В феврале 1930 г. из храма были изъяты остававшиеся там ценности, и 24 сентября, накануне закрытия храма, братия во главе с архимандритом Тихоном перенесла святые мощи благоверного князя Даниила в приходской храм Воскресения Словущего в Даниловской слободе. С 1930 г. на территории Данилового монастыря находился приемник-распределитель для беспризорных детей и несовершеннолетних нарушителей. Храм Святых Отцов Семи Вселенских Соборов был разорен и обезглавлен. В 1983 г. монастырь возвратили Русской Православной Церкви, и началось его возрождение. Чин освящения храма Покрова Пресвятой Богородицы, что находится на первом этаже собора, был совершен 8 июня 1985 г. На солее Покровского храма в киоте находится главная святыня обители – икона благоверного князя Даниила Московского с частицами его мощей. Перед этим образом совершаются монашеские постриги. Главный и придельный иконостасы написаны в иконописной мастерской Данилова монастыря. Группу иконописцев возглавлял игумен Зенон, насельник Псково-Печерского монастыря. В алтаре храма большой мощевик с двадцатью частицами мощей преподобных отцов Киево-Печерских. В Покровском храме 2 декабря 2001 г. была установлена рака с мощами новопрославленного святого Георгия (Лаврова) († 1932), Даниловского чудотворца, духовника обители. Главный престол собора, находящийся на втором этаже, освятили 26 марта 1988 г.
Поначалу престольный праздник собора отмечался в день памяти Святых Отцов Шести Вселенских Соборов. В 1988 г. патриарх Московский и всея Руси Пимен благословил общецерковно отмечать память Святых Отцов Семи Вселенских Соборов в день освящения в 1561 г. первого каменного храма Свято-Данилова монастыря – 18 (31) мая. 7 марта 1995 г. патриарх Алексий II передал в Данилов монастырь частицы мощей благоверного князя Даниила Московского. Святые мощи поместили в большую раку, установленную на своем историческом месте в храме Святых Отцов Семи Вселенских Соборов, под северной аркой, между главным приделом храма и приделом благоверного князя Даниила Московского. Над ракой установлена резная деревянная сень. Сокровищем, сохранившимся со времен основания храма, является Владимирская икона Божией Матери с акафистом, которая находится в местном ряду иконостаса, слева от Царских врат. Справа от Царских врат помещен храмовый образ Святых Отцов Семи Вселенских Соборов, написанный в 1989 г. В местном ряду иконостаса находится образ святителя Николая XVIII века с клеймами его жития и Казанская икона Божией Матери XVIII века с клеймами, иллюстрирующими «Сказание о явлении чудотворной иконы Пресвятой Богородицы в городе Казани». В верхних рядах иконостаса находятся 67 икон XVIII века, переданных в Данилов монастырь из Троице-Сергиевой лавры и Московской Духовной академии. В приделе благоверного князя Даниила Московского находятся чтимая икона преподобного Кассиана Римлянина.
Серафима Саровского, преподобного, в Даниловом монастыре церковь
(улица Даниловский вал, дом № 22).Первоначально в 1984 г. в подклете больничного корпуса была устроена часовня, в которой была помещена частица мощей преподобного Серафима Саровского, отчего ее и посвятили Саровскому чудотворцу. Впоследствии здесь появились и другие святыни, связанные с именем великого подвижника: изображение преподобного Серафима на камне, его келейные четки и часть монашеской мантии. Впоследствии в часовне устроили иконостас, и она была обращена в церковь. Настенная живопись посвящена сюжетам из жизни преподобного Серафима Саровского.
Серафима Саровского, преподобного, при Комитете Красного Креста церковь
(уничтожена).Церковь занимала верхний этаж дома в Сивцевом Вражке, принадлежавшего Комитету Красного Креста. Ее освятили в марте 1914 г. В храме находилось около 170 икон, многие из которых были исполнены на холстах. Одной из главных реликвий являлись воздухи с главы преподобного Серафима, переданные из Саровской пустыни. Они находились в киоте на особой подставке. Искусствоведы отмечали большую ценность икон XVII – начала XVIII века: Божией Матери «Знамение», Спас Нерукотворный, великомученик Феодор Стратилат, образ Божией Матери «Утоли моя печали».
Церковь уничтожили в марте-апреле 1921 г., а ее имущество передали находящемуся неподалеку храму священномученика Власия в Старой Конюшенной слободе, где устроили придел преподобного Серафима Саровского. Позже придел был уничтожен. Уничтожили и здание Комитета Красного Креста, на месте которого выстроили Кремлевскую поликлинику (переулок Сивцев Вражек, дом № 28).
Серафима Саровского, преподобного, на Старой Божедомке церковь
(уничтожена).