Выборы на кафедру детской хирургии Центрального института усовершенствования врачей в Москве осенью 1959 года явились началом нового длительного и трудного этапа работы. Кафедра базируется в больнице № 2 Мосгорздравотдела. Известный московский предприниматель фон Дервиз в 1875 году пожертвовал 400 000 рублей золотом на создание «бесплатной и общедоступной» детской больницы. Составление проекта и наблюдение за строительством было поручено известному врачу и архитектору фон Раухфусу, построившему в Петербурге детскую больницу имени Принца Ольденбургского (ныне имени Раухфуса). Через год больница Святого Владимира, размещенная в одно- и двухэтажных кирпичных павильонах, была готова и представляла собой одно из лучших в Европе детских медицинских учреждений, что было засвидетельствовано дипломом на Международном конгрессе врачей в Париже в 1908 году. Отметим, что после революции больница была переименована в больницу имени доктора Раухфуса, а в связи с гибелью под Кронштадтом известного врача и революционера В. И. Русакова — в детскую больницу имени В. И. Русакова. Хирургическое отделение больницы возглавляли В. В. Иршик, Н. Н. Теребинский. Там работали Т. П. Краснобаев, В. А. Красинцев. Главным хирургом с 1922 года, а затем и главным врачом больницы становится Виктор Алексеевич Кружков. Он начал преподавание детской хирургии на курсах усовершенствования врачей Мосгорздравотдела в 1923 году. Когда возник Институт усовершенствования врачей (1931 г.), Виктор Алексеевич организовал доцентуру, которая в 1966 году была преобразована в кафедру. Первоначально кафедра была представлена скромным числом преподавателей: четыре заведующих отделениями больницы и главный врач — на полставке каждый.
Перед Станиславом Яковлевичем стояла сложная задача — преобразовать больничную городскую базу в клиническое учреждение, реконструировать помещения, добиться современного оснащения (аппаратуры, инструментария, исследовательских приборов), наладить всю лечебную работу, начать планомерные научные исследования и, главное, подобрать и воспитать хирургов, способных выполнять свои функции при участии курсантов Центрального института усовершенствования врачей (ЦИУВ) — опытных специалистов разных профилей. Руководство ЦИУВ и детской больницы имени В. И. Русакова всемерно помогали молодому коллективу. Приведем примеры разных сторон организационных мероприятий на кафедре.
Кадры. Формируя коллектив, С. Я. Долецкий стремился наряду с подготовленными специалистами, кандидатами наук, приглашать на работу молодых, перспективных врачей, не имевших научной степени, что противоречило установившимся в ЦИУВ взглядам. К числу первых относятся И. Г. Климкович, В. В. Гаврюшов, Г. М. Тер-Егиазаров, А. И. Ленюшкин, в дальнейшем доценты и профессора кафедры, С. И. Воздвиженский, В. П. Киселев и В. М. Балагин, ставшие доцентами. Без ученой степени на кафедру были приняты И. А. Королькова, В. Н. Ермолин, П. Я. Фищенко, А. А. Овчинников, В. П. Фоминых, А. Б. Окулов, В. Г. Гельд, В. Е. Щитинин.
Для воспитания кадров в 1 Московском медицинском институте был организован студенческий научный кружок, первый в системе ЦИУВ. Руководителем его становится вначале Л. М. Рошаль, а затем А. А. Овчинников. По инициативе врача П. Н. Шастина в одной из московских специализированных школ с медицинским уклоном возник научный кружок школьников, коллектив которого выполнил интересное исследование «О возможности и значении ранней выписки домой детей, перенесших несложные плановые операции». Лучшие кружковцы поступали в ординатуру кафедры и больницы.
Реорганизация лечебной работы. Сложности, обусловленные несовпадением задач лечебной, научной и педагогической работы, подготовкой молодых врачей для Мосгорздравотдела, периферии или аспирантуры, потребовали полноценного использования возможностей крупной многопрофильной больницы. Первым мероприятием было закрепление основного состава преподавателей и больничных врачей в строго специализированных отделениях. Отметим, что к 1959 году в больнице были следующие отделения: плановой хирургии (чистое), экстренной хирургии (гнойное), травматологическое, урологическое и приемное. Педагогические и научно-исследовательские задачи детской хирургии потребовали последовательной и настойчивой реорганизации дела. На протяжении 10 лет ежегодно подбирался новый специализированный профиль больных, при возможности оформляемый в группу, палату или отделение. Первым в 1960 году было отделение и Центр хирургии новорожденных. Его организаторы в 1962 году были удостоены диплома и медалей Выставки достижений народного хозяйства. Затем в травматологическое отделение введены ортопедические койки. Появилось легочное отделение, сердечно-сосудистая группа. Палата для пациентов с заболеваниями печени и толстой кишки.