Тем не менее Рабин отказался санкционировать проведение операции в Дамаске и приказал Моссаду осуществить ее за пределами Сирии. Но где? Какое-то время руководители Моссада пребывали в растерянности. Наконец им повезло — Шкаки пригласили на встречу участников палестинских террористических организаций в Ливии. Сначала он ответил, что не приедет; но потом ему сообщили, что его главный соперник, Саид Муса, глава ненавистной организации Абу Муса, намерен принять участие во встрече. Эксперты Моссада предположили, что Шкаки не уступит трибуну своему сопернику и любой ценой приедет на конференцию. И действительно, поступивший из Дамаска секретный отчет подтвердил: Шкаки направляется в Ливию. В Иерусалиме Рабин дал отмашку приступить к операции.
Европейские источники утверждают, что подготовка к нападению началась, когда эксперты Моссада по борьбе с терроризмом изучили маршруты предыдущих рейсов Шкаки в Ливию. Оказалось, он всегда предпочитал летать в Триполи через Мальту. Рамсад решил действовать на Мальте, а не в Ливии. Мальта была более удобным и тихим местом. Агенты Моссада ждали Шкаки в аэропорту Валетты. Он собирался сделать там короткую остановку по пути в Ливию. Шкаки почти одурачил разыскивавших его израильских агентов. Тщательно замаскировавшись, он приземлился на Мальте только третьим ежедневным рейсом из Дамаска. Провел некоторое время в транзитном зале и сел на стыковочный рейс в Ливию.
26 октября, ранним утром, Шкаки вернулся на Мальту, зарегистрировался в отеле Diplomat, где останавливался ранее, получил ключи от номера 616 и после этого немедленно покинул отель. Повсюду за ним следовали два агента Моссада на синем мотоцикле. Шкаки потратил пару часов, посещая местные магазины и рынки. Он возвращался в отель, когда рядом с ним остановился синий мотоцикл. Один из агентов, которого позднее описывали как мужчину ближневосточной внешности, подошел и с близкого расстояния выпустил в него шесть пуль из пистолета с глушителем. Шкаки упал на тротуар, а его убийца бросился в соседний переулок, где его на мотоцикле с работающим двигателем поджидал напарник. Они помчались к ближайшему пляжу и запрыгнули на борт скоростного катера, который доставил их к ожидавшему в открытом море грузовому судну. Официально судно перевозило цемент из Хайфы в Италию; но помимо цемента оно везло еще один груз: самого Шабтая Шавита, который наблюдал за операцией с импровизированного командного пункта на борту. Маршрут эвакуации был тщательно спланирован. Никто не преследовал агентов, и они добрались до корабля-носителя целыми и невредимыми.
После смерти Шкаки его помощники в «Исламском джихаде» попытались разгадать главную тайну: кто был предателем, который «слил» подробную информацию о его поездке Моссаду? Убийцы знали все: дату его отъезда на Мальту, номер рейса, выдуманное имя, дату возвращения на Мальту и в Дамаск… После пятимесячного расследования лидеры «Исламского джихада» арестовали палестинского студента, который был близким помощником Шкаки, и обвинили в предательстве. Студент не выдержал допроса и признался: он был завербован Моссадом во время учебы в Болгарии; его кураторы дали ему указание переехать в Дамаск и присоединиться к группе Шкаки. В течение следующих четырех лет он завоевал доверие Шкаки и даже стал одним из немногих людей, посвященных в его деятельность.
В отличие от ХАМАСа и «Хезболлы», которые вкладывали значительную часть своих ресурсов в социальные проекты, «Исламский джихад» преследовал единственную цель: террор. Основой этой организации было небольшое число изолированных друг от друга ячеек, состоящих из палестинцев, у которых не было иной цели, кроме борьбы с Израилем. Именно Шкаки рассматривался палестинской диаспорой как основной идеолог использования террористов-смертников. Он был первым, кто нашел в мусульманском богословии оправдание для взрывов и убийств, организованных террористами-смертниками.
Организация Шкаки ответственна за длинный список кровавых террористических актов: шестнадцать погибших в результате нападения на автобус 405 на дороге из Тель-Авива в Иерусалим 6 июля 1989 года; девять погибших в результате нападения на автобус с израильскими туристами недалеко от Каира 4 февраля 1990 года; восемь погибших в результате взрыва в автобусе в Кфар-Дароме на юге Израиля 20 ноября 2000 года; трое солдат, погибших в результате нападения смертника на блокпост Нецарим в секторе Газа 11 ноября 1994 года; и ужасный взрыв в Бейт-Лиде, где двадцать один человек погиб 22 января 1995 года. Он по праву заслужил смертный приговор, который Моссад привел в исполнение на мальтийской улице. После смерти Шкаки «Исламский джихад» фактически развалился, и организации потребовались годы, чтобы оправиться после смерти своего лидера.
Израиль так и не взял на себя ответственность за это убийство. Премьер-министр Ицхак Рабин сказал: «Я не знал об этом убийстве, но, если это правда, я не буду переживать».
Вскоре и сам Ицхак Рабин был убит, но не палестинским террористом, а иудейским фанатиком.