Крупнейшим русским монастырем за пределами России был Пентелеимоновский на Святой горе Афон. В 1867 г. из него в московский Богоявленский монастырь был доставлен ковчег с частицами мощей великомученика и целителя Пантелеймона и других угодников Божиих. При входных вратах обители для новой святыни соорудили часовню, в нише под алтарем церкви святого Иоанна Предтечи. Небольшую каменную Пантелеимоновскую часовню освятили 11 февраля 1873 г. Ее построили по рисункам известного архитектора П.П. Зыкова. Иконостас был исполнен из разноцветного мрамора, с большим крестом посредине. По правую сторону от него поместили древнюю Тихвинскую икону Божьей Матери в ризе, а по другую сторону – икону святого Пантелеймона, список с чудотворного афонского образа. Напротив иконостаса, на мраморном аналое поместили ковчег с афонской святыней. Изящный корпус ковчега был сооружен на фабрике Овчинникова. В июле 1873 г. освятили помещенные на боковых стенах иконы, представляющие точные копии со знаменитых чудотворных афонских образов: Спасителя из Протата, икон Божией Метери «Достойно есть», «Скоропослушница», «Избавительница», «Отрада», или «Утешение», Иоанна Крестителя, Николая Чудотворца и Георгия Победоносца. Позже появились иконы святых Александра Невского и Марии Магдалины, Саввы Сербского (постриженика русской обители) и Афанасия Афонского (основателя монашеского общежития на Афоне). В 1883 г. на Никольской улице возвели большую новую Пантелеимоновскую часовню, куда и перенесли ковчег с афонской святыней. В 1930 г. небольшая часовня около Богоявленского монастыря была снесена.
Пантелеймона, великомученика, при больнице имени братьев Бахрушиных церковь
(уничтожена).На Сокольничьем поле на средства братьев Петра, Александра и Василия Алексеевичей Бахрушиных в 1882–1887 гг. выстроили большую больницу (улица Стромынка, дом № 1, корпус 10). В центральной части верхнего этажа двухэтажного длинного здания была устроена главная больничная церковь иконы Божьей Матери «Всех скорбящих Радость». Вторую церковь выстроили во дворе больницы и освятили 6 сентября 1887 г. во имя великомученика и целителя Пантелеймона. Она предназначалась, в основном, для отпевания умерших больных. В церкви находился трехъярусный иконостас с двадцатью шестью иконами без риз, боковые же двухъярусные иконостасы имели по пятнадцать икон. В алтаре имелось еще шестнадцать икон.
Оба больничных храма ликвидировали в июне 1923 г., церковное имущество поделили между Музейным фондом и Мосфинотделом. В начале 1970-х гг. обезглавленный Пантелеимоновский храм снесли, и на его месте выстроили здание морга больницы, которая теперь носит имя терапевта А.А. Остроумова.
Пантелеймона, великомученика, при городской клинической больнице № 15 церковь
(Вешняковская улица, дом № 23).Устроена в выделенном больницей помещении и освящена 2 марта 1995 г. Приписана к храму Успения Пресвятой Богородицы в Косине.
Пантелеймона, великомученика, при детской психоневрологической больнице № 18 церковь
(Мичуринский проспект, дом № 74).Церковь приписана к храму святителя Димитрия Ростовского в Очакове.
Пантелеймона, великомученика, при инфекционной клинической больнице № 2 храм-часовня
(8-я улица Соколиной горы, дом № 15).Храм приписан к церкви Воскресения Христова на бывшем Семеновском кладбище.
Пантелеймона, великомученика, при клинической больнице № 83 церковь
(Ореховый бульвар, дом № 28).С 1994 г. в больнице была создана молитвенная комната. В 1998 г. переоборудована в церковь и освящена. Приписана к храму святителя Николая на Берсеневке.
Пантелеймона, великомученика, при Мариинском приюте церковь
(уничтожена).Приют на Донской улице для престарелых женщин дворянского сословия был учрежден в 1881 г. В одноэтажной каменной пристройке к приютскому зданию в 1893 г. устроили Пантелеимоновскую церковь. В ней установили одноярусный, местами позолоченный иконостас. Церковь была обеспечена необходимой утварью, однако каких-либо выдающихся историко-художественных предметов в ней не было. Ее закрыли и опечатали 2 марта 1920 г. В 1921 г. небогатое церковное имущество рассеяли по сельским храмам. Приютское здание с церковной пристройкой снесли в 1960-начале 1970-х гг.
Пантелеймона, великомученика, при Медцентре Управления делами президента Российской Федерации часовня
(Мичуринский проспект, дом № 6).Часовня приписана к церкви Преображения Господня в Тушине.