Усугубило обстановку разоблачение Пола Фрэнка как двойного агента. Фрэнк считался опытным агентом. Он помогал руководить операцией. После побега из Египта он получил продвижение по службе и был направлен в ФРГ. Скоро там стало известно о его тайной связи с одним из своих бывших каирских друзей адмиралом Сулейманом в нарушение строгого приказа избегать встреч со знакомыми по Египту.
Вызванный в Израиль под мнимым предлогом «обычного инструктажа», он был арестован и осужден за измену. На суде Пол признался, что продал египтянам данные об операции за 40 тысяч немецких марок. Оказалось, что, когда в Израиле проводилось расследование по «делу Лавона», он дал ложные показания, переложив вину на Пинчаса Лавона, в результате чего последний был вынужден подать в отставку.
Пола Фрэнка приговорили к двенадцати годам тюремного заключения. Моссад переживал тяжелые времена.
В Египте злополучная диверсионная операция привела к новой кампании против евреев, более жестокой, чем когда-либо. Официальная газета президента Насера «Аль-Джумхурия» потребовала продолжить истребление «мирового еврейства», успешно начатое нацистами. Оставшиеся в Египте евреи (менее 45 тысяч) бежали из страны, пользуясь подпольной сетью «Гошен». Люди других национальностей и вероисповеданий продавали свое имущество и тоже оставляли страну (многие с помощью «Гошен»).
В Александрии Эли Коген продолжал шпионскую деятельность. У него сохранился израильский радиопередатчик, и Эли передавал в Тель-Авив всю информацию, которую мог собрать. Наиболее тревожными были сообщения Когена о возрастающем влиянии на правительство Насера бывших нацистов, нашедших убежище в Египте. Это были военнослужащие из Африканского корпуса Роммеля. Кроме того, тысячи немцев бежали в Египет из Европы в надежде, что их примут в стране, где господствуют антибританские настроения. Эти люди часто брали себе арабские фамилии, а иногда даже принимали мусульманскую веру.
Вскоре бывшие гестаповцы обрели силу и влияние. Они взяли на себя ответственность за реорганизацию кадров службы безопасности и разведки Насера.
Командир личной охраны Гитлера и начальник гестапо Варшавы Леопольд Глейм (в Египте — Али Нашер) руководил истязаниями друзей Эли Когена после их ареста в 1954 году: он был признанным специалистом по этой части. Бернхард Бендер (в Египте — полковник Ибн Салем) был начальником Глейма, а ранее — главным советником Генриха Гиммлера.
Под руководством Йохима Дэмлинга, бывшего майора СС и начальника гестапо в Дюссельдорфе, по образцу концентрационных лагерей была создана система центров для интернированных. Эли Коген попал в один из таких центров во время допроса по делу о диверсионных актах в 1954 году.
Неудивительно, что лидер профсоюзов Западной Германии утверждал: «Египет Насера является питательной средой для неонацистов».
Ситуация стала критической, когда началась Суэцкая кампания в октябре 1956 года, в ходе которой Израиль вместе с Великобританией и Францией вторгся в Египет. Месть Насера сделала жизнь 45 тысяч евреев, оставшихся в Египте, еще более невыносимой. Их насильно изолировали в гетто, брали в заложники и сажали в тюрьмы, на них накладывались коллективные штрафы. Закрывались синагоги, еврейские школы и больницы. Иврит был запрещен даже в молитвах. Еврейские врачи и другие профессиональные специалисты лишались частной практики, а их собственность часто конфисковывалась. В кафе и ресторанах появились объявления: «Евреям и собакам вход запрещен». Все евреи обязаны были иметь удостоверение личности желтого цвета — унизительная мера, восходящая к средним векам и нацистской Германии.
В течение недель, последовавших за Суэцкой кампанией, операция «Гошен» проводилась как никогда энергично. В этот период около 10 тысяч человек покинули страну и переехали в Израиль.
Среди тех, кто хотел остаться, были в основном пожилые евреи, которые не могли покинуть землю, где они родились.
В ноябре Эли Когена вновь арестовали. На этот раз он был уверен, что его казнят: он активно работал на сионистов в течение многих лет, поэтому было очевидно, что дело его раскрыто.
Однако в течение трех недель пребывания в тюрьме он не потерял здравомыслия, которое спасало его уже дважды. И теперь ему удалось убедить следователей в том, что он был сионистом только по своему убеждению. Никаких фактов его деятельности не было вскрыто.
Тем не менее ему объявили, что он будет выслан из Египта. И вновь Эли удивил власти: он попросил продлить срок своего пребывания в стране. Власти с негодованием отказали ему: он должен покинуть Египет с первым отбывающим пароходом.
20 декабря 1956 г. Эли Коген ступил на борт парохода «Мзир», принадлежавшего Красному Кресту и использовавшегося для вывоза репатриантов. У него были небольшой чемодан и мизерная сумма в египетских фунтах, разрешенная законом о валюте для эмигрантов. В его паспотре стояла отметка: «Не действителен для возвращения в Египет».