Нередко в своей истории Чудов монастырь служил «узилищем» для противников Церкви и государства, и для тех, кого впоследствии оправдал суд Божий и суд потомков, а также для тех, кто оказался за тюремными засовами по причине своей верности Церкви и Отечеству. В числе чудовских узников были известный своей ревностной борьбой с ересью жидовствующих, архипастырь и поборник просвещения святитель Геннадий, архиепископ Новгородский († 1504, память его совершается 4/17 декабря), до поставлення на кафедру бывший чудовским архимандритом, и отправленный в заточение в 1441 г. за свою измену православию на Ферраро-Флорентийском Соборе митрополит Исидор – последний грек на кафедре русских первосвятителей. В XVI веке в Чудовом монастыре в заточении находились князь В.И. Патрикеев Косой и архиепископ Новгородский Феофил. А в Смутное время сведенного с престола царя Василия Шуйского здесь постригли в монахи. Кстати, по одной версии, которую можно считать наиболее распространенной в отечественной историографии, из Чудова монастыря происходил Лжедмитрий I, который был здесь иеродиаконом. В Чудовом монастыре стяжал страдальческий венец священномученик Ермоген, патриарх Московский († 1612, память его совершается 17 февраля/2 марта, 12/25 мая). Заключенный в одной из келий обители, он был уморен здесь голодом польско-литовскими интервентами и изменниками из числа русских бояр. Чудов монастырь стал в 1913 г. одним из центров торжеств по прославлению святителя Ермогена в лике святых Русской Православной Церкви.
Обитель была известна и своим некрополем. На ее территории и под сводами ее храмов покоились останки известных родов князей Трубецких, Куракиных, Хованских, Щербатовых, Оболенских, бояр Стрешневых. В монастыре были похоронены: дядька (воспитатель) царя Алексея Михайловича и его родственник боярин Б.И. Морозов, духовный писатель и деятель просвещения XVII–XVIII веков иеромонах Кирион Истомин, иеромонах Епифаний Славинецкий, иконописец Тимофей Архипов. В начале XX века в стенах обители обрел место упокоения один из представителей рода Романовых, великий князь Сергей Александрович (1857–1905), убитый неподалеку от Чудова монастыря террористом.
С 1904 по 1919 год наместником монастыря был викарий Московской епархии епископ Серпуховский Арсений (Жадановский, t 1937), принявший страдальческую кончину в годы советской власти. При владыке Арсении, поддерживавшем связь со старцами знаменитой Зосимовой пустыни, монастырь оказывал большое влияние на духовную жизнь Москвы. Во время Поместного Собора 1917–1918 годов некоторые его участники размещались в кельях Чудова монастыря. Вместе с его насельниками они пережили в начале ноября 1917 г. артиллерийский обстрел, которому подвергли Московский Кремль сторонники Военно-революционного комитета. В результате этого обстрела некоторые здания обители сильно пострадали.
После переезда советского правительства из Петрограда в Москву в марте 1918 г., Кремль превратился в закрытую правительственную резиденцию. Доступ к кремлевским святыням для православных москвичей стал крайне затруднительным, а затем был прекращен вовсе. Насельники и насельницы кремлевских монастырей были вынуждены оставить свои обители. Поселившихся в Кремле большевиков охраняли китайские и латышские стрелки. Но осенью 1918 г. их сменили курсанты пулеметных курсов, преобразованных в Военную школу имени ВЦИК. Присутствие на территории Кремля этого военного учебного заведения решило судьбу архитектурного ансамбля Чудова монастыря. В 1929 г. было принято решение о сносе Чудова и Вознесенского монастырей и примыкавшего к Чудову монастырю здания Малого Николаевского дворца. На их месте в 1928–1934 гг. по проекту архитектора И.И. Рерберга построили здание военной школы, в котором впоследствии разместился Президиум Верховного Совета СССР.