Департамент по делам Израиля и иностранцев (ранее называвшийся «отдел по неарабским делам») — включает в себя отдел по предотвращению шпионажа и подрывной деятельности в еврейском секторе. Во втором десятилетии XXI века подразделение, действующее в составе департамента, было значительно расширено, чтобы помешать шпионажу Ирана и Хезболлы.
Отдел безопасности — отвечает за безопасность аэропортов и посольств Израиля по всему миру.
Отдел расследований — отвечает за допрос задержанных.
Отдел технологий и киберпространства — отвечает за разработку технических средств для сбора разведданных и предотвращения терроризма, шпионажа и подрывной деятельности. Также разрабатывает и внедряет технологии кибервойны и информационной безопасности.
Отдел информационных систем — отвечает за информационные системы, как за создание технологий и разработку систем, так и за общеорганизационную доктрину использования и обработки информации.
Государственное управление информационной безопасности.
Оперативное подразделение: специальное подразделение бойцов, специализирующееся на секретной деятельности и, в частности, на разведке и сборе разведданных на враждебной территории. Подразделение выполняет секретные специальные задачи для Шабак, такие как сбор разведданных и обеспечение безопасности агентов Шабак на враждебной территории.
Государственное подразделение по определению соответствия безопасности — проверка кандидатов при оформление допуска к гостайне.
Управление по оказанию помощи: управление, занимающееся уходом и реабилитацией вспомогательных органов безопасности.
Департамент обучения.
В годы холодной войны и после ее окончания
Шабак был создан в июне 1948 года. В первые годы своего существования занималась вопросами контрразведки (например, выявляла коммунистов пытавшихся трудоустроиться на предприятия ВПК), а так же борьбой с политическими противниками действующей власти.
Автор книги ««Моссад»: история лучшей разведки мира» Иосиф Дайчман сообщил о структуре центрального аппарата Шабак в шестидесятые годы:
«Эта служба состояла из нескольких оперативных и вспомогательного управлений.
Первое Управление состояло из пяти отделов:
Отдел «Ап» вел наблюдение и проверку вновь прибывших репатриантов;
Отдел «Ют» контролировал высшие учебные заведения и молодежные организации;
Отдел «П» осуществлял работу против праворадикальных организаций типа Херут, ЛЕХИ;
Отдел «К» разрабатывал Компартию Израиля;
Отдел «Д» проводил наблюдения за прочими политическими партиями;
Отдел Исследований прессы обобщал по легальным источникам общественные умонастроения, а также осуществлял цензуру в СМИ.
Второе (контрразведывательное) Управление, иначе — Департамент неарабских дел, — самый крупный и важный департамент, который отвечал за контрразведку, наблюдение за иностранными дипломатами и иностранными делегациями.
Это Управление, осуществляющее стандартные контрразведывательные функции, включало четыре отдела:
Отдел «Восток» в основном работал против разведок стран Варшавского договора, прежде всего против КГБ;
Отдел «Запад» сосредотачивался на работе против разведок англосаксонских и романо-латинских стран;
Общий Отдел осуществлял наблюдение за гражданскими лицами, посещающими Израиль;
Экономический Отдел контролировал деятельность и персонал иностранных фирм, работающих на территории государства.
Третье Управление или, как его часто называли, — арабский департамент, — отвечало главным образом за разработку арабских меньшинств в приграничных районах Израиля, которые с 1965 года жили в условиях военного положения.
В Пятое Управление входил департамент защиты, в задачу которого входили обеспечение безопасности военной промышленности, вооруженных сил, защита посольств Израиля и других зарубежных объектов, а также охрана премьер-министра и других официальных лиц и стандартные мероприятия по охране гостайн.
В Десятом Управлении выделялись служба «Шевах» — наружное наблюдение, оперативная фото- и (со временем) видеосъемка, «Хет» — следственный отдел, «Мааджонанот» — отдел оперативной техники, «Цена» — Цензура частной переписки и перлюстрация писем.
В административном управлении имелись департаменты допросов, оперативной техники, администрации, координации, планирования и материально — технического обеспечения»[83]
.С середины шестидесятых годов Шабак так же начал активно заниматься борьбой с терроризмом. В частности он начал активно работать на захваченных в результате Шестидневной войны территориях (Голанские высоты, Сектор Газа (контролировалась Израилем до 2005 года)) с целью предотвращения террористических актов со стороны местного арабского населения.