Правительство в Стамбуле хотело сначала воспрепятствовать, а когда это не удалось, всячески мешало работе Национального конгресса в Сивасе. Губернатор Сиваса получил приказ арестовать Кемаля и Рауфа и распустить «незаконный конгресс». Если верить Рауфу, то правительство даже планировало убить его, и он заявил султанским властям: «Молодые парни, которых вы направили убить меня, признались мне в этом». Неудача заставила Стамбул спланировать другую операцию, доверив ее полковнику Али Галипу, назначенному новым губернатором. Он был безоговорочно предан султану и уже пытался арестовать Кемаля во время конгресса в Эрзуруме. Али Галип обосновался в Малатье, примерно в трехстах километрах к югу от Сиваса. В его распоряжении был только отряд из нескольких десятков курдов, враждебно настроенных по отношению к националистам. Али Галип не представлял серьезной угрозы для Кемаля. Он выслал против курдов полк регулярной кавалерии, обративший их в бегство. Кемаль обвинил правительство в заговоре против патриотов, в сотрудничестве с англичанами и подчеркнул провокационную роль англичан в Курдистане.
Кемаль опирался на поддержку младотурок, но в то же время не хотел возрождения «Единения и прогресса» в прежнем виде. Он утверждал: «Клянусь Аллахом, я не борюсь за возрождение “Единения и прогресса” или за интересы какой бы то ни было другой партии». Если учесть, что большинство участников конгресса, как и сам Кемаль, в прошлом состояли в рядах «Единения и прогресса», то подобное заявление большого доверия у союзников не вызывало. Но в свое время Кемаль вспомнил о клятве в Сивасе и жестоко наказал тех, кто стремился возродить партию «Единения и прогресса». А когда лидер «Каракола» Кара Васыф разослал по всем армейским корпусам циркуляр, информирующий о военных и политических задачах своего движения, Кемаль сделал ему самое серьезное предупреждение насчет того, что никакая тайная организация не должна существовать на территориях, которые находятся под контролем националистов. И только Общество по защите прав должно представлять интересы националистов. Когда Васыф отказался подчиниться, то Кемаль заявил, что в этом случае «Каракол» должен прекратить свое существование. Организация не исчезла сразу, в одночасье, но Кемаль внимательно следил за ее деятельностью. По предложению Кемаля конгресс назначил командующим силами национального сопротивления на западе Анатолии его друга Али Фуада. Ему предстояло объединить регулярные войска и партизанские отряды.
Кемаль подготовил настоящую западню для султана. 7 сентября после бурных и продолжительных дебатов конгресс подготовил и утвердил длинную телеграмму, адресованную султану. Начатая в верноподданническом тоне, она заканчивалась поистине революционным призывом: «Мы надеемся, что Ваше Величество, как глава независимого государства и славный потомок султанской семьи, которая уже в течение шестисот лет разделяет с подданными радости и беды, ниспосланные нашей нации, в этот торжественный момент, когда решается вопрос жизни или смерти османской нации, примет во внимание национальное движение и защитит и спасет страну от любого мятежа и внутреннего раздробления. Мы берем на себя смелость представить Вашему Величеству формальное заверение в том, что национальное движение, зародившееся в этом регионе, не имеет абсолютно ничего общего с неблагородными интересами политических партий…» Обращаясь непосредственно к султану, отодвигая на второй план правительство, делегаты Сиваса вели себя как верноподданные, возмущенные предательством членов кабинета, идущих на поводу у оккупантов. Но, возлагая на султана высшую ответственность за защиту национальной независимости, они ставили его в безвыходное положение. В заключении послания говорилось: «Мы предоставляем Вашему Величеству оценить тяжелые последствия в случае отказа от наших требований. Вся ответственность падает на нынешний кабинет министров и на Ваше Величество. Стремясь продемонстрировать всему миру величие турецкой нации, мы будем тогда искать спасения собственными силами».
Первый орган новой анатолийской власти был учрежден на следующем конгрессе – Сивасском, который прошел с 4 по 11 сентября 1919 года в качестве Национального конгресса. Делегаты конгресса создали исполнительный орган всех патриотических сил – Представительный комитет во главе с Мустафой Кемалем.
Стамбульское правительство приказало арестовать Кемаля и послало в город курдскую кавалерию. Но Кемаля своевременно предупредили об опасности, и курдов перехватил отряд регулярной турецкой кавалерии. Происшествие еще больше укрепило Кемаля в намерении убедить делегатов в необходимости достичь национального взаимопонимания и поддержать резолюцию Эрзурумского конгресса. Действия правительства лишь сыграли на руку националистам. Сивасский конгресс призвал к борьбе с иностранными оккупантами.