В Ставропольском крае сейчас присутствуют мусульманские общины минимум четырех юрисдикций, однако его правительство с такой ситуации мириться не намерено и с 2004 г. активно работает над созданием независимого Духовного управления мусульман Ставропольского края. Следует отметить, что объединить свои мусульманские общины под единым руководством в 1994 г. удалось властям Дагестана, а в 1998 г. — президенту Татарстана.
В процессе развала Советского Союза ряд субъектов Российской Федерации изменили свой статус. Чечено-Ингушская АССР разделилась на Чеченскую и Ингушскую республики; Карачаево-Черкесская и Адыгская автономные области выделились соответственно из Ставропольского и Краснодарского края, Татарская АССР объявила себя «суверенной Республикой Татарстан». Такие изменения в административно-территориальном делении стали серьезным вызовом для целого ряда межрегиональных ДУМов”.
Разделение Чечено-Ингушской АССР на Ингушскую и Чеченскую республики поставило точку в недолгой истории ее муфтията. ДУМ Чечено-Ингушетии распалось на ДУМ Чеченской Республики и Духовный центр мусульман Республики Ингушетия, причем муфтий Шахид Газабаев не унаследовал власти ни в одном из них. ДУМ Карачаево-Черкесской Республики и Ставрополья (ДУМ КЧРиС) и ДУМ Республики Адыгея и Краснодарского края, оказавшиеся в аналогичной ситуации, не претерпели столь быстрого раскола только потому, что в 1991 г. подавляющее большинство их общин было сосредоточено в национальных республиках. Однако со временем межрегиональный статус стал серьезной проблемой для единства и этих муфтиятов.
Наиболее остро центробежные тенденции стали проявляться в ДУМ КЧРиС, имевшее выраженный национальный (карачаевский) характер. Реальное влияние муфтията в Ставропольском крае ограничивалось районами компактного проживания карачаевцев в зоне Кавказских Минеральных Вод, в то время как даргинские общины края ориентировались на ДУМ Дагестана, кабардинские — на ДУМ Кабардино-Балкарии, а ногайские — на Чечню и Региональное ДУМ Ростовской области и юга России в составе ЦДУМ. Отсутствие единства среди мусульман Ставропольского края делало их весьма уязвимыми перед экспансией ваххабизма, сторонники которого активно действовали в Степновском, Нефтекумском и Минераловодском районах и к 1998 г. стали представлять реальную угрозу для безопасности всего региона12
.К началу 1999 г. количество мусульманских общин в Ставропольском крае достигло 30 фактически действующих приходов при 11 зарегистрированных, а численность его исламского сообщества стала сопоставима с численностью карачаево-черкесской уммы. Все это создало реальные предпосылки для формирования в крае самостоятельного муфтията, тем более что такой сценарий отвечал планам правительства Ставропольского края, всерьез обеспокоенного невозможностью полноценного контроля над своими мусульманами.
Вследствие сложной этнической ситуации в крае и трений между даргинцами, ногайцами и карачаевцам инициатором создания Ставропольского муфтията выступил Совет по экономической и общественной безопасности Ставропольского края. По его указанию 20 марта 1999 г. в селе Канглы Минерал оводского района была проведена встреча шести имамов из сел Кара-Тюбе, Канглы, Серноводское и Иргаклы, договорившихся провести учредительный съезд ДУМ Ставропольского края. По итогам этой встречи была образована инициативная группа по подготовке съезда, призвавшая все общины края включиться в процесс создания нового муфтията13
.Через два года, 27 августа 2001 г., в селе Новкус-Артезиан Нефтекумского района прошло учредительное собрание имамов Нефтекумского и Степновского районов края, на котором был сформирован Совет имамов Ставрополья и вновь поставлен вопрос о Ставропольском муфтияте. По совету властей имамы направили верховному муфтию Талгату Таджуддину обращение с просьбой создать Региональное ДУМ Ставропольского края в составе ЦДУМ, однако не получили положительного ответа.
К 2004 году Совет имамов Ставропольского края уже приобрел некоторый опыт самостоятельной работы и процесс сепарации ставропольской уммы вновь активизировался. 7 июля 2004 г. в Ставрополе открылся учредительный съезд ДУМ Ставропольского края, однако благодаря вмешательству муфтия Исмаила Бердиева и обострившимся национальным противоречиям он не достиг поставленных целей. Интересно отметить, что после съезда Бердиев направил письма на имя генерального прокурора РФ и губернатора Ставропольского края, в которых подчеркивал, что «подготовка к “съезду” проводилась не мусульманами, а местными, районными и краевыми органами государственной власти, <...> которые закрыли заседание, увидев, что нужная им кандидатура не получает необходимого числа голосов».