19 октября 1905 г. произошло серьезное изменение в положении морского ведомства среди других центральных учреждений Российской империи. Через два дня после издания знаменитого Манифеста 17 октября 1905 г. с обещанием гражданских и политических свобод был реорганизован Совет министров, который стал правительством страны в юридическом смысле этого слова. Теперь появились возможности усиления контроля со стороны гражданской власти над Военным и Морским министерствами, в особенности в установлении подобного контроля были заинтересованы Министерство финансов и Государственный контроль. Кое-кому в те дни казалось, что вскоре в России появится ответственное парламентское правительство, в котором посты военного и морского министра займут штатские политики, объединенные единством политических взглядов со своими коллегами по кабинету. Однако «Основные государственные законы», опубликованные 24 апреля 1906 г., развеяли эти надежды. Совет министров назначался царем, а четыре министерства (Военное, Морское, Иностранных дел и Императорского двора) занимали особое положение, пользуясь своеобразной «автономией» по отношению к правительству. Подобная «автономия» соответствовала всему духу «конституции» 1906 г. Вопросы, связанные с армией и флотом, подлежали обсуждению в кабинете лишь по повелению царя, по желанию соответствующих министров, или в том случае, когда они затрагивали интересы других ведомств. Конечно, была исключена возможность назначения на посты военного и морского министров непрофессионалов.
Первым практическим мероприятием по реорганизации морского ведомства было введение поста товарища морского министра. После фактического отхода от дел и отъезда в Париж великого князя Алексея Александровича необходимость приведения статуса морского министра в соответствие с принятым для глав других центральных учреждений стала очевидной. 17 января 1906 г. именным высочайшим указом Правительствующему Сенату была введена должность товарища морского министра[119]
. По приказу А.А. Бирилева от 14 апреля 1906 г. на его товарища возлагалось «ближайшее» руководство ГУКИС, МТК, ГГУ, УГМИФ, Канцелярией министерства, правлениями Обуховского сталелитейного и Балтийского механического заводов, Управлением сберегательно-вспомогательной кассой рабочих и вольнонаемных служащих морского ведомства и Архивом Морского министерства[120]. Позднее, когда из ГМШ был выделен МГШ, он также вошел в прямое подчинение министра. Николай II одобрил назначение на этот пост контр-адмирала Николая Александровича Римского-Корсакова (1852 — после 1907), но произошло само назначение только 7 июня 1906 г., а почти полгода до этого пост оставался вакантным. Однако на данном этапе министру не были предоставлены права главного начальника флота и морского ведомства, и сохранялась возможность назначения на этот пост кого-либо из великих князей, вероятнее всего Александра Михайловича (1866–1934), имевшего чин контр-адмирала. Следующим по старшинству «августейшим» моряком был великий князь Кирилл Владимирович, тогда капитан 2-го ранга. Прецедент прижизненного отстранения от должности генерал-адмирала уже имел место: в 1881 г. Алексей Александрович занял этот пост при жизни предыдущего главного начальника флота и морского ведомства великого князя Константина Николаевича, который скончался через десять лет после своей отставки. Выделение хозяйственно-технических згчреждений в подчинение товарища морского министра, обладавшего значительной самостоятельностью, из иностранных морских ведомств имело место только в Японии в 1893–1901 гг. Нет прямых указаний на то, что подобное устройство было прямо скопировано у Японии, но сходство говорит само за себя. В гражданских ведомствах Российской империи товарищи министров были обычно лишь помощниками своих начальников, не имея собственной сферы руководства, хотя встречались и исключения.Появление должности товарища морского министра вскоре вызвало необходимость создания подсобного органа для организации переписки самого министра, так как Канцелярия министерства оказалась подчинена его товарищу, а при министре остались лишь два адъютанта и чиновник для поручений. 11 декабря 1906 г. была создана Канцелярия морского министра[121]
. По повелению Николая II на исполняющего должность чиновника особых поручений IV класса при морском министре полковника по Адмиралтейству В.А. Штенгера были возложены обязанности начальника вновь образованного учреждения. Какого-либо документа, регламентирующего круг обязанностей новой канцелярии, не существовало, и она вела те дела, которые поручались ей министрами[122].Попытки А.А. Бирилева выяснить ближайшие задачи, стоящие перед его ведомством, не увенчались успехом. В царских манифестах об этом говорилось в самых общих чертах: «…первой священной обязанностью Морского ведомства я ставлю безотлагательное обеспечение морской обороны берегов во всех наших водах, а затем уже в зависимости от средств воссоздание боевых эскадр»[123]
.