В 1690 г. храм обновляют, он получает «нарышкинский» облик с огромными прямоугольными окнами, украшенными живописными наличниками и нарядными порталами. Его архитектура вполне соответствует традиции возведения небольших столпообразных храмов-молелен для царской семьи. Своеобразием является отсутствие характерного контраста между внушительным наружным объемом и тесным внутренним пространством, служащим для небольшого числа молящихся. Храм – как снаружи, так и внутри – характеризует изящество, гармоническая соотнесенность частей, сочетание классических черт с готическими. Он был окружен гульбищем – низкой галереей с арками. Она была извлечена реставраторами из толщи культурного слоя. Щелевидные древнерусские окна, возникшие взамен великолепных, петровских времен, из-за искреннего желания восстановить первоначальный облик храма, выглядят не очень убедительно. В результате реставрационных работ облик храма сильно исказился. Он стал грузным, непроницаемым, следы новодела бросаются в глаза.
Храм закрыли, как и все церкви монастыря, 1920-е гг. До начала 1940-х годов в нем еще находился пышный резной иконостас. До конца 1980-х годов в церковном помещении складировались скульптурные бюсты партийных деятелей. В 1990-е гг. храм передали Патриаршему подворью Высоко-Петровского монастыря. Новый иконостас был выполнен священником Александром Маньшиным. Храм украшен фресками в соответствии с современными представлениями о росписях древнерусского православного храма художниками С.С. Родионовым, А.В. Бояровым и А.И. Руди. Петровский собор освятили 3 января 1998 г.
Петра, Алексия, Ионы и Филиппа, митрополитов Московских, святителей, при летних бараках военного госпиталя церковь
(уничтожена).Деревянная одноглавая церковь во имя святителей Московских на Введенских горах была построена на средства Николая Павловича Каверина. По-видимому, она находилась на Госпитальной площади или в саду вблизи Главного военного госпиталя с деревянными корпусами. Храм освятили в 1880 г. Особого причта у него не было, он был приписан к домовому храму апостолов Петра и Павла в Военном госпитале. О храме почти ничего не известно. Вскоре после Октябрьской революции 1917 г. он был уничтожен.
Петра, Алексия, Ионы и Филиппа, митрополитов Московских, святителей, при Московском епархиальном церковно-свечном заводе церковь
(Посланников переулок, дом № 9).Небольшой свечной завод Новопименовского благочиния был открыт в 1878 г. В 1879 г. на съезде духовенства решено было сделать этот завод епархиальным, то есть средства от продажи церковных свечей употреблять на нужды Московской епархии. С развитием завода в 1881 г. для него было приобретено владение в Посланниковом переулке. В 1897–1899 гг. в верхнем этаже главного корпуса завода, с восточной стороны, для служащих и рабочих была устроена домовая церковь во имя Петра, Алексия, Ионы и Филиппа, святителей Московских. Храм первоначально приписали к храму Богоявления Господня в Елохове, а с 1903 г. сделали самостоятельным, с причтом в составе священника, дьякона и псаломщика.
В 1899 г. в нижнем этаже здания открыли однолетнюю церковно-приходскую школу, в которой обучалось одновременно до сорока мальчиков из окрестного населения. О внутреннем убранстве церкви ничего не известно, в 1905 г. она считалась «вполне устроенной». Церковь была разорена вскоре после Октябрьской революции 1917 г. Ныне проводится работа по ее восстановлению.
Петра и Павла, апостолов, при Генеральном госпитале в Лефортове церковь
(Госпитальная площадь, дом № 1; уничтожена).Здание госпиталя было выстроено по указу императора Петра I для лечения нижних чинов и обучения лекарей. Госпиталь открыли в 1707 г. вместе с первой в России госпитальной школой. Первоначально он был рассчитан на двести больных, а в 1756 г. расширен до тысячи мест. Коренная перестройка центральной части госпиталя производилась в 1798 г. архитектором И.В. Еготовым, угловых же частей здания – в начале XIX в. при императоре Александре I. На обширной госпитальной территории существовало три храма – апостолов Петра и Павла, иконы Божией Матери «Всех скорбящих Радость» и Московских святителей.