Через некоторое время туда же прибыл боярин Трубецкой. Он передал Никону просьбу царя дать всей царской семье благословение, а также благословить крутицкого митрополита ведать Русской церковью до избрания патриарха. Никон, будто бы смирившись со своей долей, исполнил просьбу царя, и целых два года после этого он мирно занимался устройством монастыря. Царь в эти первые годы размолвки относился к Никону с добрым чувством: жаловал Воскресенской обители щедрые подношения, передал ему через верного боярина прощение, могло показаться, что у этих двух людей вновь появилась возможность дружить, пусть скромной, пусть не настоящей в полном смысле этого слова дружбой, которая не требует от друзей великих подвигов, самопожертвования, самоистязания. Бывает и такая дружба — скромная. Впрочем, некоторые очень уж дотошные люди называют ее не дружбой, а приятельством, и, видимо, они правы. С приятелем приятно проводить досуг, встречаться время от времени, обсуждать разные проблемы, прекрасно понимая, что ни одну из них им не придется разрешать вместе. Так иной раз приятельствуют музыканты с художниками, поэты с учеными, политики со спортсменами.
У Никона и Алексея Михайловича вполне могли сложиться подобные отношения, если бы Никон не мечтал о власти. Он мечтал о ней всегда. Даже в те два года в Воскресенском монастыре, когда дни его были заполнены организаторско-административными заботами.
Весной 1659 года Никон узнал, что крутицкий митрополит совершил обряд, который мог совершать исключительно патриарх, тут же написал царю строгое нравоучительное письмо. Царские бояре были начеку. Они намекнули Алексею Михайловичу (уже не юноше, но опытному мужу!), что Никон опять занимается не своим делом. Российский монарх намек понял верно и приказал обыскать бумаги отрекшегося патриарха. Никон узнал об этом и написал царю резкое письмо, после которого отношения между ними стали еще хуже.
Никона удалили в Крестный монастырь на Белом море, а в 1660 году в Москве на Соборе было решено избрать другого патриарха и лишить бывшего главу Русской православной церкви архиерейства и священства. Это был суровый приговор! Даже сам Алексей Михайлович понял, что судьи явно перестарались, и передал дело Никона греческим священнослужителям, оказавшимся по случаю (они любили такие случаи) в Москве. Надежда царя на нейтральность новых судей не оправдалась. Греки подтвердили приговор. И лишь один Епифаний Славинецкий встал на защиту Никона. Этот ученый киевский старец в обстоятельной записке царю привел такие веские аргументы, доказывающие несостоятельность приговора и тех и других, что Алексей Михайлович вынужден был вернуть Никона в Воскресенский монастырь до продолжения разбирательства сложного дела.
Никон прибыл в Воскресенский монастырь, но здесь его ждали неприятности чисто житейские, к которым вчерашний «великий государь» был абсолютно не готов. Узнав о том, что Собор лишил Никона патриаршества, окольничий Боборыкин затеял с ним тяжбу из-за земель в окрестностях монастыря. Бывший патриарх, все еще надеясь на дружеское расположение к себе царя, написал ему по этому поводу письмо, в котором он… обвинял не столько Боборыкина, сколько царя. Не нашел он общего языка и с Питиримом, подозревая его в том, что он якобы подослал в Крестный монастырь на Белом море дьякона Феодосия с заданием отравить Никона. Правда, никаких доказательств в пользу этого серьезного обвинения бывший патриарх привести не мог. Два года, проведенные Никоном в Воскресенском монастыре, были для него сущим адом. Боборыкин и другие бояре, Питирим и многие священнослужители, отвечавшие на резкие выпады Никона, а то и сами нападавшие на него, часто выводили из равновесия этого потерявшего над собой контроль человека. Два года сплошной нервотрепки на фоне постоянного ожидания то ли чего-то очень радостного, то ли неотвратимо-печального. Впрочем, радостные надежды с каждым месяцем таяли, а предчувствие надвигающейся беды усиливалось.
Никон понимал, что его противники готовятся к решительному бою, он уже не хотел и в глубине души боялся борьбы. Он боялся Собора, он знал, что ему не выстоять в одиночку против ученых мужей Восточной церкви и против своих врагов, готовых растоптать его, унизить, как унижал его Боборыкин своими тяжбами.
И случилось худшее.
В 1662 году в Москву прибыл Паисий Лигарид. Этого образованнейшего человека недавно отставили от должности Газского митрополита, и он мечтал проявить себя в столице России, угодить богатому царю. Началась откровенная травля бывшего патриарха: Паисий Лигарид, отвечая на 30 вопросов, составленных от имени боярина Стрешнева, обвинил Никона по всем статьям.