Первую церковь Воскресения Словущего выстроили одновременно с госпиталем. В 1738 г. она сгорела и была возобновлена. После перестройки здания храм перевели в центр психиатрического отделения, выходящего на Яузу, и освятили 20 июля 1801 г. во имя первоверховных апостолов Петра и Павла. В нем находились иконостас в стиле ампир начала XIX в. с иконами в ризах, запрестольная икона начала XVIII в. (с одной стороны – Смоленский образ Божией Матери, с другой – святителя Николая), запрестольный деревянный золоченый крест начала XVIII в., икона Божией Матери «Трех радостей» XVIII в. в бисерной ризе, Смоленская икона Божией Матери первой половины XVII в., образ святителя Николая конца XVIII в., четыре украшенных драгоценными окладами Евангелия XVII–XVIII вв. В храме находилось немало серебряных предметов: три комплекта богослужебных сосудов XVIII – начала XIX века, две дарохранительницы XVIII в., напрестольный чеканный крест 1717 г., крест XVIII в. с мощами, два заклиросных киота XVIII в., потир с надписью 1733 г., четыре подсвечника начала XVIII в. Петропавловский храм обновили в 1896 г. на средства ктитора Гаврилова в память предстоящего коронования императора Николая II. Иконостас вновь вызолотили, иконы отреставрировали.
После Октябрьской революции 1917 г. Генеральный госпиталь переименовали в 1-й красноармейский коммунистический. Храм закрыли около 1921 г. Большинство его церковного имущества передали в церковь села Неверово Тверской губернии. Наиболее ценные иконы и серебряные предметы поступили в музейные фонды. С 1946 г. госпиталь носит имя Н.Н. Бурденко. Несмотря на неоднократные перестройки, сохранилась старинная центральная часть корпуса. Помещение Петропавловского храма используется под кинозал.
Петра и Павла, апостолов, при Киевском 5-м гренадерском полку церковь
(уничтожена).Этот полк, сформированный в 1700 г., был одним из старейших в России. Петропавловская церковь была устроена на втором этаже одного из корпусов Алексадровских казарм (Павловская улица, дом № 4), в котором размещался полк. Освятили ее 15 ноября 1892 г. В нем находился одноярусный иконостас. В алтаре за престолом помещалась полковая икона, а у клиросов, на особых аналоях – иконы в серебряных ризах Спаса Нерукотворного, святителя Николая и благоверного князя Александра Невского. В 1910 г. церковь переместили в более просторное помещение в том же здании. Церковь ликвидировали, как и другие домовые храмы, вскоре после Октябрьской революции 1917 г. Церковное помещение отдали под клуб для военнослужащих.
Петра и Павла, апостолов, в Лефортове церковь
(Солдатская улица, дом № 4).Храм в этой местности известен с 1613 г. В 1696 г. он перестраивался на средства петровского сподвижника Ф.Я. Лефорта, владевшего обширным дворцом неподалеку от храма. Современное церковное здание выстроено к 1711 г. на средства императора Петра I для Лефортовского полка. Храм сочетает архитектуры черты, традиционные для русских храмов XVII в., с элементами барокко.
На основном объеме четверика установлены пять глав, колокольня шатровая. Петропавловская церковь имеет южный придел апостола Иоанна Богослова и северный – преподобного Сергия Радонежского.
В советские годы, храм не закрывался и сохранил колокола и убранство XVIII века, в том числе деревянный позолоченный иконостас. Среди его святынь: чудотворная Почаевская икона Божией Матери, икона Божией Матери «Нерушимая Стена», мощи благоверного князя Михаила Тверского. К этой церкви приписаны домовый храм во имя Воскресения Словущего и иконы Божией Матери «Утоли моя печали» при городской больнице № 29 имени Н.Э. Баумана и часовня на Введенском кладбище.
Петра и Павла, апостолов, в Люблине церковь
(уничтожена).В конце XVIII века владельцем деревни Люблино стал Н.А. Дурасов, который отстроил здесь усадебный дом, театр, оранжерею, конный двор и устроил парк. Небольшой деревянный храм был создан по проекту архитектора Н.А. Шохина и первоначально экспонировался как образец сельских церквей на Всероссийской политехнической выставке 1872 г. в Александровском саду Кремля.
По завершению выставки его купил и перевез в Люблино новый владелец здешней усадьбы К.Н. Голофтеев. Выполненную в русском стиле церковь установили напротив главного усадебного дома, сохранившегося до наших дней. В начале 1930-х гг. храм уничтожили, и ныне на его месте – футбольное поле.
Петра и Павла, апостолов, в Малом Николаевском дворце Кремля церковь
(уничтожена).