В апреле 1956 г. было принято решение о строительстве полигона в пустыне Бетлак-Дала у озера Балхаш. Работы развернулись в 1956–1957 гг. К лету 1958 г. монтаж и настройка аппаратуры РЛС «Дунай-2» на Балхашском полигоне завершались. В сочетании с другими составляющими комплекса РЛС «Дунай-2» представляла солидное сооружение. Только передающая антенна РЛС имела длину 150 м и высоту 8 м, а отстоящая от неё примерно на 1 км приёмная антенна при длине 150 м возвышалась по высоте на 25 м. Радиорелейная линия связи связывала РЛС с главным вычислительным центром и командным пунктом, затем полученные данные передавались на РЛС точного наведения на цель и стартовую позицию противоракеты. Начиная с августа 1958 г. РЛС «Дунай-2» стала обнаруживать ракеты в полёте после их запуска со стартовых установок, а затем перешла в режим автоматического обнаружения и сопровождения БР с измерением их координат и передачей результатов в качестве целеуказания на РЛС точного наведения.
РЛС «Дунай-2» входила в состав противоракетной системы «А». главным конструктором которой был назначен Г. В. Кисунько, он же являлся руководителем выделившимся из КБ-1 СКБ-30. Кроме РЛС «Дунай-2» в систему «А» были введены три РЛС точного наведения, которые состояли из РЛС определения координат цели повышенной точности, высокоточной РЛС координат противоракеты, РЛС вывода противоракет со станцией передачи управляющих команд на ПР и подрыва БЧ, все РЛС разработки СКБ-30.
Пусковые установки противоракет В-1000 создавались в СКБ В. П. Бармина. Главный командно-вычислительный центр разрабатывался под руководством С. А. Лебедева. Первая успешная работа системы «А» по перехвату БР типа Р-5 без оснащения БЧ (боевой части) произошла 24 ноября 1960 г. Затем была серия неудач. 4 марта 1961 г. оказался историческим днём. В этот день противоракета В-1000 с осколочно-фугасной боевой частью перехватила и уничтожила на высоте 25 км БР типа Р-12, запущенную с центрального полигона[29]
. Об успешной операции по перехвату БР Г. В. Кисунько доложил телеграммой руководителю страны Н. С. Хрущёву. Вместе с тем надо иметь в виду, что полёт перехваченной ракеты происходил в режиме средней дальности, когда скорость движения не достигает величины, характерной для межконтинентальной БР. В дальнейшем было произведено более десятка успешных пусков ПР с уничтожением боеголовок БР, а также пуски с применением тепловых устройств самонаведения.Осенью 1962 г. прошла успешная защита эскизного проекта системы «А-35», предназначенной для охраны Москвы от американских МБР «Титан-2» и «Минитмен-2». РЛС «Дунай-2» заменялись на «Дунай-3 (гл. конструктор В. П. Сосульников) и «Дунай-ЗУ» (гл. конструктор А. Н. Мусатов). Увеличивалось количество стрельбовых комплексов. В 1962 г. были начаты строительные работы по созданию системы ПРО под Москвой. В 1970 г. РЛС «Дунай-3» в составе ПРО г. Москвы была сдана заказчику. Одновременно со строительством ПРО г. Москвы создавался экспериментальный вариант системы А-35 на Балхашском полигоне под шифром «Алдан»
Продолжались работы и по созданию РЛС типа «ЦСО-П» с различными модификациями («Днестр», «Днепр», «Дарьял» и др.). В декабре 1961 г. в районе г. Сары-Шаган (озеро Балхаш) были завершены автономные испытания РЛС «ЦСО-П».
Для раннего предупреждения о пусках МБР разрабатывались загоризонтные РЛС большой дальности на основе обратного отражения коротких волн от ионосферы (эффект Н. И. Кабанова). РЛС имели шифр «Дуга» (гл. конструктор Ф. А. Кузминский). В условиях относительно спокойной ионосферы первые образцы РЛС «Дуга» отслеживали полёт ракет с момента старта на Дальнем Востоке и с акватории Тихого океана до достижения ими полигона на Новой Земле. В дальнейшем эти РЛС эксплуатировались на Украине и Дальнем Востоке.
Кроме Москвы целый ряд объектов стратегического назначения нуждались в создании систем ПРО. В связи с этим КБ-1 было поручено разработать и изготовить РЛС дальнего обнаружения С-225. Общее руководство осуществлял А. А. Расплетин, первым начальником головного отдела был назначен Т. Р. Брахман (до 1970 г.), затем – К. К. Капустян. Противоракеты разрабатывались в ОКБ-2 (гл. конструктор П. Д. Грушин) и в КБ «Новатор» (гл. конструктор Л. В. Люльев). Система ПРО, для которой предназначались эти разработки, в дальнейшем получила шифр «А-135». В КБ-1 эта работа шла под названием «Азов». Было несколько особенностей при испытаниях и эксплуатации всего этого комплекса. Первая особенность – использование разгонных блоков для получения скоростей БР, соответствующих режимам как МБР, так и СДБР. Вторая особенность – применение средств преодоления ПРО как лёгких, так и тяжёлых, третья особенность – попытки при пусках БР распознавания разделяющихся боеголовок. Работы продолжались более 20 лет.