Однако 25 ноября 1913 года состоялся торжественный акт передачи музея Академии наук. За принесенную в дар Академии коллекцию Алексею Александровичу Бахрушину был пожалован орден Владимира четвертой степени. Академия выделила средства на содержание и зачислила в штат музея нескольких служащих, во главе с хранителем музея В.А. Михайловским.
Бахрушин воспрянул духом. Тем более что с этого времени музей стал носить его имя, как основателя. Кроме того, он возглавил правление музея, став его пожизненным почетным попечителем.
В 1916-м, после смерти отца Алексей Александрович подумал и решил, что специальных мер по захоронению черепа классика, обещанных отцу, все же предпринимать не станет. Посчитал, что череп и так можно считать захороненным, поскольку нахождение его в месте нового постоянного хранения вполне возможно приравнять к преданию земле. Однако в своих предположениях он ошибался. Новое обиталище не стало для черепа могилой, и еще долгие годы душа писателя неприкаянно витала у земли — до тех пор, пока супруги Гуглицкие, наши с вами современники, не взялись за дело основательно.
После переворота 1917 года Бахрушин не только не принял участия в антибольшевистских акциях, но и активно сотрудничал с рабоче-крестьянской властью, считая, что именно она дала, наконец, широкий доступ к искусству народным массам.
С 1918 года он сделался председателем музейно-архивной секции при Театральном отделе Наркомпроса и был назначен пожизненным директором собственного музея. Таким уж непрямым и обидным путем повела его судьба — от широчайше дарованной предками купеческой жизни, от депутатского статуса и высочайших государственных чинов до рядового пайка обычного совслужащего на должности заведующего «Театральным музеем Театрального отдела Народного комиссариата по просвещению имени А. Бахрушина».
В 1921–1927 годах Бахрушин заведовал подсекцией истории театра в Государственной Академии художественных наук.
Алексей Александрович Бахрушин умер в подмосковной усадьбе Горки близ станции Апрелевка Киевской железной дороги 7 июня 1929 года и был похоронен на Ваганьковском кладбище в Москве.
Однако еще до той поры, пока не занял он мало-мальски заметный пост, дающий шанс не быть уничтоженным или же вконец обнищать при новой власти, происходили события, чрезвычайно важные для семейной памяти Бахрушиных. В том же 1919-м большевики издали декрет о ликвидации всех домовых церквей и склепов под ними. Останки предписывалось свозить на кладбище. Бахрушин прекрасно знал, что если по какой-то причине потомки не делали этого или, к примеру, некому было позаботиться о покойниках, кости просто-напросто вышвыривались из склепов на близлежащую помойку.
Из-за этого Алексей Александрович страшно дергался, понимая, что его фамильный склеп под храмом вот-вот сделается очередным в деле разрушения памяти и самой истории. В последней надежде он отправился к председателю Моссовета, с которым был немного знаком. Тот подумал и отказал. Однако дал дельный совет — замуровать наглухо подвал этот между храмом и каретным сараем, где размещался склеп. Однако сделать такое в тогдашней Москве было совсем не просто. Даже невозможно вовсе. Найти же транспорт, чтобы перевезти останки на кладбище, — исключено, совершенно нереально. И тогда Алексей Александрович принял решение…