В такой постановке задача ремонта реактора становилась чрезвычайно сложной и опасной для людей, участвующих в ликвидации аварии. Более безопасный путь требовал остановки реактора на длительное время (по оценкам Ю. Б. Харитона, на один год). Этот срок означал большие потери урана и недопустимый, из-за жестких временных рамок, перерыв в наработке плутония. Поэтому руководство ПГУ и научный руководитель проекта И. В. Курчатов приняли методику аварийно-восстановительных работ, предложенную работниками комбината. В соответствии с ней урановые блоки специальными присосками извлекались из разрушенных труб через верх, то есть попадали в центральный зал реактора. Ясно, что переоблучение персонала было неизбежным. Но другого выхода тогда не виделось. К этой «грязной» (в смысле уровня радиационного облучения) работе привлекли всю сильную половину специалистов комбината. Облучились все участники этих работ, в том числе руководители комбината и ПГУ, постоянно находившиеся в зале. У рабочего стола И. В. Курчатова складывались урановые блоки, извлеченные из разрушенных труб, уже частично облученные и высокорадиоактивные. Игорь Васильевич осматривал их и отбирал годные для новой загрузки. За время этой работы он получил высокую дозу радиации.
После просушки графитовой кладки в ней разместили новые трубы, у которых покрытие уже было анодированным. 26 марта 1949 года начался вывод реактора на полную мощность.
Но самые первые ЧП происходили на реакторе по другим причинам, еще до того, как проявила себя коррозия труб. 22 июня 1948 года, через несколько часов после торжественного пуска реактора, на площадке влагосигнализации была зарегистрирована повышенная радиоактивность, превышающая установленный норматив в триста раз. Быстро удалось выяснить, что в ячейке с номером 17–20 образовалась масса из разрушенного уранового блока, спекшегося с графитом, — получился так называемый «козел», с которым пришлось потом сталкиваться неоднократно. Первый раз это произошло потому, что клапан холостого хода в ТК был приоткрыт, что привело к уменьшению потока охлаждающей ТК воды, и урановый блок вместе с окружающим графитом расплавился. Реактор остановили и до 30 июня чистили ячейку.
Ясно, что работа на объекте «А» проходила под прессом жестких сроков, установленных для быстрейшей наработки плутония. Поэтому когда 25 июля в ячейке 28–18 образовался второй «козел», было принято решение удалять его, не останавливая реактор. Это привело к радиационному загрязнению помещения и переоблучению персонала. К тому же в ячейку подавалась вода, чтобы охлаждать режущий инструмент, который служил для удаления спекшихся блоков, и снизить выброс в зал аэрозолей и радиоактивной пыли. В результате промокла графитовая кладка, и коррозия разъела трубу ТК. Аварию, конечно, ликвидировали, но с очень большими трудностями и с облучением работавших людей.
Вспоминает В. И. Шевченко: «В период создания и пуска первого промышленного реактора мне часто, по различным вопросам, приходилось встречаться с Б. Г. Музруковым. Первая встреча состоялась в июле 1949 года в реакторном здании (в то время я исполнял обязанности начальника дозиметрической службы, который находился в отпуске). Встреча проходила в очень неблагоприятной обстановке. При кратковременной остановке реактора впервые в практике необходимо было через верх извлечь трубу технологического канала с зависшей рабочей продукцией, то есть той, которая по нормальной схеме не разгрузилась. Случилось это днем. Извлечение трубы производили краном, управление которым осуществляли через перископ, расположенный за установкой биологической защиты. При транспортировке к шахте выдержки труба столкнулась с направляющим лотком, в результате удара рабочая продукция самопроизвольно разгрузилась и рассыпалась по полу центрального зала. Продукция и сама труба представляли высокоактивный источник ионизирующего излучения. О случившемся было доложено Б. Г. Музрукову, который немедленно прибыл. Время простоя реактора было строго ограничено. Перед выходом на мощность требовалось в центральном зале выполнить некоторые технологические операции. В зал зайти невозможно из-за большой мощности излучения. Необходимо прежде убрать россыпь продукции. Приспособлений не было. После короткого обмена мнениями приняли решение убирать россыпь вручную совковой лопатой. Б. Г. Музруков тут же пригласил конструкторов, которым поручил разработать приспособление для дистанционного сбора россыпи радиоактивных изделий. В шесть заходов, за десять минут, россыпь была убрана. Каждый, принимавший участие в этой работе, получил облучение от пяти до десяти рентген. Впоследствии было разработано и изготовлено специальное приспособление для сбора россыпи дистанционно».