Вслед за арестом Берии последовали аресты других высших чинов секретной службы; были казнены по таким же диким обвинениям в шпионаже и терроризме генерал-полковник Бахшо (Богдан) Кобулов и его брат — бывший руководитель атомной разведки генерал-лейтенант Амаяк Кобулов, генерал-лейтенант Лев Влодзимирский, заместитель министра внутренних дел генерал-полковник Сергей Гоглидзе, бывший посол в Германии генерал Владимир Деканозов. Теперь правду об участниках хрущёвского переворота можно было похоронить навсегда.
Избавившись от одного опасного конкурента, Хрущёв веко-ре избавился и от другого — Маленкова. Когда в 1957 г. Президиум ЦК КПСС принял решение сместить Хрущёва с поста первого секретаря и сделать министром сельского хозяйства, он снова обратился за помощью к своим подельникам — генералам, и в первую очередь, к Серову, а также к Маршалу Жукову.
На военных самолётах в сопровождении офицеров в Моек-ву были доставлены члены ЦК, сторонники Хрущёва. Под давлением генералов и секретных служб они отменили решение Президиума и восстановили Хрущёва на посту первого секретаря. Члены Президиума Маленков, Молотов и Каганович, выступившие против него, были вышвырнуты из Кремля и на долгие годы сосланы на периферию под неусыпный надзор. В том же году Хрущёв избавился и от ставшего теперь опасным Маршала Жукова. Он был коварно смещён с поста министра обороны и тоже отдан под наблюдение КГБ.
1953 год был таким же страшным годом расправ с неугодными, какими были 1937 и 1938 гг. Как и в 30-е годы, репрессии затронули не только правящую верхушку страны, а также, хоть и в меньшей мере, но и простых граждан.
В июле генерала Эйтингона вынудили уйти в отставку. Отстранены от работы были также супруги Василий и Елизавета Зарубины, агенты международного класса, начальник научнотехнической разведки МГБ Василевский. Вскоре были арестованы генерал Судоплатов и его заместитель Эйтингон.
Вот что позже рассказал детям отец. Судоплатова арестовали на работе. Что же касается Эйтингона, его забрали из дома — ведь он был уже «отставник». Генерал сидел на кухне и пил чай. Когда раздался звонок в дверь, он сразу понял, что пришли его арестовывать. Он сказал пришедшим: «Оружие под подушкой», встал, оделся и вышел. Эйтингон хотел, чтобы в его деле фигурировало, что он добровольно сдал оружие и не оказал никакого сопротивления при аресте. Он был опытным человеком, хорошо знающим свою страну. Как и генерал Судоплатов, он был доставлен в Бутырскую тюрьму.
Но если в первый раз его арестовали тайно, и мало кто догадывался о причинах его долгого отсутствия, то сейчас ситуация изменилась. В партийных организациях крупных предприятий, в институтах, на заводах и фабриках устраивались партийные собрания, на которых зачитывались списки так называемых «изменников Родины», часть из которых была посажена в тюрьму, а другая часть уже расстреляна. В этих списках значился и генерал Наум Исаакович Эйтингон.
В 1953 г. с семьёй Эйтингона вообще перестали общаться. От нас отвернулись даже самые близкие люди. Не здоровались соседи по лестничной клетке, старые друзья.