Командующему войсками вермахта на Юго-Востоке были непосредственно подчинены: командующий войсками вермахта и наместник в Сербии и командующий войсками вермахта и уполномоченный генерал в Хорватии. В подчинении каждого из этих генералов находились органы оккупационной администрации на местах: областные, окружные и местные комендатуры.
Вопросами обеспечения порядка на оккупированных территориях занимались соответственно главные фюреры СС и полиции Сербии и Хорватии. В административном отношении они подчинялись рейхсфюреру СС Гиммлеру, а в оперативном - соответствующим генералам-наместникам в Сербии и Хорватии. Полицейская власть на местах осуществлялась посредством подчиненных им областных комендатур и полицейских участков.
Таким образом, в захваченных районах Югославии немцы установили режим военной оккупационной администрации.
В отличие от немецкой зоны оккупации Италия в своей зоне установила гражданскую администрацию. Так, всю свою часть Косово, а также населенную в основном албанцами западную Македонию Италия 12 августа 1941 г. формально передала Албании, которая с апреля 1939 г. находилась с ней в "личной унии". Все эти территории были объявлены "Великой Албанией" и управлялись сначала Высшим гражданским комитетом, а потом - итальянским Министерством освобожденных областей через органы на местах - префектуры, подпрефектуры и коммуны. Однако реальная власть здесь находилась в руках королевского наместника в Албании генерала Ф. Якомони.
В Черногории и Санджаке вся власть находилась в руках сформированного 28 апреля 1941 г. Высшего гражданского комиссариата во главе с итальянским полномочным министром С. Маццолини.
Сразу же после раздела Югославии и установления там оккупационного режима и немцы, и итальянцы стали привлекать местное население для службы в добровольческих формированиях. Причем итальянцы делали это на основе воинской повинности, а немцы - на добровольной основе.
В 1942-1943 гг. произошел коренной перелом в ходе Второй мировой войны. Одним из его последствий стало ослабление прогерманской коалиции и стремление Италии выйти из войны, которое особенно усилилось после высадки англо-американских войск на Сицилии (август - сентябрь 1943 г.).
Поэтому, не рассчитывая на стойкость своего итальянского союзника, немецкое верховное командование 30 августа 1943 г. разослало подчиненным военным инстанциям план под кодовым названием "Ось" ( "Achse"), Согласно этому плану предполагалось овладеть Италией (включая все оккупированные ею территории) и как можно скорее разоружить итальянские войска и входящие в их состав добровольческие формирования, кроме тех, которые согласятся продолжать войну на стороне Германии. Вечером 8 сентября ОКБ отдало приказ о немедленном выполнении операции "Ось".
Заняв итальянскую оккупационную зону в Югославии, а также Албанию, немецкое командование распространило на нее и систему своей оккупационной администрации.
Так, в Черногории была создана областная комендатура, которая подчинялась командующему войсками вермахта и уполномоченному генералу в Албании. I ноября
1943 г. она была переподчинена непосредственно командующему войсками вермахта на Юго-Востоке, а в мае 1944 г. реорганизована в штаб командующего войсками вермахта и уполномоченного генерала в Черногории. Для осуществления полицейской власти в столице Черногории - Цетинье была учреждена полицейская дирекция Черногории, подчиненная главному фюреру СС и полиции Сербии. В ее компетенцию входила также и полицейская служба в Санджаке.
8 сентября 1943 г. в связи с уходом итальянцев немецкие войска вступили в Албанию. Последний премьер-министр проитальянского правительства Албании бежал из страны, которая была передана под управление немецкой военной администрации в лице командующего войсками вермахта и уполномоченного генерала в Албании. Полицейская власть была сосредоточена в руках главного фюрера СС и полиции Албании СС-обергруппенфюрера И. Фитцхума.
Немецкие власти официально провозгласили, что выступают "за независимую и свободную Албанию" и пришли сюда как "освободители албанского народа от итальянского ига". Поэтому уже в октябре 1943 г. по немецкой инициативе было созвано Народное собрание, провозгласившее о разрыве унии Албании с Италией и ее государственной независимости.
10 октября было сформировано албанское правительство - так называемый Регентский совет, в который вошли албанские деятели, не сотрудничавшие с итальянцами или коммунистами, - М. Фрашери, Ф. Дипра, Л. Носи и А. Харапи. Новое правительство провозгласило нейтралитет Албании в войне.
В Германии было объявлено, что Албания является не оккупированной, а "дружественной страной". Поэтому германские войска в Албании считались не оккупационными, а союзными вооруженными силами. В действительности же албанское правительство полностью находилось под контролем якобы не существовавшей германской военной администрации.