Вторым примечательным событием последних лет жизни Лютера было ужесточение его позиции по отношению к сектантам, особенно к анабаптистам. Рост их численности представлял очень серьезную проблему для территориальной церкви. Дело в том, что, несмотря на смертный приговор, вынесенный им на Шпейерском сейме в 1529 году по согласованию с реформатами, неустрашимость мучеников и их безупречное поведение приводили к столь массовому притоку людей в это движение, что утвердившиеся церкви рисковали остаться без прихожан. Филипп 1ессенский отмечал, что сектанты живут более чистой жизнью, чем лютеране, а писавший об анабаптистах лютеранский служитель свидетельствовал, что они много времени проводят среди бедных, одеваются очень просто, усердно молятся, читают Евангелие, в беседах особое внимание уделяют внешней жизни и добрым делам, говорят о необходимости помогать своему ближнему, давать просящему, совместно пользоваться имуществом, ни над кем не властвовать и относиться ко всем людям, как к братьям и сестрам. Вот какими были те, кого казнил в Саксонии курфюрст Иоганн. Но вновь кровь мучеников оказалась живительной влагой для церкви.
Эта проблема очень беспокоила Лютера. В 1527 году он писал об анабаптистах:
"С ними поступают несправедливо, и меня глубоко тревожит, что этих бедных людей столь безжалостно убивают, сжигают и жестоко уничтожают. Пусть всякий верует по своему разумению. Если он заблуждается, он будет достаточно наказан адским пламенем. Если они не подстрекают к бунту, им должно противодействовать Писанием и Словом Божьим. Огнем вы не добьетесь ничего".
Анабаптистский проповедник
Это, однако, никоим образом не означало, что для Лютера все вероисповедания были одинаково хороши. Он решительно подчеркивал, что неправильная вера приводит к адскому огню и что, хотя истинную веру невозможно утвердить через принуждение, чинимые на ее пути препятствия необходимо устранять. Гражданская власть, безусловно, не должна терпеть богохульства. В. 1530 году Лютер заявил, что есть два вида преступлений, за которые необходимо карать вплоть до смертной казни, а именно - подстрекательство к мятежу и богохульство. То есть наказывать следовало не за религиозные заблуждения как таковые, но за их публичное проповедование словом и делом. Свобода, однако, от этого ничуть не выигрывала, так как отказ занимать гражданские должности и идти на военную службу Лютер воспринимал как подстрекательство к бунту, а неприятие положений Апостольского символа веры - как богохульство.
В меморандуме 1531 года, составленном Меланхтоном и подписанном Лютером, отказ от поста священнослужителя рассматривался как нетерпимое богохульство, а стремление расчленить Церковь - как подстрекательство к мятежу против церковных устоев. В меморандуме 1536 года, также написанном Меланхтоном и скрепленном подписью Лютера, уже не проводилось различия между мирными и воинствующими анабаптистами. Филипп Гессенский обратился к ряду городов и университетов с просьбой высказать свое мнение о том, как ему следует поступить с тридцатью анабаптистами, находившимися в его тюрьме. Он упорно отказывался предать их смерти, полагая, что изгнания будет вполне достаточно. Такая мера, однако, оказывалась недейственной, поскольку анабаптисты утверждали, что земля принадлежит Господу, и отказывались оставаться в изгнании. Из всех ответивших Филиппу наибольшую жестокость проявили лютеране. На сей раз Меланхтон утверждал, что пассивное сопротивление анабаптистов, которые отказывались признавать правительство, присягу, право частной собственности и гражданский брак, уже само по себе подрывало гражданскую власть, а поэтому должно рассматриваться как подстрекательство к мятежу. Протест анабаптистов против наказания за богохульство рассматривался как богохульство. Отказ от крещения во младенчестве приведет к появлению языческого общества и отделению от Церкви, а образование сект - преступление против Бога.