Однако к концу XIX в., когда Северный Кавказ оказался полностью под контролем России, православие стало верой почти исключительно русского населения, в основном казаков, которых целенаправленно переселяли на Кавказ в качестве опоры русской власти. Ислам уважался как вера местного населения (лишь среди осетин и кабардинцев тогда были христиане). Период советской атеизации и отток русского населения с Северного Кавказа в 1990-е гг., казалось бы, поставили крест на христианском будущем региона. Но христиане вновь пустили корни во многих республиках Северного Кавказа. Постсоветская христианизация возвращает коренные народы к средневековой традиции.
Но в отличие от Средневековья, теперь на Кавказе не одна византийская традиция, а много различных христианских конфессий, каждая из которых предлагает свой путь «к корням». Прежде всего, на миссионерском поле региона с начала 1990-х гг. оказались православные и протестанты. Эта ситуация повторяет ту, которая сложилась в конце XIX в., когда среди русского населения православные священнослужители конкурировали с евангельскими движениями молокан и духоборов (существовали с конца XVIII в. как русский вариант протестантизма), а позднее и с баптистами (в то время эта миссия не затрагивала местное население).
Перестройка и распад СССР открыли двери любым миссионерам. Наряду с возрождением национальной культуры, интересом к исламу, в северокавказском обществе бурно развивались протестантские миссии, а православие долгое время оставалось чрезвычайно слабым. В начале 1990-х гг. общины Русской православной церкви (РПЦ) создавались русскими и лишь некоторыми обращёнными в православие из коренных народов. Приходы Ингушетии, Чечни фактически исчезли из-за оттока русских и Чеченских войн (священники РПЦ поддерживали боевой дух солдат, баптисты и пятидесятники раздавали Евангелия). Большой отток русских из Дагестана резко ослабил и так немногочисленные приходы этой республики. Целенаправленной миссии на Северном Кавказе православные не вели. Ситуация стала меняться только в 2010-е гг. благодаря общей стабилизации в регионе, административной реформе патриарха Кирилла и организации новых епархий на фоне миссионерского и социального подъёма внутри самой РПЦ.
Современное православие в регионе представлено РПЦ, у которой есть епархии в каждом регионе, кроме Ингушетии. Самая большая — Ставропольская митрополия во главе с митрополитом Кириллом (Покровским). Она включает в себя Ставропольскую епархию (193 прихода, 191 священник и диакон)[74], Георгиевскую епархию (103 прихода, 80 священнослужителей (клириков)) и часть приходов Пятигорской епархии. Последняя частично располагается в Ставропольском крае, но также включает в себя республики Кабардино-Балкария и Карачаево-Черкесия. Возглавляет епархию архиепископ Пятигорский Феофилакт (Курьянов), в неё входят 164 прихода и 167 клириков. Владикавказская епархия во главе с архиепископом Леонидом (Горбачевым) включает в себя территорию республики Северная Осетия (Алания), всего зарегистрировано 39 приходов[75]. Махачкалинская епархия во главе с архиепископом Варлаамом (Пономарёвым) включает в себя Ингушетию, Чечню и Дагестан (всего 28 приходов, 31 клирик)[76].
Протестантской миссией занимаются баптисты, евангелисты, пятидесятники, адвентисты, лютеране. Численность их организаций в республиках Северного Кавказа лишь немногим меньше количества приходов РПЦ. К примеру, в республике с самым значительным присутствием христианского населения — Северной Осетии — 25 разных протестантских церквей и 39 приходов РПЦ из 108 всех зарегистрированных организаций. В самом русском регионе Северного Кавказа — Ставропольском крае — 334 православных прихода и 84 протестантских церкви из 498 всех религиозных организаций[77].
После 2012 г. в связи с усилением контроля за некоммерческими организациями в России наметилась следующая тенденция: массовая регистрация организаций РПЦ и превращение их главных конкурентов — протестантских церквей — в зонтичные структуры, в рамках которых регистрируется только базовая церковь, а все остальные существуют как религиозные группы. Таким образом, в регионах России евангельских общин и групп, как правило, в два раза больше, чем зарегистрировано.