Пароход прибыл в Неаполь, где пассажиры должны были пересесть на корабли, выделенные для них израильским правительством. Эмигрантов было так много, что ждать приходилось довольно долго. Эли провел несколько недель в маленьком номере гостиницы в Генуе. Но позднее он говорил, что в те дни был в «приподнятом настроении».
Наконец он достал место на итальянскбм грузовом пароходе «Фелипе Гримони», который вышел из Неаполя в начале февраля, а 12 февраля прибыл в порт Хайфа.
Тысячи евреев иммигрировали в Израиль благодаря усилиям Эли в Египте. Настало время, когда и он присоединился к ним.
Однако впереди его ждали еще более великие дела.
Как и все иммигранты, в Хайфе Элц получил документы гражданина Израиля. Однако это не облегчило ему первые дни пребывания в стране. Он чувствовал себя чужаком.
В Египте письмо в Израиль рассматривалось как преступление, наказуемое смертной казнью, поэтому Эли не писал родителям в течение шести лет, и не знал, где они проживают.
Ему удалось найти адрес своего брата Мориса в Рамат-Гане, пригороде Тель-Авива. Эли отправился к брату. Мориса не было дома, но сосед проводил Эли до квартиры его родителей, расположенной в южной части города на песчаных дюнах в районе Бат-Яма. Район этот населен был преимущественно выходцами из Северной Африки и египетскими евреями.
Эли остановился около современного белого дома в самом конце дороги. Она называлась «Дорогой мучеников Каира», в память о друзьях Эли, которые погибли или находились в застенках Насера. Это название будет постоянно напоминать Эли о совсем недавнем прошлом.
Возвращение было и горьким, и радостным. Родители несказанно обрадовались ему и засыпали его вопросами. А самый младший брат Абрам, на двадцать лет моложе Эли, посмотрел на него безучастно и спросил: «Кто этот человек?»
Даже для членов семьи Эли стал немного чужим. Он и раньше не проявлял своих чувств открыто, а долгие годы подпольной работы в Египте усугубили его скрытность. На вопросы родителей он отвечал скупо и кратко. Было ясно, что он не хотел говорить о своих делах в Египте.
Морис Коген вспоминал: «Эли был словно закрытая книга. Он и потом никогда не рассказывал нам о своей подпольной деятельности. От него мы ничего не узнали… Он прятал свои мысли, как банкир прячет свои сокровища в прочном сейфе».
Эли долго и трудно привыкал к новому дому. Израиль озадачивал и разочаровывал его во многих отношениях.
Оставаясь глубоко религиозным человеком, он был потрясен безверием многих израильтян. Эли приходил в ярость от того, что евреи, говорящие на языке Библии, могли совершать преступления или обманывать. Многие из них не соблюдали Субботы и других больших праздников, а ведь они были евреями и жили на родной земле. Эли не мог понять всего этого. В своей вере Эли был идеалистом, и отступления от идеалов он воспринимал очень болезненно.
В Египте Эли столкнулся с предрассудками европейских евреев по отношению к ближневосточным братьям. Эта болезнь и сейчас терзает израильское общество, но тогда для религиозных идеалистов, как Эли, эта проблема была особенно мучительной.
Другие проблемы носили более личный характер. Ему было тридцать два года. В этом возрасте большинство мужчин имеют семью или карьеру, или то и другое. У Эли не было ни того ни другого.
Он жил в одной комнате с одиннадцатилетним братом и находился на иждивении родных. Героизм его прошлой деятельности не имел здесь никакого значения, так как никто о ней не знал. Казалось, его многообещающие задатки остались невостребованными.
Разочарованный и угнетенный, Эли нашел забвение в самообразовании. Подпольная работа в Египте оставляла мало времени для учебы, и он решил наверстать упущенное. Эли стал изучать современный иврит и греческий, совершенствовать немецкий и итальянский языки. Он опять увлекся математикой и электроникой, прочитал несколько учебников по этим дисциплинам. В квартире родителей Эли оборудовал темную комнату и вновь занялся фотографией.
Эли ещё долго оставался без работы. Братья с гордостью рассказывали о службе в израильской армии, а он молча слушал и не мог разделить их восторга. Эли так долго жил один, что чувствовал себя чужим в своей собственной семье.
Несколько месяцев он провел, путешествуя автостопом по Израилю. Только в конце 1957 года ему предложили работу в министерстве обороны. Это не было случайностью. Разведывательные органы Израиля знали об Эли гораздо больше, чем его родные. Его кандидатуру они наметили сразу, но работу предложили лишь через год, дав ему вначале осмотреться.