В ЦА первые ячейки этой организации появились в начале 1990-х гг. в узбекской части Ферганской долины. Идейными наставниками выступали эмиссары из арабских стран. Наибольшим влиянием движение пользуется в Киргизии, Таджикистане и Узбекистане, где оно предпринимает попытки внедряться во властные структуры, прежде всего в управленческий аппарат на периферии. XT активно вовлекает в свои ряды молодёжь, налаживает работу среди женской части населения. Постепенно в идеологических установках XT, пусть в завуалированной форме, но достаточно отчётливо, стали звучать призывы к захвату власти силовыми методами. Эта экстремистская партия официально запрещена во всех государствах — членах ШОС (Казахстан, Кыргызстан, Китай, Россия, Таджикистан, Узбекистан), во многих арабских странах, в Иране, Пакистане, а также в Германии. Но в ряде государств, в том числе европейских, XT работала легально. Наиболее активно — в Великобритании.
ИДУ было создано в 1995 г. Идейно-теоретические основы его деятельности, по существу, так и не были разработаны: представители «военного крыла» быстро заняли доминирующие позиции, а им было не до теории. Поэтому ИДУ вряд ли можно признать сформировавшейся политической организацией. Основная задача ИДУ — построение исламского государства на территории Узбекистана, а в перспективе — во всей ЦА, в пограничных областях Китая и России. При этом свержение светских режимов в центрально-азиатском регионе предполагается осуществлять вооружённым путём. Члены боевых ячеек ИДУ имели значительный опыт ведения военных действий. Они участвовали в гражданской войне в Таджикистане на стороне Объединённой таджикской оппозиции. В 1999 г. боевики ИДУ пытались поднять мятеж в Сурхандарьинской области Узбекистана и на юге Киргизии, где вели бои с правительственными войсками.
После событий 11 сентября 2001 г. и начала АТО в Афганистане отряды ИДУ оказывали вооружённую поддержку талибам. В ходе «горячей фазы» основное ядро боевых формирований ИДУ было разгромлено, а уцелевшие боевики переместились в труднодоступные горные районы Пакистана («территория племён»), где, по имеющейся информации, продолжают проходить подготовку в лагерях международных террористов. Часть из них нелегально находилось в ЦА, в том числе в Узбекистане. Несмотря на небольшую численность, они представляли собой реальную опасность благодаря навыкам проведения террористических акций.
После андижанских событий 2005 г. в Узбекистане приобрела известность экстремистская группировка «Акрамия», созданная в 1996 г. членом ХТ А. Юлдашевым. Она включала в себя в основном жителей Андижанской области Узбекистана. Сторонники «Акрамия», придерживаясь в целом идеологии XT, не исключали вооружённой борьбы как средства достижения своих целей, состоящих в создании исламского халифата в рамках Ферганской долины. При этом ставка делалась на распространение в регионе радикальных исламистских идей. Особую роль в финансировании играл афганский наркотрафик. Он служил значительным источником финансирования экстремистского подполья в ЦА (по некоторым оценкам ежегодный доход в 2000-е гг. составлял 2-4 млрд долл.). Наркопреступность превратила регион в основной транзитный коридор доставки наркотиков в страны СНГ и далее в Европу. По указанному «северному маршруту» в западном направлении проходило в 2000-е гг., по разным оценкам, от 20 до 40% афганской наркопродукции. Связанные с наркобизнесом криминальные структуры предпринимали попытки оказывать влияние на развитие политических процессов в различных государствах ЦА.
В 2000—2010-е гг. шли заметные трансформационные процессы, связанные с сокращением финансирования и ресурсов группировки, открытием новых тренировочных лагерей в Пакистане, включением экстремистской группы в мировые террористические сети. В частности, киргизские официальные лица предполагали, что ИДУ и уйгурские террористы формируют новую единую организацию под названием «Исламское движение Центральной Азии»: её стратегическая цель — формирование Исламского халифата сначала в Узбекистане, а затем его распространение на Таджикистан, Кыргызстан и западные районы КНР. Базой для исламистских террористов ЦА оставались северо-западные районы Пакистана, где проходили подготовку боевики из стран ЦА, а также афганцы и уйгуры. Ответом на эти угрозы стало проведение серьезных антитеррористических учений ШОС.