Искренность и наивность порождали в душе опального Никона дерзость. Не успел он пережить, перестрадать события печальной рождественской ночи, не успел написать свои язвительные ответы греку Лигариду, как ему вновь стал докучать назойливый и злой, словно осенняя муха, боярин Боборыкин. С осенними мухами у ловких людей с хорошей реакцией один разговор: мухобойкой по стенке или резким махом руки в кулак ее, а затем кусачую на пол или на землю и ногою топ! С людьми типа Боборыкина подобные средства не помогут. Эти люди любят сердиться, когда чувствуют за собой покровителей, и тихо отмалчиваются, ждут, упорно ждут, когда покровителей у них нет. Очень сложно судиться с такими терпеливыми людьми — дождавшимися своего часа. Особенно сложно, когда их покровители являются твоими противниками. Никону не повезло с Боборыкиным вдвойне. Люди этого боярина занимали земли патриарших крестьян, устраивали, чувствуя силу за собой, побоища, а Никон никак не мог доказать судьям, что эти земли принадлежат ему по праву, что даже сам царь Алексей Михайлович одобрил решение патриарха поставить в этих краях подмосковный монастырь. Судьи не принимали доказательства Никона, и он взорвался, не выдержал.
Летом 1663 года он предал Боборыкина такой двусмысленной анафеме, что ее можно было применить и к Алексею Михайловичу со всем его большим семейством.
Боборыкин, желая выслужиться в очередной раз, поспешил к царю и донес ему об анафеме. Богопослушный Алексей Михайлович срочно созвал архиереев, рассказал обо всем и, обливаясь горючими слезами, воскликнул: «Пусть я грешен; но чем виновата жена моя и любезные дети мои и весь двор мой, чтобы подвергать такой клятве?»
Архиерей с трудом успокоил царя, после чего активная подготовка к Собору продолжилась с еще большим рвением.
В мае 1664 года в Москву поступили письма от восточных патриархов, которые не смогли приехать по приглашению великого государя России на Собор, зато ответили подробно и обстоятельно на все вопросы, касающиеся дела Никона. Поведение бывшего патриарха Московского восточные патриархи резко осудили, известив царя о том, что русский Поместный собор имеет право своей властью решить все вопросы, возникшие в Русской церкви.
Но Алексею Михайловичу хотелось большего. Он знал, что авторитет Никона стал расти в народе и среди священнослужителей. Кроме того, царь вполне обоснованно сомневался в безусловной победе своих союзников на предстоящем Соборе. Он, не жалея времени и средств, вновь отправил на Восток послов с убедительной просьбой уговорить патриархов прибыть в Москву. Никаких денег не жалел Алексей Михайлович для столь важного дела: Никона нужно было уничтожить!
Некоторые историки почему-то называют Алексея Михайловича человеком нерешительным, склонным к полумерам. Но одно только долговременное, продолжающееся несколько лет мероприятие по подготовке и проведению Собора по делу Никона говорит о том, что второй царь династии Романовых мог решать сложнейшие задачи и никакими полумерами в принципиальных вопросах он не довольствовался, и не бояре были главной тому причиной, а он сам, потому что последнее решение всегда оставалось за ним. Упрямое желание призвать на Собор восточных патриархов говорит еще и о том, что Алексей Михайлович в полной мере не доверял и своим союзникам в деле против Никона — боярам и духовенству, что, призывая патриархов, предшественники которых являлись в былые века патриархами Византийской империи и которые своими советами и, главное, ответами и постановлениями, касающимися проблем Русского государства, оказывали русским монархам неоценимую помощь в становлении державы имперского типа, царь московский уже в те годы решал задачи, определяемые именно таким типом государства.
Еще в рассказе об Иване IV Грозном говорилось, что Русское государство, присоединив к своим территориям Казанское и Астраханское ханства, де-факто превратилось в империю, небольшую, не мировую, но империю. Но от де-факто до де-юре путь большой, сложный, неравномерный. Какие-то процессы внутри государства проходят быстрее, какие-то медленнее. Например, Москва как столица державы по своей административной структуре превратилась к середине XVII века именно в столицу небольшой, но быстро растущей империи. А законодательные процессы явно отставали от требований момента, да и динамичное со-единство светской, боярской и духовной властей где-то со второй половины шестидесятых годов XVII столетия стало давать сбои, о чем дело Никона и свидетельствует, о чем свидетельствуют позднейшие события, о которых речь пойдет ниже.
Недооценивать роль Алексея Михайловича в сложном процессе движения русской державы от национального государства к империи, приуменьшать его значение в русской истории только из-за того, что он был человеком некрутого нрава, было бы несправедливо.