Рождение флота в России при Петре I повлекло создание системы органов управления им. Адмиралтейств-коллегия во главе с президентом стала центральным военно-морским учреждением[57]. Это был коллегиальный орган, формально принимавший решение по большинству голосов, хотя в действительности мнение президента было решающим. Неоднократно в течение столетия структура Адмиралтейств-коллегий подвергалась изменениям, а с целью разработки проектов ее переустройства несколько раз созывались специальные комиссии. Например, 25 января 1732 г. Анна Иоанновна подписала указ об учреждении «особливой комиссии для рассмотрения и приведения в добрый и надлежащий порядок флота, как корабельного, так и галерного, адмиралтейства и всего того, что к тому принадлежит»[58]. Комиссию возглавил вице-канцлер А.И. Остерман, а ее членами стали адмиралы русского флота. Она подготовила доклад «О разделении дел Адмиралтейств-коллегий по четырем вновь учреждаемым экспедициям». До этого коллегия разделялась на тринадцать контор (генерал-кригс-комиссарская, подрядная, провиантская, мундирная, казначейская, цалмейстерская, артиллерийская, адмиралтейская, обер-сарваерская, контрольная, вальдмейстерская, адмиралтейская в Москве, фабрик и заводов), значительная часть функций которых дублировалась. Конторы были заменены четырьмя экспедициями: комиссариатской, экипажеской, артиллерийской и «над верфями и строениями». Во главе каждой экспедиции оказался полновластный директор, обладавший значительной самостоятельностью и несший ответственность за свои действия[59]. Обращает на себя внимание то обстоятельство, что петровская структура Адмиралтейств-коллегии была очень близка к структуре британского Адмиралтейства, где также существовало значительное количество подразделений, объединенных высшим коллегиальным органом[60]. В 1732 г. стала закладываться система центральных военно-морских учреждений, которая, как справедливо отмечает современный исследователь, «предвосхитила екатерининские и далее александровские реформы, наметившие и реализовавшие тенденцию к созданию министерской системы управления, построенной на жестких бюрократических принципах»[61]. Вместе с тем новая структура перекликалась с организацией допетровского центргильного учреждения, когда приказ подразделялся на повытья во главе с ответственным подьячим, а во главе него стоял судья, облеченный единоличной властью. Надо полагать, что именно подобная система управления была наиболее устойчивой, функциональной и удобной в условиях России нового времени. Попытки отступления от этих организационных принципов предпринимались достаточно регулярно, но вскоре выявляли свою несостоятельность. Например, при Елизавете Петровне произошла попытка вернуться к петровской системе управления флотом, которая полностью провалилась, и морское ведомство продолжало управляться по принципам, сформулированным в 1732 г.[62]
Позднее неоднократно делались попытки пересмотра структуры Адмиралтейств-коллегии. Практически бесплодной оказалась и деятельность комиссии, учрежденной в 1762 г. по указу Петра III. После восшествия на престол Екатерины II она была расформирована, а вместо нее создана «Морская российских флотов и адмиралтейского правления комиссия для проведения оной знатной части к обороне государства в настоящий добрый порядок», которая приняла решение об окончательном возвращении к структуре Адмиралтейств-коллегии, принятой в 1732 г.[63]
После образования министерств в 1802 г., морской министр становится лично ответственным за положение дел на флоте. Адмиралтейств-коллегия при этом не исчезла, а была включена в состав министерства как его важнейшая составная часть. До 1815 г. Морское министерство носило название Министерства морских сил. Структура нового центрального учреждения формировалась постепенно, новые органы как бы вырастали из структур прежней Адмиралтейств-коллегий. Первоначально в составе министерства были образованы только Военная по флоту канцелярия и Департамент министра морских сил. В результате в составе Морского министерства оказались два главных подразделения — Адмиралтейств-коллегия и адмиралтейский департамент, а также ряд второстепенных структур, таких как вскоре упраздненный Генеральный кригсрехт для флота (Военно-морской судебный орган) или более долговечные Аудиториатский департамент и Главное медицинское управление. Основные подразделения министерства — экспедиции, подчинялись министру не напрямую, а через коллегию[64]. Со временем Адмиралтейств-коллегия была преобразована в Адмиралтейств-совет, сохранявший за собой довольно широкие права.