Открытие конгресса перенесли на 23 июля, чтобы предоставить делегатам время добраться до Эрзурума. В Эрзуруме, за крепостными стенами, Кемаль находился в безопасности. Здесь не было интервентов и почти не осталось армян.
На севере маневры полковника Рефета приостановили передвижение британских войск. Англичане были уверены, что «Рефет никогда не поддерживал Кемаля» из-за личных амбиций, и его действия стали для них неприятным сюрпризом, хотя Рефет критиковал Кемаля за отставку и осуждал его поведение по отношению к султанскому правительству. Конгресс в Эрзуруме мог работать в безопасной обстановке. 23 июля 1919 года собралось 56 делегатов, главным образом из вилайетов Эрзурума, Трабзона и Сиваса. Кемаль, единственный кандидат на пост президента конгресса, получил 38 голосов, согласно одним источникам, и 48 – согласно другим.
Поблагодарив делегатов за доверие, Кемаль рассказал о положении в стране. Акты агрессии учащаются, союзники не соблюдают условий перемирия, их примеру следуют армяне и греки. Немощное правительство в Стамбуле неспособно воспрепятствовать агрессии. Кемаль обвинил армян в расправе с мусульманами в городах Восточной Анатолии и в стремлении создать свое собственное государство. Он сослался на движение за национальное освобождение в Египте, Индии, Афганистане, Сирии, Месопотамии, России. Речь Кемаля была яркой и убедительной. В заключение он заявил: раз Стамбул находится под контролем оккупантов, национальное сопротивление надо организовать в Анатолии. И завершил речь призывом: «Да защитит Аллах родину, султана и халифа!»
Когда Кемаль председательствовал, облаченный в форму адъютанта султана, два делегата из Трабзона потребовали, чтобы президент конгресса снял форму. И Кемаль согласился в дальнейшем председательствовать в штатском.
Незадолго до выступления на закрытии конгресса 6 августа Кемаль два часа беседовал с английским подполковником Роулинсоном. Он категорически отверг любую связь национального движения с большевиками. Роулинсон ему не поверил и остался в убеждении, что влияние большевиков на националистов значительно, особенно в финансовом отношении.
Когда Роулинсон стал расспрашивать об Энвере, Кемаль разъяснил: «Энвер мне писал, я отказался от какого бы то ни было сотрудничества с ним, и, если бы он приехал в Эрзурум, я бы его арестовал».
Между тем Энвер-паша в Берлине навестил в тюрьме друга Талаата – Карла Радека. Будущий секретарь Коминтерна обсуждал с ним возможный союз между исламом и большевиками, помощь турецким националистам и возможность поездки Энвера в Москву и встречи с Лениным. Энвер писал Джемалю, что «готов стать социалистом при условии адаптации его к религиозным доктринам, определяющим внутреннюю жизнь мусульманских стран».
Кемаль, несмотря на враждебное отношение к Энверу, сохранил добрые отношения с дядей Энвера Халилем-пашой, бежавшим из стамбульской тюрьмы, куда он был брошен союзниками по обвинению в жестокой расправе с армянами. Прибыв в Анатолию, Халиль предложил свои услуги Кемалю и Карабекиру. Его направили в Баку, чтобы «разъяснить правительству Азербайджана нашу позицию, которая сводится к тому, чтобы предотвратить оккупацию Азербайджана Россией». В то же время Карабекир был убежден, что «Россия не может существовать без Баку», так как «нефть, мазут жизненно необходимы для промышленности и флота». Кемаль также просил Халиля вступить в контакт с большевиками, вероятно, смирившись с тем, что они оккупируют Азербайджан: «В 1918 году вы руководили операциями нашей армии на Кавказе и тогда лично познакомились с большевиками. Поэтому вы можете оказать нам неоценимую услугу. Вы поможете нам выяснить ситуацию на Востоке и в случае успеха обеспечить нам очень важную помощь».
Кемаль приказал телеграфировать всем заинтересованным организациям, связанным с национальным движением, что организаторы Эрзурумского конгресса «не имеют никакого отношения к обществу “Каракол”, а рассылаемые этим обществом инструкции и постановления не имеют силы», такого рода «вредоносные попытки» лишь создают двойственность в действиях национального движения, «будет проведено специальное расследование – кто создал эту организацию» бывших иттихадистов, от которых Кемаль теперь, почувствовав свою силу, стремился дистанцироваться, как и от партии «Единение и прогресс» и ее последователей.
Состоявшийся в Эрзуруме в конце июля и в августе Конгресс Общества защиты прав восточных вилайетов, прошедший под непосредственным руководством Кемаля-паши, стал началом открытого противостояния союзным оккупационным войскам и султанскому правительству.