1994 г. Не желая принимать участие в этом конфликте и занимать чью-либо сторону, Алсабеков заявил о своей отставке, которая, правда, не состоялась19
.В марте 1995 г. в селении Ведено полевой командир Ахмад Кадыров на сходе ведущих полевых командиров был провозглашен новым муфтием Чечни. Вскоре он объявил России джихад от имени Исламской Республики Ичкерия, образованной на том же сходе. По информации корреспондента «Новой газеты» Анны Политковской, за это Кадыров был премирован несколькими нефтевозами и нефтескважинами на территории Ножай-Юртовского и Грозненского сельского районов20
. Как бы то ни было, новый муфтий Чечни надолго стал верным союзником Джохара Дудаева, а затем и его преемника Аслана Масхадова.Такая «симфония» светской и духовной власти продолжалась достаточно долго — почти четыре года. Первые признаки нового кризиса в отношениях между муфтием и президентом Чечни Асланом Масхадовым проявились в 1998 г., когда резко активизировавшиеся в республике салафиты-ваххабиты начали наступление на традиционный ислам, избрав своей главной мишенью Кадырова. Пережив к маю 1999 г. шесть покушений, Кадыров стал серьезно сомневаться в способности Масхадова справиться со сторонниками «чистого» ислама, на стороне которых находились уже почти все ведущие полевые командиры21
. Кроме того, в феврале 1999 г. Масхадов, желая упрочить свою власть, ввел в республике шариатское правление и лишил Кадырова значительной части административных полномочий22.После начала контртеррористической операции в Чечне Кадыров, которого больше ничто не связывало с Масхадовым и полевыми командирами, стал лидером промосковских чеченцев. Летом 2000 г. он возглавил временную администрацию Чечни и одним из первых указов запретил деятельность в республике ваххабитов, законодательно закрепив разделение чеченских мусульман на «хороших» и «плохих»23
. Сейчас именем Кадырова называют улицы, площади и школы, причем не только в Чечне.В других субъектах Российской Федерации взаимоотношения светских и духовных властей протекали далеко не столь остро, как в Чечне, однако и в смягченном варианте попытки манипулирования исламским сообществом нередко приводили к тяжелым последствием.
Наибольший урон от политики региональных лидеров претерпело ДУМЕС, распространявшее свою юрисдикцию на территории от Камчатки до Молдавии. Развал Советского Союза и последовавший за ним «парад суверенитетов» внутри самой России, имели для единства ДУМЕС фатальные последствия. Общины ДУМЕС, находившееся в европейских странах СНГ — Украине, Молдавии, Белоруссии и странах Балтии, уже не могли юридически обозначить свое членство в этой структуре, что вынудило их создавать собственные централизованные организации. Процесс становления новых муфтиятов сопровождался неизбежными расколами, особенно серьезно поразившими украинскую умму.
На территории России главную угрозу для целостности ДУМЕС стали представлять республики Татарстан и Башкортостан, получившие особо привилегированный статус и всячески укреплявшие свою новообретенную государственность любыми, в том числе и весьма сомнительными, способами.
Изменения в статусе бывшей Татарской АССР привели к тому, что власти «суверенного государства» Республики Татарстан просто не могли позволить, чтобы их ведущие религиозные организации управлялось с территории «соседнего государства России». Всерьез обсуждался вопрос о преобразовании Казанской епархии Русской Православной Церкви в Татарстанскую автокефальную церковь, либо создании такой «церкви» на основе альтернативной Московскому Патриархату юрисдикции. На этом фоне мусульманское сообщество республики, на которое возлагались особые надежды, не имело никаких шансов избежать принципиальных реформ своего административно-территориального деления.
Президент Татарстана Минтемир Шаймиев в 1991 г. попытался уговорить верховного муфтия Талгата Таджуддина перенести штаб-квартиру ДУМЕС в «центр российского ислама» — Казань и, получив отказ, стал готовить почву для создания собственного муфтията. Роль «застрельщиков» сепарационного процесса была отведена татарстанским националистическим партиям, в первой половине 1990-х гг. вполне подконтрольных республиканским властям.