Храм поднят над землею на 24 кряжистых дубовых сваях. Стены церкви рублены из сосновых бревен диаметром около 35 см. Полы настланы из плах в полбревна. Потолки везде плоские и набраны из коротких, но толстых досок «в елку».
С трех сторон церковь окружена просторными каркасными папертями. Эта наиболее «мирская» часть храма освещается довольно скупо: забранные тесинами стены «гульбищ» прорезаны редко расположенными маленькими окошками с килевидным завершением и с выступающей наружу подоконной доской. Окна закрываются ставнями изнутри. Вдоль стен папертей стоят резные лавки. Горцы выступающих консольных бревен, на которых «висят» гульбища, закрыты резными досками - «полотенцами».
Вход в церковь устроен с запада. Здесь стоит уже непосредственно на земле невысокое крыльцо с односкатной крышей. От крыльца круто вверх поднимается одномаршевая лестница, подводящая к двустворчатым входным дверям. Самой «молельне» предшествует трапезная, куда можно попасть с западной паперти. Войдя в дверь с высоким порогом, посетитель оказывается в довольно скромном сумрачном помещении, освещаемом лишь светом, проникающим через входные двери. Вдоль стен трапезной стоят лавки на резных устоях.
На одну из стен трапезной обычно вывешивали икону «Страшный суд» (о последнем «судном» дне мира и о наказании людей за грехи), которая производила сильное впечатление на прихожан.
Квадратное в плане и довольно просторное помещение самой «молельни» кажется все же тесным из-за далеко выступающей ступенчатой солеи с двумя клиросами для певчих.
Срубленный «в лапу» пятигранный алтарь отделен от четверика небольшим четырехъярусным иконостасом, тябла которого расписаны стилизованными изображениями синих и ярко-красных цветков на тонких зеленых стеблях. Иконы в иконостасе относятся к XVII - XIX векам.
Из Преображенской церкви в Вежах происходит красивая по колориту икона «Жены-мироносицы у гроба господня» (из праздничного ряда иконостаса), хранящаяся ныне в Костромском областном музее изобразительных искусств. На густо-синем фоне иконы изображены золотисто-желтые лещадки гор, стройные фигуры женщин слева внизу и облаченный в чисто-белые одежды ангел, сидящий у опустевшего «гроба господня». Икона написана, по всей вероятности, в конце XVI века и принадлежит школе «северных писем». Особенно выразительны фигуры мироносиц, одетых в вишневые ярко-красные и оливково-зеленые одежды. Вытянутые в высоту пропорции фигур вызывают в памяти яркое искусство крупнейшего древнерусского художника начала XVI века - Дионисия.
Преображенскую церковь отличают изысканность силуэта, тонкое чувство пропорций и тесная связь с окружающим ее природным ландшафтом. В пору весеннего половодья она казалась настоящим кораблем, плывущим по лону умиротворенных вод.
В Костромской музей деревянного зодчества Преображенская церковь перевезена в 1956 году в связи с устройством под Костромой обширного водохранилища. Реставрация хрема осуществлена по проекту архитектора Б. В. Гнедовского.
Многие деревни и села бывшей Мисковской волости Костромской губернии - Вежи, Шоды, Спас, Мисково, Жарки связаны с памятью великого русского поэта Н. А. Некрасова. Он не раз приезжал в Кострому, а Костромская низина была постоянным местом его охоты. На костромском материале Н. А. Некрасовым были написаны стихотворения «Крестьянские дети», «Дедушка Мазай и зайцы», «Деревенские новости», поэма «Коробейники» (посвященная, кстати, крестьянину деревни Шоды Костромского уезда Г. Я. Захарову), несколько глав поэмы «Кому на Руси жить хорошо», быль «Горе старого Наума»… Очень хорошо знал поэт и клетскую церковь Спаса на погосте в Вежах, и скромные бани в деревнях Жарки и Спас. В стихотворении «Дедушка Мазай и зайцы» Н. А. Некрасов писал:
В августе, около «Малых Вежей».
С старым Мазаем я бил дупелей.
…
Нравится мне деревенька его:
Летом ее убирая красиво,
Исстари хмель в ней родится на диво,
Вся она тонет в зеленых садах,
Домики в ней на высоких столбах
(Всю эту местность вода поднимает,
Так что деревня весною всплывает,
Словно Венеция).
Вывезенные из района затопления свайные деревянные постройки положили начало Костромскому музею деревянного зодчества. Однако вскоре, как писал архитектор А. В. Ополовников, «несостоятельность идеи размещения музея народного зодчества внутри монастырских стен… стала вполне очевидной уже по одному тому, что на очередь встали другие памятники, которым в пределах ограды просто не нашлось бы свободного места. Кроме этой технической причины были, по-видимому, осознаны и другие отрицательные явления, неизбежно сопутствующие такому «камерному» и «коллекционному» способу размещения экспозиции народного зодчества.