Во второй половине XVII века в этой местности появились дворы именитых бояр: Ивана Михайловича Милославского – родственника царя по первому браку и Артамона Сергеевича Матвеева – опекуна Натальи Кирилловны Нарышкиной, второй жены царя Алексея Михайловича. В 1669 г. по инициативе А.С. Матвеева и по приказу и при участии самого государя здесь возвели новый каменный храм. Строителем его был зодчий церкви святителя Григория Неокесарийского на Полянке Иван Кузмин Кузнечик. Существует любопытное свидетельство, что этот зодчий служил стрельцом в полку Артамона Матвеева, царского фаворита, известного западника, женатого на англичанке и воспитывавшего будущую царицу несколько иначе, нежели было принято в домостроевской Москве.
Церковь представляла собой большой двухэтажный храм на высоком подклете, который служил усыпальницей рода Матвеевых. Главный престол в честь праздника Рождества Пресвятой Богородицы с приделом Рождества Иоанна Предтечи находился наверху. Однако за церковью прочно закрепилось наименование по нижнему престолу святителя Николая. Это был типичный посадский кубовидный храм – пятиглавый, с сомкнутым сводом, украшенным рядами килевидных кокошников «вперебежку», тройным алтарем и фасадами, декорированными в стиле «московского узорочья» середины XVII века. Сюда входят и пышный карниз с изразцовым фризом, и угловые колонки, и фигурные наличники окон. Храм строился на средства богатых заказчиков, которые не пожалели средств на его украшение. Его оригинальной чертой является отсутствие трапезной, при наличии широкой крытой галереи с трех сторон и симметричных приделов в восточной части, что так характерно для XVI – начала XVII века. Завершала ансамбль изумительной красоты колокольня – шатровая, с пятью рядами слухов, одна из самых высоких и стройных в Москве. В 1672 г. по распоряжению Алексея Михайловича храм расписали царские иконописцы.
В 1682 г. во время стрелецкого бунта, разгоревшегося во время борьбы между сторонниками малолетнего Петра I и его противниками Милославскими, во главе с царевной Софьей, А.С. Матвеев был убит. Его похоронили в ограде приходской церкви Николы в Столпах. В 1820 г. на месте могилы Матвеева архитектор А.Ф. Элькинский на средства канцлера графа Н.П. Румянцева (правнука А.С. Матвеева) выстроил усыпальницу в стиле классицизма. По иронии судьбы, здесь же в усыпальнице храма святителя Николая был погребен в 1685 г. злейший враг Матвеева – боярин И.М. Милославский. Однако в 1697 г. его покой был нарушен. Во время казней участников заговора Цыклера-Соковнина, Петр приказал разрыть могилу Милославского, которого он считал идейным вдохновителем всех покушений на свою особу, и доставить на свиньях гроб в село Преображенское. Там его поставили под плахой с тем, чтобы кровь казненных текла в гроб. В настоящее время надгробная плита И.М. Милославского находится в Донском монастыре, куда была перенесена из церкви Николая в Столпах, когда в монастыре размещался ГНИМА имени А.В. Щусева. В XIX в. прихожанином церкви Николы в Столпах был великий русский поэт Федор Тютчев, живший в доме неподалеку. Неоднократные пожары почти полностью уничтожили первоначальное убранство и святыни, однако до начала XX в. бережно сохранялись несколько древних (существовавших еще до 1669 г.) икон.
В 1938 г. церковь уничтожили, и на ее месте выстроили типовое школьное здание. Напоминанием о храме Николы в Столпах является наличник, перенесенный в Донской монастырь и вмонтированный в нишу монастырской стены.
Николая, святителя, при Странноприимном доме князей Куракиных церковь
(уничтожена).Сподвижник Петра I князь Борис Иванович Куракин, отправляясь в военные походы, всегда брал с собой образ святителя Николая, стоявший в часовне у Ильинских ворот. Историк Странноприимного дома Л. Воздвиженский писал: «Эта чудотворная икона не раз спасала его в боях, возбуждала в нем геройский дух и укрепляла веру и надежду на спасение при виде гибели среди боевого огня».
Чудотворный образ помог князю в битве под Азовом, и он дал обет на постройку в Москве «во славу св. Николая особого храма, чтобы увековечить память о его спасающей силе на полях брани». Умирая в 1726 г., Б.И. Куракин завещал своему сыну Александру выстроить обетный храм и при нем приют на пятнадцать человек для отставных заслуженных воинов.
Николаевскую домовую церковь в Новой Басманной слободе строили по рисунку, сделанному в Париже. Устроили и придел благоверных князей Бориса и Глеба, первый из которых был ангелом-хранителем Б.И. Куракина. Соединенная ходом с госпиталем, Куракинская церковь по своей величине, изяществу архитектуры, внутреннему украшению считалась первой среди домовых храмов Москвы. Колокольни при ней не было, несколько небольших колоколов находилось на звоннице в виде двух каменных столбов возле западной стены храма.