Южные погребения в целом беднее северных, шахейнабские изделия выглядят более примитивными, чем фарасские и тем более египетские. Погребальный инвентарь «протодинастического» аш-Шахейнаба заметно отличается от инвентаря погребений у Омдурманского моста, хотя расстояние между ними не больше 50 км; это дает некоторое представление о размерах этнокультурных общностей. Характерный материал изделий — глина. Из нее изготовлялись культовые статуэтки (например, глиняная женская фигурка) и уже довольно разнообразная и хорошо обожженная посуда, украшенная тисненым орнаментом (нанесенным с помощью гребешка): чаши различных размерив, ладьевидные горшки, шаровидные сосуды. Характерные для этой культуры черные сосуды с насечкой встречаются и в протодинастическом Египте, где они явно являются предметами вывоза из Нубии. К сожалению, содержимое этих сосудов неизвестно. Со своей стороны обитатели протодинастического» Судана, как и современные им египтяне, получали с берегов Красного моря раковины Мепга, из которых изготовляли пояса, ожерелья и другие украшения. Других сведений о торговле не сохранилось.
По ряду признаков культуры мезо- и неолитического Судана занимают среднее место между культурами Египта, Сахары и Восточной Африки. Так, каменная индустрия Гебель-Аулийи (близ Хартума) напоминает культуру ньоро в Межозерье, а керамика-нубийскую и сахарскую; каменные цельты, сходные с хартумскими, встречаются на западе вплоть до Тенера, севернее оз. Чад, и Туммо, севернее гор Тибести. Вместе с тем главным культурно-историческим центром, к которому тяготели культуры Северо-Восточной Африки, был Египет.
По мнению Э. Дж. Аркелла, хартумская неолитическая культура была связана с египетским Фаюмом через горные районы Эннеди и Тибести, откуда и хартумцы и фаюмцы получали серовато-голубой амазонит для изготовления бус.
Когда на рубеже 4-го и 3-го тысячелетий в Египте начало развиваться классовое общество и возникло государство, Нижняя Нубия оказалась южной окраиной этой цивилизации. Типичные поселения того времени раскопаны у с. Дакки С. Ферсом в 1909–1910 гг. и у Хор-Дауда советской экспедицией в 1961–1962 гг. Обитавшая здесь община занималась молочным скотоводством и примитивным земледелием; сеяли вперемешку пшеницу и ячмень, собирали плоды пальмы дум и сиддера. Значительного развития достигло гончарство, Обрабатывались слоновая кость, кремень, из которого изготовлялись основные орудия; из металлов использовались медь и золото. Культуру населения Нубии и Египта этой эпохи археологии условно обозначают как культуру племен «группы А». Носители ее в антропологическом отношении принадлежали в основном к европеоидной расе. В то же время (около середины 3-го тысячелетия, по данным радиокарбонного анализа) негроидные обитатели поселения Джебель-эт-Томат в Центральном Судане сеяли сорго вида
В период III династии Египта (около середины 3-го тысячелетия) в Нубии наступает общий упадок хозяйства и культуры[5], связанный, по мнению ряда ученых, с вторжением кочевых племен и ослаблением связей с Египтом; в это время резко усилился процесс высыхания Сахары.
В Восточной Африке, включая Эфиопию и Сомали, «неолитическая революция» произошла, по-видимому, только в 3-м тысячелетии, значительно позднее, чем в Судане. Здесь в это время, как и в предшествующий период, обитали европеоиды или эфиопеоиды, похожие по своему физическому типу на древнейших нубийцев. Южная ветвь этой же группы племен обитала в Кении и Северной Танзании. Южнее их жили боскодоидные (койсанские) охотники-собиратели, родственные сандаве и хадза Танзании и бушменам Южной Африки.
Неолитические культуры Восточной Африки и Западного Судана, по-видимому, развились полностью лишь в период расцвета древнеегипетской цивилизации и сравнительно высоких неолитических культур Магриба и Сахары, причем они длительное время сосуществовали с остатками мезолитических культур.
Подобно стиллбейской и другим палеолитическим культурам, мезолитические культуры Африки занимали огромные пространства. Так, капсийские традиции прослеживаются от Марокко и Туниса до Кении и Западного Судана. Более поздняя культура магози. впервые открытая в восточной Уганде, была распространена в Эфиопии, Сомали, Кении, почти по всей Восточной и Юго-Восточной Африке до р. Оранжевой. Для нее характерны микролитические лезвия и резцы и грубая глиняная посуда, появляющаяся уже на поздних этапах капсия.
Магози представлена рядом местных вариантов; некоторые из них развились в особые культуры. Такова дойская культура Сомали. Ее носители охотились с помощью луков и стрел, держали собак. Сравнительно высокий уровень дойского мезолита подчеркивается наличием пестов и, по-видимому, примитивной керамики. (Известный английский археолог Д. Кларк считает прямыми потомками дойцев нынешних охотников-собирателей Сомали).