В соборе сохранился старинный иконостас. Иконы его пяти ярусов относятся, в основном, к XIV–XVI векам. Огромную духовную и художественную ценность представляют образа деисусного чина, большинство которых приписывалось Феофану Греку («Спас в силах», «Божия Матерь», «Иоанн Предтеча», «Архангел Гавриил», «Апостол Павел», «Василий Великий», «Иоанн Златоуст»), а две иконы – «Архангел Михаил» и «Апостол Петр» – Андрею Рублеву. Семь икон праздничного чина также считали творениями великого русского иконописца. Но исследования последних лет говорят о возможном появлении этих икон в соборе после пожара 1547 г. Также после этого времени написаны псковскими мастерами иконы пророческого чина, а праотеческого чина – частью в XVI–XVII веках, частью в XIX веке. Великие святыни находятся и в нижнем местном ряду иконостаса: иконы Божией Матери Тихвинская и Смоленская, «Спас на Престоле», «Спас Смоленский» и другие. Каждая из этих старинных икон имеет свою историю, связанную с историческими событиями XIV–XVI веков. Две главнейших святыни храма – чудотворные иконы «Всемилостивый Спас» (1337 г.) и «Донская икона Божией Матери» (1392 г.), написанная Феофаном Греком, также происходящие из местного ряда иконостаса, – в настоящее время находятся в собрании Государственной Третьяковской галереи. Из существовавших до 1917 г. шести приделов сохранились иконостасы лишь трех: Собора Пресвятой Богородицы, Собора архангела Гавриила и Входа Господня в Иерусалим. Пол в храме выстлан квадратными и прямоугольными плитками из агатовидной яшмы, привезенной по приказанию царя Ивана IV Грозного из собора Ростова Великого.
Роспись стен собора, выполненная сыном прославленного живописца XV в. Дионисия, Феодосием и его помощниками, а затем поновлявшаяся другими мастерами, иллюстрирует идею объединения Руси в единое государство (святые патроны Новгорода, Пскова, Твери, Ярославля, Ростова, Чернигова), приемственность власти Москвы от Константинополя (византийские императоры, киевские, владимирские и московские князья), летопись крепнущего московского княжества (московские князья Даниил Александрович, Дмитрий Донской, Василий I Дмитриевич, Иван III, Василий III). Считается, что Феодосий был автором композиций «Изведение Петра из темницы», «Преполоновение», «Чудо архангела Михаила в Хонех» и «Сорок мучеников севастийских», а также изображений Георгия Победоносца и Дмитрия Солунского. Кроме того, в соборе сохранились редкие для русской церковной живописи настенные изображения греческих философов, поэтов и писателей: Платона, Аристотеля, Фукидида, Анахарсиса, Гомера, Вергилия и других. Над каждым из мудрецов античности помещено его имя, а в руках они держат свитки с цитатами из Священного Писания или изречениями из их сочинений. Центром росписи обширных галерей является «Древо Иессеево» – генеалогическое древо Христа.
Во время октябрьских боев в Москве в 1917 г. Благовещенский собор подвергся разрушениям. Снарядом была уничтожена крытая галерея XVI века. В начале 1918 г. собор был закрыт, богатейшее собрание соборной ризницы частью вывезли в Гохран на утилизацию, частью распределили между кремлевскими музеями. В 1930-е гг. уничтожили Красное крыльцо, находившиеся между собором и Грановитой палатой и служившее для торжественных выходов государя. В 1990-е гг. оно было восстановлено. В 1955 г. собор вошел в систему кремлевских музеев и был открыт для посетителей. С 1992 г. в соборе возобновлены праздничные богослужения в день Благовещенья Пресвятой Богородицы. В остальное время он открыт, как музей Московского Кремля.
Благовещения Пресвятой Богородицы в Петровском парке церковь
(Красноармейская улица, дом № 2, строение 2).Построена в русском стиле в 1844–1847 гг. по проекту видного архитектора и реставратора Ф.Ф. Рихтера на средства А.Д. Нарышкиной. К началу XX века церковь имела три придела – Боголюбской иконы Божией Матери, преподобных Ксенофонта и Марии и их чад Аркадия и Иоанна, праведных Симеона и Анны. В июле 1899 г. освятили верхнюю Благовещенскую церковь. Здание перестраивали в 1904 г. по проекту В.П. Гаврилова – к нижнему храму была сделана пристройка, в которой 29 ноября 1904 г. освятили престол во имя Боголюбской иконы Божией Матери.
Храм закрыли в середине 1930-х годов, сломали купол и верх колокольни, помещение использовали под склад Военно-воздушной академии им. Н.Е. Жуковского. В 1991 г. изуродованное церковное здание вернули общине верующих. Освятили храм в сентябре 1997 г. К 2001 г. были завершены восстановительные и реставрационные работы. Среди святынь храма чтимая икона XVII века «Господь – Вседержитель мира».
Благовещения Пресвятой Богородицы в Старом Ваганькове у Государева двора церковь
(уничтожена).