Как и ожидалось, высказанное Иисусом обвинение привело сотрапезников в смятение. Леонардо придал спутникам Иисуса выражения лиц, позы и жесты, выдающие их сокровенные мысли в этот момент, а также использовал их потрясение, чтобы подчеркнуть характерные особенности каждого апостола. Изображенный третьим по левую руку от Христа Филипп, которого Евангелия характеризуют как простодушного апостола, вскочил в тревоге. Выражение его лица, манера поведения, положение рук такое, что зритель почти слышит, как он взывает к Иисусу: «Не я ли, Господи?» Петра же, известного своим резким нравом и стремлением защищать Христа, Леонардо изобразил угрожающе сжимающим нож. Его выражение лица соответствует библейскому тексту, где он подает знак Иоанну, чтобы узнать у Христа, кто же предатель. Иуда, помрачневший от сознания своей вины, вцепился в кошелек, где, без сомнения, лежат те самые 30 сребренников, которые он получил в награду за предательство своего учителя. Изобразив разнообразные чувства на лицах потрясенных апостолов, Леонардо показывает на фреске целый спектр эмоциональных реакций в один-единственный миг.
Кто только не занимался интерпретацией «Тайной вечери» Леонардо — и критики, и подражатели, и люди, далекие от истории искусств. На протяжении столетий доминировала версия великого писателя Иоганна Вольфганга фон Гёте. Большой поклонник Леонардо, знаменитый немецкий драматург и поэт написал в 1817 году объемное эссе с изложением своих взглядов на «Тайную вечерю». Он, как и большинство других светских представителей романтизма эпохи Просвещения, хотел сменить тему разговора о шедевре Леонардо и исследовать не религиозную сторону сюжета, а психологию предательства — неприятного события, с которым сталкивался почти каждый. Гёте и его последователи настаивали, что единственно верная интерпретация заключается в том, что Леонардо запечатлел на фреске драматический момент сразу после обвинительных слов Иисуса:
Польский искусствовед Ян Болоз-Антоневич в 1904 году выступил с пылкой лекцией, в которой оспорил интерпретацию Гёте. Болоз-Антоневич заметил, что Гёте видел саму фреску только один раз, а свои рассуждения строил на основе гравюры, сделанной Рафаэлем Моргеном по картине Леонардо в 1794 году, до того, как оригинал сильно пострадал. Хотя гравюра Моргена очень похожа на фреску, есть несколько серьезных отличий. В гравюре отсутствуют два важных элемента — это стакан вина и кусок хлеба возле рук Иисуса. В оригинале правая рука Иисуса тянется к стоящему рядом стакану вина. Усиливает неоднозначность и то, что возле стакана, к которому направлена правая рука Христа, находится тарелка с маслом, к которой тянется рука Иуды. Левая рука Иисуса расположена на столе ладонью вверх, он готов взять кусок хлеба, лежащий тут же. Помните, Леонардо был первым художником, у которого положение рук персонажей на картинах всегда что-то символизировало. Здесь же получается несоответствие. Руки Христа расположены не так, как следовало бы ожидать в ситуации, когда один человек только что обвинил другого, сидящего с ним за одним столом, в крайне вероломном поступке, сулящем первому мучительную смерть.
Версия Болоз-Антоневича способствовала возобновлению споров о том, что же на самом деле изображено на фреске «Тайная вечеря». Это публично высказанное сомнение в правильности интерпретации достопочтенного Гёте вызвало дискуссию, раздались голоса, призывающие вспомнить, что ранние художники, видевшие фреску в оригинале еще до того, как она в XX веке обрела столь плачевное состояние, также воспринимали ее как объявление Иисусом евхаристии. Питер Пауль Рубенс воспроизвел приблизительную схему работы Леонардо, убрав в своей версии со стола все тарелки, серебряные столовые приборы и приправы, оставив только чаши и хлеб. Другие художники добросовестно копировали «Тайную вечерю», стараясь подчеркнуть наличие вина и хлеба. Они пытались воссоздать схожие выражения на лицах и позы учеников Христа, но вместо тревоги и страха из-за ужасного обвинения апостолы у этих живописцев получались благоговейными, как бы в ожидании важного христианского таинства.
В связи с появлением в современную эпоху этих двух интерпретаций исследователи творчества Леонардо долго спорили, какая из них верна. В своей книге «Вечная Тайная вечеря Леонардо» Штейнберг пишет: