ святителя Николая в Благовещенской церкви, который перенесли в Кремль в 1840-е гг. из питейного дома в Дорогомиловской слободе. Особо почитались древние иконы Иоанна Предтечи, Анастасии Узорешительницы, Господа Вседержителя. В алтаре Благовещенской церкви стоял больших размеров крест-распятие 1668 г. работы известного живописца И. Рефусицкого.
Монастырская ризница, размещавшаяся под Благовещенской церковью, была знаменита своими историческими реликвиями. О святителе Алексии напоминало рукописное Евангелие, переведенное митрополитом с греческого на славянский язык. Множество золотых и серебряных сосудов, крестов, кадил, панагий составляли вклады в обитель царей, бояр, купцов. Особо выделялась митра «Потемкинская», усыпанная бриллиантами и жемчугом, и панагия с замечательным изумрудом – дары князя Г.А. Потемкина-Таврического московскому митрополиту Платону (Левшину). Алексеевский собор имел и своеобразный мемориальный характер. По его стенам были развешаны знамена, бунчуки и ключи от крепостей, взятых русскими в персидскую войну 1820–1828 годов.
В феврале 1905 г. невдалеке от Чудова монастыря террористом был убит великий князь Сергей Александрович. Его останки захоронили под Алексеевским собором, а год спустя в усыпальнице была устроена новая церковь преподобного Сергия Радонежского с иконостасом из белого мрамора, куда были помещены иконы, принадлежавшие великому князю. В 1995 г. его останки были перенесены в Новоспасский монастырь.
Собор закрыли в 1918 г., а снесли в 1930–1931 гг. Мощи святителя Алексия перенесли в Архангельский собор Кремля, а в 1947 г. передали в кафедральный Богоявленский собор в Елохове, где они почивают и поныне.
Алексия, митрополита Московского, и Иннокентия, епископа Иркутского, святителей, в Черкизове церковь
(уничтожена).В селе Черкизове, приналежавшем московским иерархам, невдалеке от церкви пророка Илии, в 1760-х годах выстроили архиерейский дом – дачу с крестовой церковью. Кроме икон в домовом храме находился старинный портрет патриарха Филарета (Романова). В 1820 и 1868 гг. церковь перестраивали. Освящение обновленной церкви состоялось в 1877 г. Незадолго до 1917 г. архиерейскую дачу капитально отремонтировали. В 1918 г. ее помещения заняла коммуна «Красный Луч». Все церковное имущество было передано в черкизовский Введенский храм. Позже архиерейскую дачу отдали под жилье и под конторы. Весной 1992 г. здание сильно пострадало от пожара.
Алексия, человека Божия, преподобного, в колокольне Страстного монастыря
(уничтожена).Монастырь был основан в 1654 г. за стенами Белого города в честь Страстной иконы Божией Матери. В 1937 г. монастырский комплекс снесли. Теперь на его месте – памятник А.С. Пушкину, фонтаны и кинотеатр «Россия». Первое упоминание о церкви, устроенной в монастырской колокольне, относится к 1702 г. В 1773 г. она сильно пострадала от пожара и была вновь освящена после восстановления 19 октября 1781 г. В середине XIX века старую звонницу снесли и в новой надвратной колокольне 24 октября 1855 г. освятили небольшую церковь преподобного Алексия. Ряд икон в ее иконостасе исполнил известный художник В.В. Пукирев, стены расписал художник Чернов. Колокольню с храмом уничтожили, как и всю обитель, в 1937 г.
Алексия, человека Божия, преподобного, и Воздвижения Креста Господня в Красном селе церковь
(2-й Красносельский переулок, дом № 3, строение 1).Церковь была выстроена в Ново-Алексеевском монастыре в 1853–1858 гг., и имела приделы Грузинской иконы Божией Матери и преподобного Павла Латрийского.
Автор проекта – знаменитый архитектор М.Д. Быковский. Храм входил в комплекс Ново-Алексеевского женского монастыря, перенесенного в эту местность с Чертолья в 1837 г. в связи со строительством Храма Христа Спасителя, и находился рядом с кладбищем обители.