Система подготовки научных кадров, сложившаяся во ВНИИЭФ при Борисе Глебовиче, в основном сохранилась до настоящего времени. Эта система работала по двум направлениям: аспирантура без отрыва от производства и соискательство ученых степеней. Организационно руководство аспирантами и соискателями проводилось группой (позднее отделом) ученого секретаря. В обязанности этой группы входили изучение потребности ВНИИЭФ в научных кадрах, составление текущего и перспективного планов их подготовки, организация приема в аспирантуру и на звание соискателя, ежегодная аттестация аспирантов и соискателей, составление графика прохождения конкурсного избрания на должности.
К подготовке и повышению квалификации научных кадров Борис Глебович и подчиненные ему руководители относились очень ответственно. Характерно, что в справках очередных комиссий, которые изучали состояние работы с кадрами во ВНИИЭФ, обычно констатировалось отсутствие проблемы с подготовкой научных кадров в институте. Отмечалось, что во ВНИИЭФ есть все условия для формирования и роста специалистов высшей квалификации, этот рост, как правило, обеспечивается непосредственно в процессе основной работы, в институте успешно действуют системы аспирантуры и соискательства.
За период с 1954 по 1964 год во ВНИИЭФ защитили докторские диссертации 20 человек, кандидатские — 63 человека. В плане подготовки научных кадров на 1963–1967 годы ставилась задача подготовки 20 докторов и 87 кандидатов наук. В середине 1960-х годов в аспирантуре без отрыва от производства обучались 76 человек и 155 человек числились как соискатели ученой степени. На 1 января 1969 года во ВНИИЭФ было 83 аспиранта и 380 соискателей, на 1 января 1973 года — 104 аспиранта и 610 соискателей.
К руководству аспирантами и соискателями привлекались не только ученые ВНИИЭФ, но и высококвалифицированные специалисты московских институтов (Л. А. Галин, А. И. Базь, В. С. Владимиров и другие ведущие ученые). Многие сотрудники ВНИИЭФ, обладавшие глубокими знаниями и высокой квалификацией, назначались научными консультантами соискателей. В целях обеспечения более качественной и своевременной сдачи кандидатских экзаменов для аспирантов и соискателей при вечернем институте были организованы курсы иностранных языков и философии.
В 1950—1970-е годы во ВНИИЭФ ежегодно поступали значительные контингенты молодых специалистов с хорошей теоретической подготовкой. Потребность института во все новых специалистах объяснялась возрастанием объема работ, появлением новых тематических направлений и созданием новых структурных подразделений (секторы 13 и НКБС, новые отделы, лаборатории). В 1968 году в институт из различных вузов страны прибыло 196 молодых специалистов, в 1972 году — 333. Всего в институте в 1969 году работало 385 молодых специалистов, на конец 1971 года — 661 молодой специалист, при этом 590 из них имели высшее образование, остальные — среднее специальное. С 1969 года в подразделениях ВНИИЭФ функционируют советы молодых специалистов.
К концу 1960-х годов ВНИИЭФ был полностью укомплектован научными, инженерно-техническими и руководящими кадрами в соответствии со штатным расписанием. На инженерно-технические должности, как правило, стали назначаться дипломированные специалисты или сотрудники, имеющие производственный опыт и обучающиеся на старших курсах институтов и техникумов. В 1960—1970-х годах многие руководители и научно-технические работники ВНИИЭФ прошли учебу (с отрывом от производства) на курсах при Центральном институте повышения квалификации (ЦИПК), а также в его московских и горьковском филиалах».
Чтобы было понятнее, с чего начинались музруковские инициативы, приведенные факты можно дополнить информацией из книги Г. Д. Куличкова: «В конце 1959 года из 12 507 сотрудников в КБ-11 было 290 научных работников. Из них десять человек имели степень доктора наук и 35 защитили кандидатскую диссертацию».
Для начальника объекта генерал-майора инженерно-технической службы Б. Г. Музрукова «присвоение очередного звания» научному сотруднику, инженеру, рабочему было не формальной процедурой. Он высоко ценил образованность, сам всю жизнь стремился узнавать новое, постигать неизвестное, разбираться в запутанных явлениях и ситуациях. Эти личные особенности помогали ему в решении постоянно возникающих проблем института, в беседах с сотрудниками он мог быстро сориентироваться, полностью войти в курс дела и оперативно принять оптимальное решение. Он хорошо знал цену знаниям, их силу, поэтому старался всеми способами подвигнуть людей к учебе, к усвоению новой информации, хотя бы специальной, и очень хотел, чтобы такие качества специалиста стали составляющей его повседневной жизни.
Кроме того, Борис Глебович, мудрый, много переживший и повидавший человек, понимал, какое значение имеют во время сказанное руководителем доброе слово, оказанная в трудную минуту поддержка или, напротив, последовавшее «за дело» справедливое наказание. Эти черты Б. Г. Музрукова отразились в воспоминаниях В. Т. Стасько: