Обстановка на фронте под Псковом и Нарвой с каждым днем осложнялась. Прорыв 1-й бригадой 10-й стрелковой дивизии позиций эстонских белогвардейцев на участке Мехикорма — Ней-Раппин, поставивший под угрозу фланг противника, не был использован командованием 7-й армии. Напрасно Фабрициус слал телеграммы с просьбой поддержать свежими силами 1-ю бригаду, захватившую Печору и Ней-Раппин; штаб армии не выделил дополнительно ни одного бойца. Эстонское командование ввело в бой белогвардейский корпус генерала А. П. Родзянко, и обескровленные красные полки отошли на исходные позиции.
…14 мая 1919 года начальник штаба 10-й дивизии С. Г. Плютто принес на подпись Фабрициусу распоряжение, по которому несколько полков выделялись в армейский резерв.
Ян Фабрициус сердито спросил:
— А кто приказал?
— Распоряжение из поезда самого Троцкого.
Фабрициус, с трудом сдерживая негодование, сказал:
— Преступные распоряжения не выполняю.
И сделал пометку: «Означенную телеграмму не подписываю, так как с приказом не согласен».
Фабрициус понимал армейскую суровую истину— приказ старшего начальника должен быть выполнен, и в то же время партийный долг подсказывал: надо добиться отмены распоряжения, открывающего врагу дорогу в Псков. И помочь может только Ленин. Надо срочно доложить ему обо всем. В телеграмме, посланной в Москву, Фабрициус сообщал: «В данное время фронт нами удерживается с трудом, так как на Чудском участке противник перешел в активное наступление, на печорском направлении враг производит активную разведку с целью перейти, по-видимому, в решительное наступление. Несмотря на это, Троцким предписано с передовой боевой линии снять 5-й полк в армейский резерв». Указав, что «при исполнении этого приказа Псковский участок будет легко прорван противником в печорском направлении и это неизбежно повлечет за собой падение Пскова и создаст еще более тяжелое положение», Фабрициус просил отдать распоряжение провести строгое партийное расследование всего происходящего на Псковском боевом участке.
Эта телеграмма по приказанию В. И. Ленина 18 мая была переслана в штаб Петроградского военного округа. Из Смольного в штаб обороны Пскова сообщили по телеграфу, что подкрепление и новые руководители будут посланы. Однако обещанная помощь опоздала. 25 мая Псков пал…
Легендарный комбриг
Фабрициус последним ушел из Пскова. У Ольгинского моста он сдерживал атакующих огнем пулемета и был ранен в руку. 12 июня 1919 года военком написал подробный доклад Председателю Совета Обороны республики В. И. Ленину. С суровой прямотой рассказал об обстоятельствах падения Пскова, о разложении частей, об изменниках, явных и тайных, о неумелом руководстве войсками. Он просил назначить комиссию из старых партийных работников, компетентных в военном деле, для расследования причин катастрофы на Псковском участке фронта и снять его с должности военкома 10-й дивизии. Фабрициус закончил доклад просьбой «обратить на все указанное здесь мною внимание и срочно сделать все возможное для поправления нашего общего дела, пока это не поздно. Вышлите резервы и действительно ответственных работников, чтобы поправить наше общее дело».
Этот доклад, как и другие документы, адресованные Фабрициусом лично В. И. Ленину, разбирался в ЦК РКП(б) и, безусловно, сыграл положительную роль в перестройке аппарата управления Западного фронта и разоблачении шпионов — бывшего полковника Люндеквиста и его подручных…
3 августа 1919 года Реввоенсовет республики направил Я. Ф. Фабрициуса на Южный фронт. После изнурительных железнодорожных мытарств (ехал целую неделю) он наконец добрался до Козлова. В штабе фронта царило смятение, вызванное внезапным рейдом конного корпуса генерала Мамонтова, стремительно продвигавшегося к Тамбову.
Фабрициус получил указание: немедленно выехать в Елец, организовать там сводный отряд и любой ценой задержать неприятеля.
В Елец Фабрициус прибыл 28 августа. В помещении только что созданного Военно-революционного комитета он нашел дежурного комиссара запасного пехотного батальона Александра Вермишева, который рассказал, что в городе стоят запасные батальоны, к сожалению плохо обмундированные и вооруженные. Фабрициус срочно собрал членов ревкома. На заседании он предложил имеющиеся в городе войсковые части разбить на три боевых участка: левофланговый, средний и правофланговый.
Вечером получил телеграмму: неприятель занял Лебедянь и движется на Елец.
29 августа на всех участках были отбиты атаки кавалерийских разъездов белогвардейцев, но на следующий день мамонтовцы заняли станцию Боборы-кино и перерезали железнодорожную линию Елец — Ефремов. Днем 31 августа Фабрициус получил донесение от комиссара левого участка об измене командира участка, перешедшего с кавалерийским дивизионом на сторону белых. Противник немедленно использовал предательство и прорвался к Ельцу.
Фабрициус организовал небольшой отряд из учащихся пехотных курсов, комендантской команды и пулеметчиков и направился к перекрестку дорог.